生物信息學習的正確姿勢

NGS系列文章包括NGS基礎、高顏值在線繪圖和分析、轉錄組分析?（Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step)）、批次效應處理等內容。

高級教程和生信基礎知識在生信寶典往期推文中都有，贈送的書籍可以作為一類延伸閱讀擴展知識面。

R統計和作圖

• 這個為生信學習和生信作圖打造的開源R教程真香！！！

• 文章用圖的修改和排版 (1)

• 文章用圖的修改和排版 (2)

• ggplot2高效實用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)

• 在B站學習大名鼎鼎的StatQuest 系列統計和生信分析視頻（中文字幕）- 也見證助理教授到創業者的華麗轉身

• 使用R語言的正確姿勢，R包干貨奉獻

• 用rmarkdown定制你的數據分析報告

• 高顏值免費在線繪圖工具升級版來了~~~

• 超詳細的熱圖繪制教程(5000余字)，真正的保姆級教程

• R」ggplot2拼圖包patchwork推薦與使用

• 高通量數據中批次效應的鑒定和處理 - 系列總結和更新

• 論文圖表基本規范

• 學術圖表的基本配色方法

• 數據可視化基本套路總結

• Graphpad，經典繪圖工具初學初探

• 你的包佩奇了嗎？試試新版Rstudio，自動提醒缺失包！

• 原來Rstudio還可以這么使用，又方便了一些

• 在R中贊揚下努力工作的你，獎勵一份CheatShet

• 別人的電子書，你的電子書，都在bookdown

• R語言 - 入門環境Rstudio

• R語言 - 熱圖繪制 (heatmap)

• R語言 - 基礎概念和矩陣操作

• R語言 - 熱圖簡化

• R語言 - 熱圖美化

• R語言 - 線圖繪制

• R語言 - 線圖一步法

• R語言 - 箱線圖（小提琴圖、抖動圖、區域散點圖）

• R語言 - 箱線圖一步法

• R語言 - 火山圖

• R語言 - 富集分析泡泡圖

• R語言 - 散點圖繪制

• R語言 - 韋恩圖

• R語言 - 柱狀圖

• R語言 - 圖形設置中英字體

• R語言 - 非參數法生存分析

• R語言 - 繪制seq logo圖

• WGCNA分析，簡單全面的最新教程 （可在線分析）
  

• psych +igraph：共表達網絡構建

• 245熱圖展示微生物組的物種和功能豐度或有無、距離矩陣

• 一文學會網絡分析——Co-occurrence網絡圖在R中的實現

• 一文看懂PCA主成分分析

• 主成分分析PCA

• 放棄Venn-Upset-花瓣圖，擁抱二分網絡

• 富集分析DotPlot，可以服

• Volcano plot | 別再問我這為什么是火山圖

• 圖形解讀系列 | 散點圖也不簡單

• 總被審稿人提起的多重假設檢驗校正是什么？

• 基因共表達聚類分析和可視化

• R中1010個熱圖繪制方法

• 還在用PCA降維？快學學大牛最愛的t-SNE算法吧, 附Python/R代碼

• 一個函數抓取代謝組學權威數據庫HMDB的所有表格數據

• 文章用圖的修改和排版

• network3D: 交互式?；鶊D

• network3D 交互式網絡生成

• Seq logo 在線繪制工具——Weblogo

• 生物AI插圖素材獲取和拼裝指導

• 如何使用AI進行SCI組圖

• 如何使用AI畫一個簡單的細胞通路圖?

• 一分鐘繪制磷脂雙分子層：AI零基礎入門和基本圖形繪制

• AI科研繪圖（二）：模式圖的基本畫法

• 圖像處理R包magick學習筆記

• SOM基因表達聚類分析初探

• 利用gganimate可視化全球范圍R-Ladies（R社區性別多樣性組織）發展情況

• 你知道R中的賦值符號箭頭(<-)和等號（=）的區別嗎？

• R語言可視化學習筆記之ggridges包

• 利用ComplexHeatmap繪制熱圖(一)

• ggplot2學習筆記之圖形排列

• R包reshape2，輕松實現長、寬數據表格轉換

• 用R在地圖上繪制網絡圖的三種方法

• PCA主成分分析實戰和可視化 附R代碼和測試數據

• iTOL快速繪制顏值最高的進化樹！

• 12個ggplot2擴展包幫你實現更強大的可視化

• 編程模板-R語言腳本寫作：最簡單的統計與繪圖，包安裝、命令行參數解析、文件讀取、表格和矢量圖輸出

• R語言統計入門課程推薦——生物科學中的數據分析Data Analysis for the Life Sciences

• 數據可視化基本套路總結

• 你知道R中的賦值符號箭頭<-和等號=的區別嗎？

• 使用dplyr進行數據操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，輕松實現長、寬數據表格轉換

• 1數據類型（向量、數組、矩陣、 列表和數據框）

• 2讀寫數據所需的主要函數、與外部環境交互

• 3數據篩選——提取對象的子集

• 4向量、矩陣的數學運算

• 5控制結構

• 6函數及作用域

• 7認識循環函數lapply和sapply

• 8分解數據框split和查看對象str

• 9模擬—隨機數、抽樣、線性模型

• 1初識ggplot2繪制幾何對象

• 2圖層的使用—基礎、加標簽、注釋

• 3工具箱—誤差線、加權數、展示數據分布

• 4語法基礎

• 5通過圖層構建圖像

• 6標度、軸和圖例

• 7定位-分面和坐標系

• 8主題設置、存儲導出

• 9繪圖需要的數據整理技術

• 創建屬于自己的調色板

• 28個實用繪圖包，總有幾個適合你

• 熱圖繪制

• R做線性回歸

• 繪圖相關系數矩陣corrplot

• 相關矩陣可視化ggcorrplot

• 繪制交互式圖形recharts

• 交互式可視化CanvasXpress

• 聚類分析factoextra

• LDA分析、作圖及添加置信-ggord

• 解決散點圖樣品標簽重疊ggrepel

• 添加P值或顯著性標記ggpubr

• Alpha多樣性稀釋曲線rarefraction curve

• 堆疊柱狀圖各成分連線畫法：突出組間變化

• 沖擊圖展示組間時間序列變化ggalluvial

• ?；鶊Driverplot

• 微生物環境因子分析ggvegan

• 五彩進化樹與熱圖更配ggtree

• 多元回歸樹分析mvpart

• 隨機森林randomForest?分類Classification?回歸Regression

• 加權基因共表達網絡分析WGCNA

• circlize包繪制circos-plot

• R語言搭建炫酷的線上博客系統

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• 手把手重現Science的主圖Maptree

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• 這個R包自動注釋單細胞數據的平均準確率為83％，使用后我的結果出現了點問題|附全代碼

• 一個R包完成單細胞基因集富集分析 （全代碼）

• 新版QQ自帶的截圖工具太強了，截取長圖、截圖釘在桌面上、圖形中文字識別、馬賽克標記、序號自動生成！

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1. 理論為輔、實踐為主。本書涉及一些必要的理論知識，特別是在數據分析部分，但總體以實踐為主，因此幾乎每節都有大量的代碼，方便讀者實踐。

2. 知識全面、系統。本書在介紹了R語言的基礎知識后，從數據獲取和導出、數據清理和操作、數據分析和可視化方面分別進行了探討，內容由淺入深、循序漸進。

3. 案例廣泛。本書中的案例涉及心理學、社會學、醫學、商業和經濟等領域，但并不需要讀者具備這些領域的專業知識。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的送书|北大出版：R语言数据分析与可视化从入门到精通的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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