Lnc2cancer 3.0,lncRNAs和circRNAs数据更新及分析工具使用指南
Lnc2Cancer?3.0是更新版本,該數據庫主要存儲包括實驗支持的人類癌癥相關的長非編碼RNA (lncRNAs)和環狀RNA (circRNAs)與相關數據。也包括通過高通量RNA測序技術(RNA-seq)和單細胞RNA-seq(scRNA-seq)分析lncRNA表達的工具。
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Lnc2Cancer 3.0更新了幾個新的特征:
(1)增加了腫瘤相關lncRNA數目,目前的版本包括9254個lncRNA-癌癥關聯條目,其中涉及2659個lncRNA和216個癌癥亞型;
(2)新增加了1049個實驗支持的與癌癥相關的circRNAs,其中涉及743個circRNAs和70個癌癥亞型;
(3)提供實驗支持的癌相關lncRNAs和circRNAs調控機制,涉及microRNAs、轉錄因子(TF)、遺傳變異、甲基化和增強子;
(4)補充了實驗支持的癌癥相關lncRNAs和circRNAs的生物學功能,包括細胞生長、凋亡、自噬、上皮間充質轉化(EMT)、免疫和編碼能力。
(5)提供實驗支持的癌癥相關lncRNAs和circRNAs在轉移、復發、循環、耐藥性和預后方面的臨床相關性。
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此外,Lnc2Cancer 3.0還開發了兩個在線工具,包括RNA-seq和scRNA-seq web工具,以實現對癌癥中lncRNAs的快速、可定制的分析和可視化。Lnc2Cancer 3.0是一個對于闡明lncRNA、circRNA與癌癥之間的關系有價值的資源。
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總結
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