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福利公告：為了響應(yīng)學(xué)員的學(xué)習(xí)需求，經(jīng)過易生信培訓(xùn)團(tuán)隊的討論籌備，現(xiàn)決定安排擴(kuò)增子16S分析、宏基因組、Python課程線上直播課。報名參加線上直播課的老師可在1年內(nèi)選擇參加同課程的一次線下課 。期待和大家的線上線下相識。

• 轉(zhuǎn)錄組線上直播時間：2020/11/27-2020/11/29
  

• 宏基因組線上直播時間：2021/01/22-2020/07/24

• 擴(kuò)增子線上直播時間：2020/12/04-2020/12/06
  

• 報名鏈接：http://www.ehbio.com/Training/index.php/Home/Index/index.html

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常規(guī)轉(zhuǎn)錄組是我們最常接觸到的一種高通量測序數(shù)據(jù)類型，其實驗方法成熟，花費較低，是大部分CNS必備的技術(shù)，現(xiàn)在就如做個PCR一樣常見。而且分析思路簡潔清晰，是入門生信，學(xué)習(xí)生信分析思路和數(shù)據(jù)可視化的首選。

數(shù)據(jù)分析是相通的，通過一個簡單的課程理解其中的原理，就可以推而廣之，延伸到其它類型的數(shù)據(jù)分析，如擴(kuò)增子、宏基因組、單細(xì)胞等。

第十一期?高級轉(zhuǎn)錄組分析和R數(shù)據(jù)可視化在于2020年11月27日在線開班，將系統(tǒng)講述基于和不基于比對的轉(zhuǎn)錄組分析流程，從原始數(shù)據(jù)到表達(dá)矩陣、差異基因、可變剪接、富集分析、加權(quán)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)、通路分析、可視化繪圖等一系列常見操作，理論和實踐兼?zhèn)洹?/p>

課程大綱

每節(jié)課1小時一個主題，理論結(jié)合實戰(zhàn)，學(xué)懂原理，實戰(zhàn)實操，全是老司機(jī)多年經(jīng)驗和代碼的無私分享。下面是課程安排，如11代表第一天第一節(jié)課，26代表第二天第六節(jié)課，41為兩周后的線上集中視頻答疑。

編號內(nèi)容簡介

01	預(yù)習(xí)Linux基礎(chǔ)	預(yù)付后提供學(xué)習(xí)視頻
02	預(yù)習(xí)R基礎(chǔ)	預(yù)付后提供學(xué)習(xí)視頻
03	軟件安裝	預(yù)付后提供安裝視頻
11	轉(zhuǎn)錄組概述	轉(zhuǎn)錄組設(shè)計、應(yīng)用、批次效應(yīng)等
12	轉(zhuǎn)錄組分析流程簡介	基于/不基于比對的分析流程講演
13	Salmon定量實戰(zhàn)	不基于比對直接定量基因和轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)
14	差異基因分析	DESeq2多組差異基因分析和結(jié)果可視化
15	GO富集分析和可視化	泡泡圖、熱圖、網(wǎng)圖
16	GSEA富集分析和可視化	分組和時間序列GSEA
21	二代三代測序原理介紹	建庫測序過程及注意事項
22	R基礎(chǔ)	數(shù)據(jù)讀寫、處理、轉(zhuǎn)換
23	R數(shù)據(jù)可視化	16種常見圖形繪制實戰(zhàn)
24	Linux基礎(chǔ)	詳細(xì)解釋Linux代碼和文件格式轉(zhuǎn)換
25	轉(zhuǎn)錄組環(huán)境配置	Linux下軟件安裝、配置
26	文章常見圖表繪制和解讀	Illustrator制作CNS標(biāo)準(zhǔn)圖版
31	可變剪接分析	STAR，StringTie，rMATS，IGV
32	可變剪接分析	STAR，StringTie，rMATS，IGV
33	WGCNA基因加權(quán)共表達(dá)	網(wǎng)絡(luò)分析和性狀關(guān)聯(lián)
34	Cytoscape繪制	共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)和調(diào)控通路網(wǎng)絡(luò)圖
35	每人一個問題環(huán)節(jié)	自評學(xué)習(xí)效果、知識點回顧
41	答疑-線上	答疑、考試內(nèi)容串講

該課程為第12期，整個過程都比較成熟，可以在最短時間學(xué)習(xí)最多知識。

往期評價

教程內(nèi)容簡介如下：

轉(zhuǎn)錄組的應(yīng)用、設(shè)計和案例分享

轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究技術(shù)介紹

轉(zhuǎn)錄組學(xué)實驗設(shè)計和測序原則、注意事項

二代、三代測序過程和原理解析

轉(zhuǎn)錄組學(xué)文章案例分析

在線基因表達(dá)資源數(shù)據(jù)庫

轉(zhuǎn)錄組分析流程實戰(zhàn)

轉(zhuǎn)錄組分析流程評估

測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估和清洗

不基于比對的差異基因分析

基于比對的差異基因分析

轉(zhuǎn)錄本組裝和選擇性剪接分析

目標(biāo)基因GSEA/GO富集分析

轉(zhuǎn)錄組高級分析

WGCNA基因共表達(dá)分析

WGCNA基因、表型關(guān)聯(lián)分析

Cytoscape 共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)繪制

轉(zhuǎn)錄組常見圖形在線繪制

KEGG/Reactome通路圖繪制，表達(dá)映射

基因互作的文獻(xiàn)挖掘和數(shù)據(jù)庫挖掘展示

常見圖表解讀和圖形編輯排版

在培訓(xùn)上，結(jié)合發(fā)表高水平文章，進(jìn)一步講解16種常用分析圖的原理和使用范圍，讓你不僅讀懂圖，更知道如何應(yīng)用于自己的研究，并親自輕松完成繪圖。

針對大家使用R語言繪圖學(xué)習(xí)時間成本較高的問題，易生信團(tuán)隊針對常用16種圖開發(fā)了免費繪圖網(wǎng)站，一鍵出圖，更可鼠標(biāo)點選參數(shù)修改圖形的個性樣式。

成果發(fā)表是科研過程中不可缺的一部分，發(fā)表成果又少不了圖形展示。文章圖表排版是否整齊規(guī)范、協(xié)調(diào)一致、重點突出對一篇文章的發(fā)表也是有不少貢獻(xiàn)的。之前推出的文章發(fā)表圖的修改和排版講演了部分圖形編輯和排版操作，本次培訓(xùn)也會實踐從原始圖形、到細(xì)節(jié)修飾再到排版發(fā)表的整個過程和注意事項。基因組瀏覽器用于多組學(xué)數(shù)據(jù)的可視化和關(guān)聯(lián)分析，本地有IGV，在線有UCSC genome Browser和Epigenomebrowser，各有特色。

生信基礎(chǔ)知識

Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

Linux/Windows下轉(zhuǎn)錄組分析流程的搭建

生物學(xué)家必要掌握的Shell和R語言基礎(chǔ)知識。

這個為生信學(xué)習(xí)和生信作圖打造的開源R教程真香！！！

這個為生信學(xué)習(xí)打造的開源Bash教程真香！！（目錄更新）！

(如果基礎(chǔ)薄弱，報名付款成功后，可免費領(lǐng)取基礎(chǔ)程序課，做好準(zhǔn)備工作,?讓程序成為我們的得力工具而不是學(xué)習(xí)新知識的絆腳石。)

定制內(nèi)容

如果您看到文章中有哪些圖或分析工作需要重現(xiàn)，也請?zhí)岢?#xff0c;一起講述。

如果您有其它關(guān)注的問題，也請報名時提出，把這次課程變成您的定制講解。

120分的轉(zhuǎn)錄組試題（第一份答案）

120分的轉(zhuǎn)錄組試題（第二份答案）

120分的轉(zhuǎn)錄組試題（第三份答案）

授課模式

本課程以講解流程和實際操作為主，采用獨創(chuàng)四段式教學(xué)，封裝好的代碼全部分享，隨處可用：

• 第一階段 3天集中授課；

• 第二階段 自行練習(xí)2周；

• 第三階段 在線直播答疑；

• 第四階段 培訓(xùn)視頻繼續(xù)學(xué)習(xí)；

• 實現(xiàn)教-練-答-用四個環(huán)節(jié)的統(tǒng)一協(xié)調(diào)。

培訓(xùn)時間

每天早9點到晚5點

授課地點 （暫定，鼓樓附近）

北京市西城區(qū)鼓樓附近（鼓樓地鐵站周邊1公里）。

課程價格

開課兩周前報名?4500?元/人 （報名官網(wǎng)查看更多優(yōu)惠）

名額有限，每次課程報名滿40人后自動關(guān)閉報名通道

提供易漢博基因科技實習(xí)機(jī)會或工作機(jī)會

課程福利

座位按報名并繳費或預(yù)付款成功順序從前到后龍擺尾式排序

贈送價值99元程序基礎(chǔ)課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

多人 (N，10>N>1) 組團(tuán)報名并同時繳費，每人還可減免N-1百元 (最高500)

贈送金士頓U盤一個（32G含培訓(xùn)數(shù)據(jù)和腳本）

附推薦與分享對應(yīng)的招生信息到朋友圈，截圖發(fā)到train@ehbio.com 可獲得200元生信寶典騰訊課堂課程優(yōu)惠券（可拆分供多個課程使用）

易生信同時推出多門相關(guān)課程，連報優(yōu)惠——同時選2門課，95折；三門課9折，4門及以上85折。還可與團(tuán)購?fù)瑫r優(yōu)惠！擴(kuò)增子(項目初探)+宏基因組(高精尖)，祝你分析水平更上一層樓。

復(fù)制以下鏈接
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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的高级转录组分析和R语言数据可视化第十二期 （线上线下同时开课）的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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