部分植物基因组数据库汇总
牛年大吉
植物基因組數據庫:
1、NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/
2、植物基因組數據庫(包含約30個左右的植物,具體查看:)
30個左右植物基因組對應列表下載
http://www.plantgdb.org/prj/GenomeBrowser/
3、?包含多個物種的基因組數據(如:柑橘、黃瓜、桉樹、海棠等約100個左右)
100個左右植物基因組對應列表下載
https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#
4、Ensembl數據庫(植物)
70個左右植物基因組對應列表下載
http://plants.ensembl.org/species.html
5、擬南芥數據庫
https://www.arabidopsis.org/index.jsp
6、另外一個綜合性的(包含番茄,馬鈴薯,煙草、茄子等)
https://solgenomics.net/
7、水稻
http://rice.plantbiology.msu.edu/
8、馬鈴薯基因組數據庫(較為全面)
http://solanaceae.plantbiology.msu.edu/index.shtml
9、百脈根
http://www.kazusa.or.jp/lotus/
10、豆科植物
https://legumeinfo.org/home
11、葡萄基因組
http://genomes.cribi.unipd.it/grape/
12、小麥
http://wheat-urgi.versailles.inra.fr/
https://triticeaetoolbox.org/wheat/
13、最全面的楊樹整合數據(目前我看到的)
http://popgenie.org/
14、棉花
http://structuralbiology.cau.edu.cn/GraP/about.html
https://www.cottongen.org/
15、茶
http://www.plantkingdomgdb.com/tea_tree/
16、苜蓿
http://www.medicagohapmap.org/home/view
17、薔薇科
https://www.rosaceae.org/
18、蕎麥
http://buckwheat.kazusa.or.jp/index.html
19、各種柑類
https://www.citrusgenomedb.org/
20、蘿卜
http://radish-genome.org/
21、茄子
http://eggplant.kazusa.or.jp/
22、各種瓜類(西瓜,甜瓜、南瓜等)
http://cucurbitgenomics.org/
23、梨
http://peargenome.njau.edu.cn/
24、被子植物基因組數據庫
http://www.angiosperms.org/
25、菠蘿
http://pineapple.angiosperms.org/pineapple/html/index.html
26、甘草
http://ngs-data-archive.psc.riken.jp/Gur-genome/index.pl
27、板栗
https://www.hardwoodgenomics.org/Genome-assembly/1962958
28、花生
http://peanutgr.fafu.edu.cn/Download.php
29、毛竹
http://server.ncgr.ac.cn/bamboo/index.php
30、薄荷
http://mints.plantbiology.msu.edu/
31、藍莓
http://bioinformatics.towson.edu/BBGD/
http://gigadb.org/dataset/100537
32、橡膠草
https://bigd.big.ac.cn/gwh/Assembly/1/show
33、杜仲
https://bigd.big.ac.cn/search/?dbId=&q=Eucommia+ulmoides
33、圣羅勒
http://caps.ncbs.res.in/Ote/
34、青蒿
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/?term=Artemisia%20annua
35、向日葵
https://www.sunflowergenome.org/annotations-data/
36、胡桃科
http://www.juglandaceae.net/
37、物種如下圖所示
http://medicinalplantgenomics.msu.edu/
38、楊樹等
https://popgenie.org/
祝大家新春快樂,闔家幸福!
牛年大吉,多發Papper,順利畢業,科研順利!
螞蟻生信和大家在新的一年里一起加油!
牛年更牛
總結
以上是生活随笔為你收集整理的部分植物基因组数据库汇总的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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