現(xiàn)在有一種ChIRP-seq的方法可以用來研究長鏈非編碼RNA的功能，幫助發(fā)現(xiàn)它們的調(diào)控位點。長鏈非編碼RNA一般是通過在細胞核內(nèi)與一些RNA的結(jié)合來發(fā)揮作用的，這些被結(jié)合的RNA可能是轉(zhuǎn)錄因子、染色質(zhì)修飾酶，長鏈非編碼RNA可以通過與它們結(jié)合發(fā)揮調(diào)控基因表達的作用。CHIRP-seq的方法就是利用檢測與RNA結(jié)合的DNA，對其進行高通量測序，進而達到研究長鏈非編碼RNA功能的目的。這種方法會先進行一次交聯(lián)，將RNA與DNA或蛋白進行交聯(lián)，之后將進行過交聯(lián)的DNA片段化，這時候再設(shè)計探針，把交聯(lián)有DNA片段的RNA捕獲下來，這樣與之交聯(lián)的DNA片段也就能獲得，之后再把這些DNA片段進行高通量測序。測序之后進行分析就可以知道這些RNA結(jié)合到了基因組哪些區(qū)域，進而確定這些RNA的功能靶基因。此外，還有一種非編碼RNA沉默與定位分析（c—KLAN）技術(shù)，可用于對lncRNA進行功能缺失研究和細胞定位。這種技術(shù)利用現(xiàn)有已知lncRNA設(shè)計引物，并將其逆轉(zhuǎn)錄為cDNA后擴增，之后一方面將擴增產(chǎn)物在體外轉(zhuǎn)錄生成dsRNA，并將dsRNA使用內(nèi)切酶酶切后制備esiRNA來進行功能缺失研究；另一方面則用熒光標記的UTP對擴增產(chǎn)物在體外轉(zhuǎn)錄生成正義或反義fish探針，用于對lncRNA進行定位分析。還有就是利用生物信息學(xué)方法預(yù)測lncRNA的功能，一般的預(yù)測策略有以下幾種：比較基因組學(xué)策略、與編碼基因共表達分析策略、通過與miRNA或蛋白的相互作用預(yù)測。

總結(jié)

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