引用另一模板的宏_生信人值得拥有的编程模板Shell
前言
“工欲善其事必先利其器”，生信工程師每天寫代碼、搭流程，而且要使用至少三門編程語言，沒有個好集成開發(fā)環(huán)境(IDE，Integrated Development Environment)那怎么行？
本人使用過vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感覺在多語言支持、直接遠(yuǎn)程編輯腳本、啟動速度等方面還是editplus用著比較舒服，適合我的個人習(xí)慣。
Editplus 下載和安裝
最好官網(wǎng)下載最新版4.3，喜歡的話正版才30$,關(guān)鍵是不注冊也不影響使用。
https://www.editplus.com/download.html
有32/64位版，建議安裝64位版epp430_64bit.exe，還有中文版(不建議，全是老版本)，英語拼寫檢查(安裝了沒看到效果)；
先安裝完成后，打開，會出現(xiàn)配置設(shè)置、語法文件位置選擇，如下圖
建議修改到自己的目錄，方便管理和備份，如改為C:\Users\woodc\Desktop\home\soft\editplus
如果不想看到試用字樣，百度可以找到很多注冊機/注冊碼，很容易激活。
添加Perl語言模板
該程序?qū)erl語法默認(rèn)支持已經(jīng)非常好了，只是缺少個生信專用模板，參考我的上篇文章
生信人寫程序1. Perl語言模板及配置
右鍵另存下載perl模板文件直接單擊可能會報錯，因為Perl的pl文件是也屬于網(wǎng)頁的一種，會被運行，而內(nèi)容又不是網(wǎng)頁，所以報錯。
主要操作如下：將《Perl語言模板》原文中代碼復(fù)制到editplus中新建的空白文件，點保存；
第一種情況:如果剛才設(shè)置了新的模板目錄，請選擇你自己設(shè)置的目錄，替換template.pl。
第二種情況:沒有更改配件文件目錄，默認(rèn)的保存位置可替換template.pl即可。
如果下次使用新建Perl不能自動加載模板，可以嘗試將模板代碼保存為template.pl在任何位置，選擇Tools - Preference - template — Perl，更改template.pl文件位置為剛才保存的模板template.pl文件即可。
以后點新建- perl會自己加載我們配置的模板開使寫新程序；其實我們更多是找寫過相近的程序再修改，這個過程是逐漸積累的，領(lǐng)域和用途不同，自己的常用功能也是很個性化的。
添加Shell語言支持
https://www.editplus.com/others.html
選擇* Shell stx - 肖俊斌 (2011-06-21)下載，解壓后有shell.stx語法文件放在之前設(shè)置的目錄；也可直接右鍵點我下載shell語法
再選擇
Tools — Preference — Setting & syntax, Add - 輸入 “Shell” — OK, 文件擴展添”sh”，語法文件選擇下載的shell.stx；點OK；
Shell寫作模板
主要包括命令行參數(shù)解析、默認(rèn)參數(shù)設(shè)置、程序功能描述及幫助文檔等
右鍵另存下載Shell模板文件
#!/bin/bash set -e# 設(shè)置程序參數(shù)的缺省值，少用參數(shù)即可運行 # Default parameter input=input.txt output=output.txt database=database.txt execute='TRUE'# 程序功能描述，每次必改程序名、版本、時間等；版本更新要記錄清楚，一般可用-h/-?來顯示這部分 # Function for script description and usage usage() { cat <&2 Usage: ------------------------------------------------------------------------------- Filename: ? ?template.sh Revision: ? ?1.0 Date: ? ? ? ?2017/6/24 Author: ? ? ?Yong-Xin Liu Email: ? ? ? yxliu@genetics.ac.cn Website: ? ? http://bailab.genetics.ac.cn/ Description: This script is solve parameter read and default Notes: ? ? ? Function of this script ------------------------------------------------------------------------------- Copyright: ? 2017 (c) Yong-Xin Liu License: ? ? GPL This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later version. This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more details. If any changes are made to this script, please mail me a copy of the changes ------------------------------------------------------------------------------- Version 1.0 2017/6/24# 輸入輸出文件格式和示例，非常有用，不知道格式怎么準(zhǔn)備文件呀 # Input files: input.txt, can inclue many file# 1. input.txt, design of expriment SampleID ? ?BarcodeSequence ? ?group WT.1 ? ?TAGCTT ? ?WT ? ? WT.2 ? ?GGCTAC ? ?WT WT.3 ? ?CGCGCG ? ?WT# 2. database.txt, annotation of gene ID ? ?description AT3G48300 ? ?Transcript factor# Output file 1. Annotated samples & DE genes Samples ? ?ID ? ?description Wt ? ?AT3G48300 ? ?Transcript factor2. Volcano plot: vol_otu_SampleAvsSampleB.pdf# 參數(shù)描述，寫清功能的缺省值 OPTIONS:-d database file, default database.txt-i input file, recommend must give-o output file or output directory, default output.txt-h/? show help of script Example:template.sh -i input.txt -d database.txt -o result.txt EOF }# 解釋命令行參數(shù)，是不是很面熟，其實是調(diào)用了perl語言的getopts包， # Analysis parameter while getopts "d:h:i:o:" OPTION docase $OPTION ind)database=$OPTARG;;h)usageexit 1;;i)input=$OPTARG;;o)output=$OPTARG;;?)usageexit 1;;esac done# for 循環(huán)批量調(diào)用程序，如批量繪制熱圖
# 有多種批量輸入文件的方式，以下N種任選其一，其它用#注釋掉for i in a.txt b.txt n.txt; do # 文件不多，手動放在in后用空格分開
for i in `seq 1 9`; do # 文字名為數(shù)字順序，用seq命令生成連續(xù)數(shù)據(jù)，引用命令需反引for i in `ls data/*.txt`; do # 匹配某類文件作為輸入for i in `cat list.txt`; do # 使用文本原為輸入列表for i in `cat list.txt|cut -f 1`; do # 指定某列作為輸入文件名
? ?plot_heatmap.sh -i data/${i} -o heatmap/${i}.pdf
done
將以上代碼保存為template.sh，點擊Tools — Preference — Template — Add 命名為Shell，選擇template.sh文件，OK。
以后點New file, 選擇shell即自動加載模板；
想要寫好程序，多讀多寫代碼才會有提高，只看不操作效果最差。
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編程模板:?Shell ?R Perl
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寫在后面
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學(xué)習(xí)16S擴增子、宏基因組科研思路和分析實戰(zhàn)，關(guān)注“宏基因組”
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的引用另一模板的宏_生信人值得拥有的编程模板Shell的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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