老話重提，統計圖，和科研領域里的大多數圖像數據伴生，是一種大家喜聞樂見的，直觀表現數據結果的形式。

只要是個圖如果沒有伴隨統計，reviewers 總會叨叨「請給出統計結果」。加上統計數據的文章看起來的確更具說服力呢！

之前我們推出的第一個教程《手把手教你用軟件便捷地數細胞》，既教你認識這個軟件 Imaris，又教你怎么數密密麻麻的細胞，區分不同的 marker 陽性的細胞以及計數它們。

那么問題來了，如果有人并不關心細胞數量，而關心細胞的面積，那該如何是好呢？

一般在研究細胞生長時候非常實用，如評估同等量細胞的生長速度，通過比較體外培養細胞的匯合率來得到初步結論；或研究不同類型細胞的表面積，給細胞分型。

舉個栗子(為了保護自己的數據隱私，我只是隨便拿個廢棄的不咋好看的圖來演示如何使用軟件)

1.打開軟件 Imaris，打開圖片，在工具欄點擊「surface」按鈕(紅色箭頭所示)，即可出現如藍框所示的 Surface 1。

2.讓大家看一眼原始的圖片，并明確下此行目的：將當前界面紅色陽性的區域的表面積計算出來(你也可以計算明場細胞的面積，細胞核的面積 等等)。

3.點擊左下方「Next」朝右的箭頭(紅色箭頭所示)，此處先不要點擊橘黃色箭頭所示的方框，自動完成的 surface 可能不那么準確，但是如果你只是大略看看面積，建議使用 automatic creation，一步到位。

4.之后界面變成 2 / 4 Algorithm，此時可以調節的界面有 Smooth.

5.接著點擊「Next」的藍色箭頭，系統開始創建 surface，界面轉換為下面的樣子。之前紅色信號陽性的區域被灰色的實心區域覆蓋。

通過調節紅色方框 highlight 的淺黃色矩形的面積可以讓 surface 被創建的更密集 or 稀疏(調大黃色區域，更密集；反之更稀疏)。

6.當發現自動調節的閾值覆蓋了更多的區域——如靠上面的面積非常小的紅色信號區域也被灰色的 surface 覆蓋了，但是這些顯然并不是細胞，那么我們就往右拖動淺黃色區域，得到如下的圖。

7.點擊「Next」，得到如下被加工好的圖。系統將灰色變成了白色，通過視覺變化決定是否對圖進行調整，此時可以回到 4 個進程的任何一步再進行修繕，確定沒有修改之處后再進行下一步來最終確認所有的操作。

8.點擊「完成」按鈕(紅色箭頭所示)，此時開弓沒有回頭箭了，且我們也將要得到我們想要的分析結果。

9.完成(此時建立的 surface 變成通道顏色-紅色。并且與之前的信號疊加起來。可以點擊勾掉通道熒光，只留下 surface，觀察一下是否合意)。

10.如下是僅有 surface 的界面(和原始圖片比較一下，更好看了呢)。

11.在(紅色矩形標記的)數據曲線處的 detailed 欄目里可以找到圖中所有(specific values)的 surface 的面積(Area)數據。

12.將這些數據復制或者輸出(點擊下方的保存按鈕)到 excel 里。進行統計分析。針對體外培養的細胞，有時會有一些雜質，此時可以在 excel 里將不是細胞大小的全部去掉即得到了所有 surface 的面積信息。

當然關于 surface 的熒光強度、位置等信息也可以一并在 Imaris 軟件中的 Detailed 欄目的下拉框中選擇并保存獲取。

13.如果是體外培養細胞分析匯合率，則從拍攝軟件中可以獲取整個圖片區域的面積(或者從 Imaris 里獲取，如下圖，獲得 X-Y 軸的最大量程計算表面積)，并用總的細胞面積除以區域總面積獲得匯合率。

今天的分享結束啦，敬請期待后續的系列教程哦～

圖片來源：作者提供

總結

以上是生活随笔為你收集整理的matlab计算每个细胞面积,手把手教你用 Imaris 计算细胞面积的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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