無(wú)代碼繪制差異基因火山圖

Volcano plot | 別再問(wèn)我這為什么是火山圖 一文解釋了火山圖如何解讀。不太難看懂，而一旦看懂了，圖也就知道怎么繪制了。

假設(shè)我們已經(jīng)有了一個(gè)差異基因鑒定后的表格文件 590e7b6b-c279-40da-b1d2-1017464cea02.untrt.vs.trt.results.txt (看到這一串無(wú)規(guī)律的符號(hào)做文件名就知道這是我們平臺(tái)輸出的差異分析結(jié)果了，之前介紹過(guò)可以翻一翻)，那怎么繪制火山圖呢？

上傳文件

首先注冊(cè)個(gè)賬戶。這里不是強(qiáng)制大家注冊(cè)，只是火山圖文件一般比較大，直接粘貼進(jìn)文本框會(huì)導(dǎo)致瀏覽器卡頓，為了更好的用戶體驗(yàn)，建議注冊(cè)個(gè)賬戶，在個(gè)人中心上傳 (支持?jǐn)帱c(diǎn)續(xù)傳，大文件也不怕)。如果想直接粘貼，也沒(méi)問(wèn)題。

繪制火山圖

進(jìn)入到火山圖繪制頁(yè)面http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/analysis?page=b%27Nw%3D%3D%27。

Input way選擇Select uploaded file；

選擇上傳的文件，如果沒(méi)找到，則刷新下頁(yè)面再重復(fù)此操作。

選擇的文件會(huì)在文本域中顯示預(yù)覽（不可修改，但可以復(fù)制），點(diǎn)擊Check Data，核對(duì)數(shù)據(jù)格式?jīng)]有問(wèn)題，會(huì)激活下方的必選選項(xiàng)。

選擇對(duì)應(yīng)的列進(jìn)行繪制，繪圖就是把數(shù)據(jù)的結(jié)構(gòu)用幾何形狀表示出來(lái)，并用顏色、大小等代表特定的屬性展示。

從下拉框選擇log2FoldChange 指定為 Fold change column；

為什么選這一列，因?yàn)檫@個(gè)參數(shù)值跟參數(shù)名字太像了；

從下拉框選擇padj 指定為 Statistical significance column；

為什么選這一列，因?yàn)閜val和padj都是統(tǒng)計(jì)顯著性的指示指標(biāo)，為了解決總被審稿人提起的多重假設(shè)檢驗(yàn)校正是什么？，我們選padj列；

padj列數(shù)值沒(méi)有進(jìn)行過(guò)轉(zhuǎn)換，這里選擇Log10 transform significance value。

Padj越小轉(zhuǎn)換后的值越大，越在圖的上方;

Gene expression change status variable這是一個(gè)可選參數(shù)，是說(shuō)文件中是否已經(jīng)根據(jù)某個(gè)閾值做了差異基因標(biāo)記，哪些上調(diào)了，哪些下調(diào)了，就是這里面的level列，我們選擇上；

如果之前沒(méi)做過(guò)篩選，沒(méi)有l(wèi)evel列也沒(méi)關(guān)系，DE genes filtering threshold參數(shù)可以設(shè)置篩選閾值，默認(rèn)為0.05,1，第一個(gè)數(shù)字0.05表示統(tǒng)計(jì)pvalue<0.05或padj<0.05 (取決于Statistical significance column的選擇)；第二個(gè)數(shù)字1表示變化倍數(shù)，變化倍數(shù)取完log2后的絕對(duì)值大于1。

點(diǎn)擊提交，出來(lái)一個(gè)結(jié)果; 顏色不對(duì)，需要調(diào)整下。

先設(shè)置下level變量的順序，然后按順序設(shè)置顏色

Status variable order依次選擇下拉內(nèi)容為trt up, untrt UP, NoDiff;

Customized point colors用顏色選擇器選擇3個(gè)顏色

提交后獲得結(jié)果，正確了，可以下載PDF格式和相關(guān)的R代碼

上圖中的兩條垂直虛線和一條水平虛線是參數(shù)DE genes filtering threshold控制的，如果你篩選差異基因的標(biāo)準(zhǔn)(生成level列中哪些上調(diào)、哪些下調(diào)的標(biāo)準(zhǔn))不是默認(rèn)標(biāo)志，則需要修改這個(gè)值為你設(shè)置的閾值，從而調(diào)整線的位置。

也可以設(shè)置參數(shù)Coordinate flip旋轉(zhuǎn)火山圖。

用的不多，但有用戶提過(guò)這個(gè)需求，就加上了。

另外一個(gè)常見(jiàn)需求是在火山圖上標(biāo)記基因，現(xiàn)在的策略是要在數(shù)據(jù)表中加一列，不太方便，回頭更新一版新的處理方式再介紹。

如果你想了解哪個(gè)圖的繪制，請(qǐng)留言告訴我們，我們優(yōu)先推出教程。

測(cè)試數(shù)據(jù)獲取：https://gitee.com/ct5869/bic

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的BIC无代码绘制差异基因火山图的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問(wèn)題。

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