PhyML利用氨基酸序列建樹步驟

(核酸建樹也可以作為參考)

前言：本文閱讀對(duì)象適合建樹新手，生物信息學(xué)高手請(qǐng)勿嘲笑，其中有什么錯(cuò)誤還懇請(qǐng)指點(diǎn)。為什么要建樹及其你要解決什么問題這里不做討論，只是一個(gè)純粹的建樹過程，前期的序列收集過程自己費(fèi)心，根據(jù)自己的需要來做。這里主要是最大似然法來建樹，NJ法像mega這些軟件中都有集成，最新的mega7也集成ML法，不過模型及各種參數(shù)不一定適合你，所以學(xué)習(xí)多種多種方法也是有用的，PhyML速度較慢，如果數(shù)列數(shù)量較多、步長(zhǎng)檢驗(yàn)次數(shù)多，等待時(shí)間會(huì)很長(zhǎng)，有可能達(dá)到幾十小時(shí)，也與電腦配置有關(guān)，一般時(shí)間都是以小時(shí)計(jì)數(shù)，所以要有心理準(zhǔn)備，如果數(shù)據(jù)量大，推薦用RaxML或其他方法建樹，它處理速度要比PhyML 快，不過RaxML是純命令操作，對(duì)不熟悉命令及參數(shù)意義的人有一定難度，我只在linux 下操作過，在win下沒有使用過。本文是用氨基酸建樹過程，如果你是用核酸序列建樹，也可以參考這個(gè)過程，核酸替代模型請(qǐng)用jmodeltest或其他同功軟件計(jì)算。

由于PhyML計(jì)算過程比較長(zhǎng)，做一遍比較耗時(shí)，推薦你用其他軟件用NJ法先行試驗(yàn)建樹，看看你選擇的序列是否有效及符合你的預(yù)期結(jié)果，調(diào)整好序列后再用PhyML跑一遍看結(jié)果是否符合自己的要求。

PhyML有線上版本，只需要提交序列比對(duì)結(jié)果，設(shè)置模型參數(shù)，留下郵箱等待就會(huì)給你返回結(jié)果，不過時(shí)間不可控，根據(jù)自身情況選擇線上還是本地自己建樹。水平有限，如有錯(cuò)誤遺漏懇請(qǐng)各位指點(diǎn)。如果在文庫(kù)不能下載，可以去網(wǎng)盤下載，見文末。

●建樹過程：序列準(zhǔn)備-模型選擇-建樹及樹的驗(yàn)證。

●環(huán)境準(zhǔn)備：電腦^-^Windows或者Linux都可以(沒試過mac，如果是mac環(huán)境，請(qǐng)參考

具體的操作手冊(cè))、ProtTest、PhyMl及序列比對(duì)的軟件，線上或本地都可以。

1.序列準(zhǔn)備：

在自己熟悉的數(shù)據(jù)庫(kù)中(我自己比較熟悉Ncbi)上做blast，選取跟要建樹蛋白同源的各物種序列，下載到本地，整合到一個(gè)fasta文件中，注意修改物種名稱，字?jǐn)?shù)最好不要太長(zhǎng)，序列比對(duì)后.phy格式文件對(duì)文件名長(zhǎng)度有限制(這個(gè)可能跟軟件有關(guān)系，只要自己知道是什么物種，不至于混淆就行)，注意規(guī)范性，fasta文件中最好除了>頭標(biāo)，字母及下劃線不要有其他不相關(guān)的字符，因?yàn)槿绻竺婺阋密浖治?phy文件的時(shí)候這些軟件對(duì).phy的格式要求比較變態(tài)，有其他多余字符它都會(huì)報(bào)錯(cuò)的(你如果在dos 下用命令合并文件請(qǐng)注意文件中最后一行的字符，請(qǐng)刪除)。做序列分析，常用的分析軟件有clustalW系列，mega也集成了蛋白比對(duì)工具，線上線下各種軟件自由選擇，區(qū)別不大，保存的格式可以選擇多一點(diǎn)，主要是看你后續(xù)操作。如clustalx 比對(duì)可以保存的結(jié)果格式如圖1所示。選中你希望的格式保存即可。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的linux系统发育树的构建步骤,分子进化树构建的简要步骤(以蛋白为例)的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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