?長非編碼RNA（long non-coding RNA，lncRNA）是一類長度大于200nt的非編碼RNA。大量研究表明，lncRNA具有重要的調(diào)控功能，在植物和動(dòng)物的各種生物學(xué)過程中起著重要作用。此外，lncRNA還與人類各種疾病的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。因此對(duì)lncRNA的注釋、探索lncRNA的功能具有非常重要的意義。近年來，很多研究都集中于lncRNA功能的探索，但是綜合全面的lncRNA注釋仍舊需要不斷更新維護(hù)。

NONCODE數(shù)據(jù)庫于2006年創(chuàng)建，受到Science雜志專文推薦，由中科院計(jì)算所和生物物理所團(tuán)隊(duì)維護(hù)14年，累積訪問過億次。2013年受邀以專家數(shù)據(jù)庫加入RNAcentral，數(shù)據(jù)庫首次提出了非編碼基因的分類體系，建立了多項(xiàng)非編碼領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)，推動(dòng)lncRNA研究發(fā)展。

近日，由中國科學(xué)院生物物理研究所陳潤生院士課題組，中科院生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心何順民課題組和中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所趙屹課題組合作，在國際學(xué)術(shù)期刊 《核酸研究》（Nucleic Acids Research）在線發(fā)表了題為“NONCODEV6: an updated database dedicated to long non-coding RNA annotation in both animals and plants”的文章（圖1）。該工作NONCODEV6（http://www.noncode.org/）（圖2）是關(guān)于動(dòng)植物多個(gè)物種的lncRNA綜合注釋數(shù)據(jù)庫的升級(jí)，旨在提供關(guān)于動(dòng)植物各個(gè)物種中l(wèi)ncRNA的全面綜合的注釋和分析。

圖1. NONCODEV6在線發(fā)表。

圖2. NONCODEV6數(shù)據(jù)庫。

在此前積累的NONCODE版本基礎(chǔ)上，研究團(tuán)隊(duì)通過關(guān)鍵詞搜索近期發(fā)表文章并手工提取lncRNA及其在組織中的表達(dá)數(shù)據(jù)等信息。隨后，對(duì)其相應(yīng)的植物物種、動(dòng)物物種、組織表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行了收集、整理，之后進(jìn)入NONCODE數(shù)據(jù)庫更新的流程，進(jìn)行數(shù)據(jù)的過濾、處理、注釋。

NONCODEV6中總共記錄了644,510個(gè)lncRNA。此次新加入的植物物種數(shù)目達(dá)23種，包括常見植物擬南芥，水稻，小麥，玉米等。?植物物種的lncRNA注釋包括基本位置信息、序列信息、長度、外顯子個(gè)數(shù)、組織的表達(dá)量、功能注釋等。同時(shí)，研究團(tuán)隊(duì)對(duì)人和小鼠的數(shù)據(jù)進(jìn)行了更新，并加入lncRNA和腫瘤等疾病的關(guān)系注釋，整合了多個(gè)lncRNA和腫瘤的數(shù)據(jù)源，提供了一個(gè)關(guān)于腫瘤等疾病和NONCODE數(shù)據(jù)庫中l(wèi)ncRNA的綜合注釋。

此外，NONCODEV6數(shù)據(jù)庫提供了一個(gè)用戶友好的界面，可用于瀏覽各個(gè)物種的lncRNA的具體情況，包括長度、序列、位置、功能注釋、保守性注釋等。除此之外，還提供了blast功能、功能注釋查詢、保守性查詢。總體來說，NONCODEV6 (http://www.noncode.org/) 是一個(gè)業(yè)內(nèi)較為認(rèn)可的綜合性lncRNA注釋的知識(shí)庫。

綜上，NONCODEV6為研究基于lncRNA的在動(dòng)物和植物的相關(guān)注釋提供了重要支撐。

中國科學(xué)院生物物理研究所陳潤生院士、何順民研究員和中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所趙屹研究員為本文共同通訊作者。中國科學(xué)院計(jì)算技術(shù)研究所趙連鶴和中國科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心王佳佳、李燕燕為本文并列第一作者。該文章獲得國家重點(diǎn)研發(fā)項(xiàng)目、國家自然科學(xué)基金、中國科學(xué)院戰(zhàn)略重點(diǎn)研究項(xiàng)目等項(xiàng)目資助。

文章鏈接：https://doi.org/10.1093/nar/gkaa1046

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Nucleic Acids Research | NONCODE数据库V6版发布，涵盖全面的动植物长非编码RNA注释的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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