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宏基因組/微生物組是當今世界科研最熱門的研究領域之一，為加強宏基因組學技術和成果交流傳播，推動全球華人微生物組領域發展，中科院青年科研人員創立“宏基因組”公眾號，聯合海內外同行共同打造本領域純干貨技術及思想交流平臺。

公眾號每日推送，工作日分享宏基因組領域最新成果、科研思路、實驗和分析技術，理論過硬實戰強；周末科普和生活專欄，輕松讀文看片漲姿勢。目前分享3000+篇原創文章，14萬+小伙伴在這里一起交流學習，累計閱讀超3400萬+。

公眾號合作創辦了宏基因組學、微生物組和生物信息高起點新刊“iMeta” ，由威立、腸菌分會和本領域數百位華人科學家合作出版的開放獲取期刊，主編由中科院微生物所劉雙江研究員和荷蘭格羅寧根大學傅靜遠教授共同擔任。目標是發表前10%(IF > 15)的高影響力論文。詳見： iMeta創刊宣傳片。發布了本領域首本專著《微生物組實驗手冊》，由本領域352位同行參與編寫，免費開源且持續更新，詳見125家單位聯合完成《微生物組實驗手冊(Microbiome Protocol eBook)第1版》。

創辦了世界首本微生物組與生物信息學期刊高起點新刊iMeta。

iMeta—微生物組與生物信息頂刊

• iMeta創刊宣傳片全球首發-中文版(雙語字幕)

• iMeta期刊26位編委入選2022年全球高被引學者

• iMeta科學編輯招聘啟事(可居家辦公，彈性工作)

• iMeta被DOAJ數據庫收錄！(2022/10/17)

• iMeta | 引用200+，立即指數3.98，百引耗時54天(2022/10/26)

• iMeta期刊3篇文章被PubMed收錄

• iMeta創刊花絮-探索未知，永不止步(全球青年編委的祝福)

• iMeta高起點期刊創刊會暨學術研討會成功舉辦：宣傳片、現場視頻、報告直播回放

• iMeta期刊青年編委招募(定位IF>15)

• iMeta | 婁翼來/Mendes/Kudrin主持金磚國家土壤微食物網專刊征稿

• 2022年9月最新學術出版透明與最佳行為準則

iMeta高被引論文

• 西農焦碩/韋革宏等-干旱生態系統中土壤真菌與細菌群落構建的關系

• 網絡分析平臺iNAP圖文/視頻教程

iMeta最新文章中文版+視頻

• iMeta | 中國農大楊棟組揭示膳食纖維化學結構對腸道微生物的調控

• iMeta｜同濟大學朱瑞新團隊靶向基石菌種可恢復非酒精性脂肪肝中失調的產丁酸菌

• iMeta | 中科院上海巴斯德所崔杰組綜述海洋RNA病毒圈的二十年研究

• iMeta | 揚州大學杜予州團隊揭示同域內同食物的兩種昆蟲腸道微生物群落裝配機制

• iMeta | 南醫大余光創組ggtree最新文章-系統發育樹存儲與可視化的數據結構

• iMeta｜中科院南土所褚海燕組揭示真菌對高寒林線多界生物群落的穩定作用

• iMeta | 中農馬曦組綜述腸道菌群與干細胞巢互作維持腸內穩態平衡

• iMeta | 德加合作揭示葛藤菌根真菌的遺傳多樣性和群落組成

• iMeta | 華科寧康等打通中藥成分鑒定和網絡藥理分析，助力中藥標準化數字化國際化

• iMeta | 浙大蔣超組綜述環境暴露組全景景觀圖

• iMeta | 成都中醫藥大學張楊組開發抗新冠中醫藥及其機制與療效數據庫

• iMeta | 青島華大范廣益組基于共標簽測序數據的高質量宏基因組組裝工具MetaTrass

第1卷第3期(2022.9)

• iMeta | 第1卷第3期來自8個國家的14篇文章正式發布(2022.9)

• iMeta | 南農沈其榮團隊發布微生物網絡分析和可視化R包ggClusterNet ?教程 計算網絡穩定性

• iMeta | 德國國家腫瘤中心顧祖光發表復雜熱圖(ComplexHeatmap)可視化方法

• iMeta | 海南大學張家超組-基于腸道菌群SNV基因標記物的炎癥性腸病預測模型

• iMeta | 深圳先進院戴磊組開發可同時提取共存菌株的組成和基因成分譜的菌株分析工具 視頻教程

• iMeta | Sangerbox: 交互式整合臨床生信分析平臺

• iMeta | 短讀長擴增子測序是否適用于微生物組功能的預測？

• iMeta | 林雁冰/James M. Tiedje/谷潔等揭示菌群對寄生植物列當的調控作用

• iMeta | 東農吳鳳芝/南農韋中等揭示生物炭抑制作物土傳病害機理

• iMeta | 華南農大陳程杰/夏瑞等發布TBtools構造Circos圖的簡單方法

• iMeta | 葉茂/時玉等綜述環境微生物組中胞內與胞外基因的動態穿梭與生態功能

• iMeta | 華南師大王璋組綜述人體肺部微生物組與人類健康和疾病之間的隱秘關聯

• iMeta | 中農李季組揭示有機農業長期定位試驗番茄微生物組結構

第1卷第2期(2022.6)

• iMeta | 第1卷第2期 在線正式發布(2022.6)

• iMeta | 中科院生態中心鄧曄組發布微生物組網絡分析平臺iNAP

• iMeta | 南京醫科大學孔祥清團隊創建前瞻性多組學縱向原發高血壓隊列eHypertension

• iMeta | Majorbio Cloud：一站式多組學數據分析平臺

• iMeta | 南醫大陳連民/孔祥清等綜述從基因組功能角度揭示腸菌對復雜疾病的潛在影響

• iMeta | 北大陳峰組綜述口腔微生物組的標準化研究：從技術驅動到假說驅動

• iMeta封面 | 宏蛋白質組學分析一站式工具集iMetaLab Suite(加拿大渥太華大學Figeys組) 1小時視頻教程+PPT

• iMeta | 北大陳峰/陳智濱等發表口腔微生物組研究中各部位取樣的實驗方法(Protocol)

• iMeta | 南昌大學丁霞等-水產養殖系統對中華鱉微生物組和腸道代謝組的影響

• iMeta｜西工大鐘楊權威等-根系菌群沿環境梯度的響應機制

• iMeta | 深圳先進院馬迎飛組開發基于神經網絡分析腸道菌群的方法

• iMeta | 華南農大曾振靈/熊文廣等-家庭中寵物犬與主人耐藥基因的共存研究

• iMeta | 南科大夏雨組納米孔測序揭示微生物可減輕高海拔凍土溫室氣體排放

第1卷第1期(2022.3)

• iMeta | 第1卷第1期在線正式發布(2022/3/28)

• iMeta | 高顏值高被引繪圖網站imageGP

• iMeta: 整合宏組學重新認識生命和環境科學

• iMeta | 吳青龍/王明福/劉金鑫等-從腸道菌群看待人類對高原飲食的適應性

• iMeta | 德布魯因圖在微生物組研究中的應用

• iMeta | 南科大宋毅組綜述逆境脅迫下植物向微生物組求救的遺傳基礎

• iMeta | 華中科大寧康組綜述用于蛋白質結構預測的宏基因組定量分析

• iMeta | 電子科大林昊組開發蛋白質賴氨酸乳酸化位點預測工具DeepKla

• iMeta | 青島大學蘇曉泉組開發跨平臺可交互的微生物組分析平臺

• iMeta | 西農韋革宏團隊焦碩等-土壤真菌驅動細菌群落的構建

• iMeta | 哈佛劉洋彧等基于物種組合預測菌群結構的深度學習方法

• iMeta | 中科院李小方等膳食甘草促進小鼠鎘解毒并調節腸道菌群代謝

• iMeta | 浙大倪艷組MetOrigin實現代謝物溯源和腸道微生物組與代謝組整合分析 視頻教程

iMeta教你繪圖/跟著iMeta學做圖

• 繪制基于非加權Unifrac距離的主坐標分析PCoA圖

• ComplexHeatmap包繪制熱圖展示不同樣本物種相對豐度

• 用ggClusterNet繪制共現網絡（Co-occurrence Network）

• circlize繪制環狀熱圖展示細菌功能聚類分析

• NMDS分析展示群落beta多樣性

• 群落微生物與環境因子相關性分析

• circlize繪制和弦圖展示樣本物種相對豐度

• ggplot2繪制多個餅圖展示菌群物種組成

• 微生物組共現網絡（Co-occurrence Network）繪制

• ggplot2繪制曼哈頓圖展現物種豐度差異

• 跟著iMeta學做圖｜ComplexHeatmap繪制多樣的熱圖

• 世界海拔地圖

• 使用ImageGP繪圖熱圖Heatmap

• 使用ImageGP繪圖富集分析泡泡圖

• 使用PMS分析微生物組(圖文+視頻)

• DeepKla預測賴氨酸乳酸化位點

ImageGP使用教程

• 分享高顏值免費在線繪圖介紹和使用的一次視頻直播

• 視頻演示 | 如何解讀和在線繪制進化樹并添加屬性注釋？

• 視頻演示 | WGCNA加權共表達分析在線操作

• 視頻演示 | ImageGP重新繪制WGCNA性狀關聯熱圖

• 視頻演示 | 在線差異基因/物種分析

• 視頻演示 | 畫個火山圖，標記下基因的名字

• 視頻演示 | BIC無代碼繪制差異基因火山圖

• 視頻演示 |點點鼠標在線繪制GO/KEGG富集分析泡泡圖

• 視頻演示 | Meta-gene圖譜在線繪制

• 視頻演示 | 高顏值免費在線繪圖工具功能預覽和幫助預覽

• 視頻演示 | 在線輕松繪制配對連線箱線圖

• 簡單強大的在線繪圖

• 簡單強大的在線繪圖-升級版

• 簡單強大的在線繪圖-第3版

• 在線WGCNA分析 （直接出交互式結果報告）

• 在線差異基因分析 （支持自動和指定批次校正）

• 這個工具可以組合參數畫出2種單細胞Marker顯示圖

• 高顏值免費在線SCI繪圖工具增加上傳功能

• ImageGP新上幾個小工具

• 如何保證文章中同一組樣品在不同子圖顏色一致？

• 推薦一款生信分析工具的集大成者

• 視頻演示 | 功能新增 | 增強版在線LEFSe分析和可視化鑒定標志性基因或物種

• Venn網絡展示富集分析結果

• 單個基因集富集分析泡泡圖繪制

• 多個基因集富集結果泡泡圖繪制展示

• 無代碼調整聚類熱圖分支順序

• 基因表達熱圖聚類并增加行列注釋

• 熱圖繪制一個快樂五一

• 輕輕松松畫個熱圖

• 續昨天的文章，在火山圖標記基因名字

• 畫個火山圖，標記下基因的名字

• 無代碼繪制基因表達箱線圖

• 什么是傾斜45度的火山圖？

• 在線直接繪制傾斜45度的“火山圖”

• 在線進行 PCoA 分析和相關統計檢驗

iMeta相關資訊

• iMeta | 引用過百次，立即指數 > ISME、NAR等期刊2倍 (2022/9/2)

• iMeta | 英文新媒體推特(twitter)主頁關注人數破千(22/10/1)

• iMeta | FSCapture報告錄屏和視頻剪輯(視頻教程)

• iMeta | EndNote調整完美引文格式教程

• Publons：文章審稿、編輯工作認證平臺

• 如何投稿iMeta期刊？ScholarOne投審稿系統作者使用教程

• 報告視頻錄制：騰訊會議錄屏+人像畫中畫特效

• 高影響力期刊iMeta揚帆起航(微生物組&生物信息)

• iMeta入駐ResearchGate學術社交平臺助力期刊國際化發展

• iMeta：已被谷歌學術(Google Scholar)收錄

• iMeta期刊投審稿系統ScholarOne正式上線

• iMeta期刊12名編委入選科睿唯安2021年度高被引學者

• iMeta宏基因組&生物信息期刊-創刊背景和簡介

• iMeta期刊顧問James M Tiedje當選中國科學院外籍院士

• 中國大陸SCIE收錄期刊分析：多少本刊？發文多少？解決了多大內卷？未來在哪里

• 微生物領域SCIE期刊分析(英美各40本，中國大陸0本)

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• Nature：微生物培養技術發展迅猛，未來要搞定一切！

• USEARCH—最簡單易學的擴增子分析流程(中國總代理)

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• 宏基因組分析教程

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《微生物組數據分析》專著

• 眾籌編寫《微生物組數據分析與可視化實戰》——成為宏基因組學百科全書的創始人(目錄)

• 編者序：初衷、計劃、要求、優勢、目標和展望

• 111.Protein Cell：擴增子和宏基因組數據分析實用指南

• 112.CMJ：人類微生物組研究設計、樣本采集和生物信息分析指南

• 121.個人電腦搭建微生物組分析平臺(Win/Mac)

• 122.Linux系統和Shell命令行簡介，走上數據分析之路

• 123.R簡介和統計繪圖

• 211.Alpha多樣性箱線圖(樣章，11圖2視頻)

• 212.樣本量和測序深度的Alpha多樣性稀釋曲線

• 213.維恩圖和集合圖(Venn&Upset)

• 221.Beta多樣性PCoA和NMDS排序

• 222.Beta多樣性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

• 223.主成分分析PCA

• 231.菌群物種組成堆疊柱狀圖、弦圖、詞云

• 245.熱圖展示微生物組的物種和功能豐度或有無、距離矩陣

• 246.三元圖的應用與繪圖實戰

• 251.全網最簡單的網絡圖畫法，小白福音包學包會

• 252.體現組間差異OTU模塊的微生物網絡圖

• 341.基于高通量測序的微生物組研究技術簡介

• 342.基于高通量技術的微生物組研究實驗設計

• 343.微生物組研究寫作的一般思路

• 西湖大學鞠峰組：環境宏病毒組學分析思路與常用工具

• 西湖大學鞠峰組：環境微生物的宏基因組學實例與新發現

• Windows10安裝Linux子系統Ubuntu 20.04LTS，輕松使用生信軟件，效率秒殺虛擬機

• 宏基因組領域雜志簡介及最新影響因子

學術報告錄播、PPT分享

• 75分鐘入門微生物組數據分析和結果解讀—劉永鑫(合肥，2021年6月23日)

• 青年生命科學論壇報告：擴增子和宏基因組數據分析與可視化流程—劉永鑫(北京210606)

• 宏基因組數據分析的機遇與挑戰—劉永鑫(北京，2020年12月8日)

• 劉永鑫：20分鐘講解微生物組數據分析與可視化實戰

• 南京袁軍/文濤ISME：基于大數據整合準確預測土壤的枯萎病發生

• 北生院王金峰Gut：時序微生物組數據重現生物膜裝配的動態過程 PPT+視頻

• 西湖大學鞠峰：環境微生物宏基因組學(報告視頻+PPT,11月23日)

• 2020年12月8日中科院劉永鑫報告：宏基因組數據分析的機遇與挑戰

• 擴增子和宏基因組數據分析流程和可視化方案—劉永鑫(南京，2020年10月27日)

會議、專刊、招聘

培訓會議

• 1月6-8日，臨床基因組/外顯組數據分析實戰技術研討會

• 2月3-5日，微生物組-擴增子16S分析

• 2月17-20日，高級轉錄組分析和R語言數據可視化

• 2月24-26日，微生物組-宏基因組分析

專刊征稿

• Agronomy|3.9分JCR1區征稿/37天見刊-宏基因組解析農業微生物組專刊(劉永鑫/于鵬)

• 程旭/王蒙岑/袁夢婷/李建剛/熊武客座主編Frontiers根際微生物組專刊征稿(IF>6)

• JoVE微生物組專刊征稿，寫方法拍視頻教程發SCI

人才招聘

• 深圳基因組所劉永鑫組招聘博士后4名(3年100萬+文章獎勵+項目績效)

• 基因組所劉永鑫組招收客座研究生/海外聯培博士(荷蘭瓦大/澳州莫道克/比利時列日/愛爾蘭都柏林)

• 生信人才，你的舞臺——基因幫誠招英才！

• 南科大翟繼先組招聘，博士生8萬+，博后34萬+

• 西奈山醫學院房剛組招聘博后—宏基因組與表觀基因組

• 林科院亞熱帶所袁志林組招聘博后—林木根際微生物

廣告合作

• 4 篇 NAR | 生物大數據時代，如何做好數據管理和再利用，發IF10+的數據庫文章？

科研經驗

• PubMed插件：分區、影響因子和即時IF一目了然

• 我的博士之路（壯根美顏-康亞龍）：五年讀博路，苦熬曙光明

• Nature ：讀博之前應該知道的二十件事情

• 研究生如何走出“迷茫”？

• Science：“每周工作進展匯報”在博士培養中的作用

• 學術界職稱與凡人修仙傳等級對應關系

• 論文返修與校對的經驗教訓

• 如何制作高質量的圖文摘要（Graphical Abstract）

• 谷歌學術上網和查文獻、引用、作者和領域分析指南

• 研究生新生進入實驗室后，如何成長？5點建議分享

• 張啟發院士的肺腑之言，值得每一位碩士/博士細細品讀！

• Nature子刊：你想成為生物信息學家？

• SCI論文投稿全程模板

• 10篇一作SCI博士的走心分享—宏組學研究之“道”

• 985助理教授與二本教授哪個水平高？

• 清華生命院長王宏偉專訪：面對這些情況，要勇于說“不”

• 從博后到PI的十個建議

• Nature：好導師的16個標準

• 研究生，導師不是你的保姆

• 關于腸道菌群研究的7大事實和5大倡議

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• 我的生物信息之路

• 我的掙扎 與 TBtools 的開發

• 公眾號搜索方法大全

• 科研團隊成長三部曲：1云筆記 2云協作 3公眾號

• 文獻閱讀 1GeenMedical 2SCI-HUB

• 生信編程模板 ?Perl ?Shell ?R

• 生物信息之程序學習

• 論文Figures，你不能不知道的秘密

• 圖表色彩運用原理的全面解析

• 原始數據極速上傳NCBI SRA教程

• 中國核酸數據庫GSA數據提交指南 擴增子16S實例 宏基因組實例

• 國家微生物科學數據中心微生物組學數據匯交指南：可提交文章附件

• Endnote X8云同步：有網隨時讀文獻

• Excel繪圖新高度-EasyCharts

• 你和PPT高手之間，就只差一個iSlide

• Windows10遠程桌面Ubuntu

• 想發高分論文的同學看過來，這里有10分的雜志和主編可以了解一下！

• 為何新刊物Microbiome影響因子這么高？主編Jacques Ravel教授來告訴你

• SCI論文寫作1.論文的三段式結構 2.引言的邏輯解析

• PDF編輯處理 壓縮PDF文件大小滿足上傳要求

軟件流程

• 陳程杰、夏瑞：數據分析工具TBtools介紹和操作視頻+公眾號/社群

• Graphpad繪圖初學 生物統計繪圖進階

• TBtools - 超過一萬人在使用的生信小工具

• BIOM：生物觀測矩陣——微生物組數據通用數據格式

• STAMP——微生物組間差異統計分析 簡明教程 中文幫助文檔

• FUNGuild：真菌功能注釋

• 在線RaxML構建系統發育樹

• MetaboAnalyst 4.0，代謝組學研究利器的升級

• Genevestigator: 查找基因在發表研究中的表達

• psRobot：植物小RNA分析系統 ?

• RepeatMasker：基因組重復序列注釋

• 基因組注釋 1重復序列 2非編碼和編碼基因 3功能注釋Prokka

• Canoco5繪制漂亮的DCA或CCA圖

• 一個細菌基因組完整分析腳本

• 結構方程模型（SEM）的理論和基本實現過程

• 使用結構方程模型需要知道的那些事（理論篇）

• 高通量數據中批次效應的鑒定和處理

軟件基礎必學系列

• Linux命令screen—終端切換，工作環境保存，畫面同步，防斷網

• 玩轉花式截圖、錄屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解決生物軟件安裝的煩惱

• Conda軟件安裝：虛擬環境、軟件通道、加速solving、跨服務器遷移

• 軟件安裝不上，可能是網速慢！Conda/R/pip/brew等國內鏡像大全

• 數據的質量控制軟件——fastQC

• 整合QC質控結果的利器——MultiQC

• 極速的FASTQ文件質控+過濾+校正fastp

在線軟件

• 越來越多雜志用webp存儲圖像，這個工具可以在線轉成PNG

• 圖片質量低怎么辦？這個網站很不錯！

• 推薦一個可能是最全的Venn圖一站式繪制工具

• 高顏值免費在線SCI繪圖工具增加上傳功能

• 國家微生物科學數據中心推出免費一站式生物信息分析云平臺

• 在線差異基因分析 (支持自動和指定批次校正)

• 微生物組數據庫: 一站式環境基因組學數據云平臺更新啦！

AI系列視頻教程

• 1論文矢量圖文字、線編輯

• 2論文圖形編輯和排版

• 3排版后圖形導出這樣的Tiff/PNG

• 4顯示網格移除剪切蒙版和背景

• 6直接選擇工具刪除白板

• 7魔棒工具批量操作

• 8幾個快捷鍵

• 9圖的放置和微調

• 10設置字體和微調

• 11調整對象大小

• 12批量變換同時選中的單個對象

• 13選中所有點

擴增子分析

• 價值130歐元的《微生物組分析Microbiome Analysis》2018版電子書

• 價值1143元的《R語言統計分析微生物組數據》系列圖書

• 再讀《數量生態學：R語言應用》

• 微生物組領域近十年最重要的8個軟件或算法

擴增子教程

• 擴增子16S分析專題研討論會——背景介紹

• 擴增子圖表解讀-理解文章思路

• 擴增子分析流程-把握分析細節

• 擴增子統計繪圖-沖擊高分文章

• 16S功能預測 0概述 ? 1KO通路PICRUSt ?2元素循環FAPROTAX ?3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列隨意預測宏基因組，參考數據庫增大10倍 NBT文章解讀 軟件使用

• CHM：FishTaco將樣本功能同對應的微生物聯系起來，得到功能改變的驅動因子

• 水稻微生物組時間序列分析 1模式圖與PCoA ?2a相關分析 2b散點圖擬合 3沖擊圖 4隨機森林回歸

• Nature Method：Rob Knight團隊開發Striped UniFrac算法分析微生物組大數據

QIIME2教程(2021.2)

• NBT：QIIME 2可重復、交互式的微生物組分析平臺

• 1簡介和安裝Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司機上路指南Experienced

• Genome Biology：人體各部位微生物組時間序列分析

• 4人體各部位微生物組分析Moving Pictures

• 5糞菌移植分析練習FMT

• Microbiome：糞菌移植改善自閉癥

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：干旱對土壤微生物組的影響

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：腸道菌群促進帕金森發生ParkinsonDisease

• 8差異豐度分析gneiss

• 9數據導入Importing data

• 10數據導出Exporting data

• 11元數據Metadata

• 12數據篩選Filtering data

• 13訓練特征分類器Training feature classifiers

• 14數據評估和質控Evaluating and controlling

• 15樣品分類和回歸q2-sample-classifier

• 16縱向和成對樣本比較q2-longitudinal

• 17鑒定和過濾嵌合體序列q2-vsearch

• 18序列雙端合并read-joining

• 19使用q2-vsearch聚類OTUs

• 20實用程序Utilities

• 21進化樹推斷q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23圖形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和開發中插件AvailableFuturePlugins

• 26開發新插件DevelopingPlugin

• 27語義類型Semantic

• 28社區Community

• 29參考數據庫DataResources

• 30補充資源SupplementaryResources

• 31名詞Glossary

• 32如何寫方法和引用Citing

易生信-擴增子教程

• 01-背景介紹

• 02-真菌引物選擇

Webserver在線分析平臺

• 這個Venn 網絡很漂亮！3分鐘帶你繪制！

• NAR | 胡圣偉/倪偉/陳同-動物宏微生物組組成與功能綜合數據庫CRAMdb發布

• 微生物組網頁工具MicrobiomeAnalyst——教你零基礎開展微生物組數據分析和可視化 Nature子刊：官網教程中文版、 實操教程、 ?NAR：原文解讀

• NAR：gcMeta——全球微生物組數據存儲和標準化分析平臺

• NAR：rrnDB-16S拷貝數校正數據庫

• METAGENassist幫你搞定宏基因組分析的圖形需求

• SILVAngs:16S/18S在線分析1 ?2

• 微生物組數據庫（http://egcloud.cib.cn）正式上線

• MetaCoMET——核心微生物組分析在線工具

相關軟件和數據庫教程

• 擴增子分析神器USEARCH 簡介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鑒定otutab_core

• 制作RDP數據庫的USEARCH版本用于擴增子物種注釋

• 擴增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文幫助文檔

• Nature Methods：快速準確的微生物來源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用實戰 原版代碼實戰

• SourceTracker—微生物來源分析

• LEfSe分析簡介
  簡化美化LEfSe分析結果圖 LEFSe優化結果和配色版 視頻教程

• DADA2中文教程v1.8

• 微生物擴增子數據庫大全

• NAR：UNITE真菌鑒定ITS數據庫

• MER： 基于ITS區域marker擴增真菌群落的準確性

• MIMOSA2： 基于微生物組和代謝組數據的整合分析

• 方差分解分析 (VPA)：定量不同環境因子對群落變化的解釋比例

• FungalTraits: 超越FUNGuild的最新真菌表型數據庫

宏基因組分析

• 微生物組常用數據庫國內備份站

高分文章和圖書推薦

• 一文讀懂宏基因組分析套路

• Springer發表第二版“宏基因組學”研究最新指導書

• Nature綜述：2萬字帶你系統入門鳥槍法宏基因組實驗和分析

• 1綜述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表觀組

• 2綜述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

• 3宏基因組定量、功能注釋和高級分析代碼

軟件評測和簡介

• Cell：20種宏基因組學物種分類工具大比拼‘

• Nature子刊：劉洋彧、Rob Knight等評測不同宏基因組物種定量方法及其對結果的影響

• NBT：主流高通量測序儀在人/細菌/宏基因組測序評測結果發布，華大智造表現優異

• mSystems：鳥槍法宏基因組測序之外我們還能做什么

• 青島能源所提出微生物組相似度新算法DMS

• 方法革新：8個宏基因組分析新工具

教程系列

• 2016加拿大宏基因組分析教程

• 1簡介-定義、方法和數據庫

• 2擴增子-微生物群落多樣性

• 3PICRUSt功能預測

• 4宏基因組物種組成和分箱

• 5宏基因組功能數據庫與通路

• 6宏轉錄組流程和功能 BBI：Eran Elinav組綜述在微生物組研究中使用宏轉錄組

• 7挖掘微生物組生物標記

• 4500元的微生物組培訓資料

• 微生物組助手——最易學的擴增子、宏基因組分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物組分析框架

• 斯坦福大學統計系教授帶你玩轉微生物組分析

• 30余款宏基因組分析軟件經驗總結上 中 下

• 微生物組學數據分析工具綜述 | 16S+宏基因組＋宏病毒組＋宏轉錄組

• Nature Protocols：整合宏基因組、代謝組和表型分析的的計算框架

有參分析Read-based

• MetaPhlAn2基于多標記基因的宏基因組物種組成定量 文章解讀 軟件使用

• HUMAnN2基于UniRef數據庫的功能定量 1文章解讀 2軟件教程 3有參分析流程

• Kraken：使用精確比對的超快速宏基因組序列分類軟件

• 宏基因組序列物種分類之kraken 1/2和Bracken的使用

• Kraken2：宏基因組快速物種注釋神器

• 宏基因組注釋和可視化神器MEGAN入門

無參Assembly-based

• 1背景知識-Shell入門與本地blast實戰

• 2數據質控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3組裝拼接MEGAHIT(多快好省)和評估quast

• MEGAHIT：通過簡潔的de Bruijn圖為超大型復雜宏基因組拼接的超快速單節點解決方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因組拼接工具

• IDBA-UD：組裝非均勻覆蓋度的宏基因組和單細胞數據

• MetaQuast：評估宏基因組拼接

• 4基因注釋Prokka Prokka：快速原核基因組、宏基因組基因注釋 Prodigal：原核基因識別和翻譯起始位點鑒定 ?metaProdigal：宏基因組序列中的基因和翻譯起始位點預測

• 5基于Kmer比較數據集sourmash

• 6不比對快速估計基因豐度Salmon Salmon不比對快速宏基因組基因定量

• 7bwa序列比對, samtools查看, bedtools豐度統計

• 8分箱宏基因組binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9組裝assembly和分箱bin結果可視化—Anvi’o

• 10繪制圈圖-Circos安裝與使用

物種/功能注釋數據庫

• NAR：查詢未培養病毒基因組的綜合生態和進化框架IMG/VR v3

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因組學和功能基因組學相關軟件和數據庫的研究進展

• WebMGA：超快的基因組序列聚類注釋在線工具

物種注釋

• TaxonKit：小巧、高效、實用的NCBI分類學數據命令行工具 JGG | TaxonKit：一款實用又高效的NCBI分類學數據工具包

eggNOG

• EggNOG功能注釋數據庫在線和本地使用 eggNOG 5數據庫介紹

KEGG

• 他開發了基因界的百科全書，貢獻卻少有人知

• KEGG在線數據庫使用攻略

• KEGG功能注釋工具 KofamKOALA 安裝與使用

• kofamscan：基于HMM模型注釋KEGG通路

CAZy糖代謝

• NAR-2018-dbCAN2鑒定宏基因組CAZYome碳水化合物相關基因

CARD抗生素抗性/耐藥基因

• Microbiome：城市海灘和污水中抗生素抗性組研究

antiSMASH

• antiSMASH：微生物次生代謝物基因簇預測 ?

• NAR：antiSMASH數據庫2—次級代謝物基因簇預測

• 抗生素抗性基因研究進展PPT分享

• 列舉一些分析次級代謝物基因簇相關的數據庫

分箱/MAG專題

• Nature子刊：宏基因組中挖掘原核基因組的分析流程

• Microbiome：宏基因組分箱流程MetaWRAP 簡介 安裝和數據庫部署 ?實戰和結果解讀

• NBT：宏基因組”讀云”10X建庫+雅典娜算法組裝獲得微生物高質量基因組

• DAS工具: 利用去重、聚合和評分的策略從宏基因組中恢復基因組

• 一文讀懂宏基因組binning

• GTDB：基因組分類數據庫，物種注釋和進化樹構建工具GTDB-tk

• CheckM——細菌基因組/MAG完整性和污染率評估

• MaxBin2——高效的分箱工具

統計分析及可視化

• Krona繪制物種或功能組成圈圖

• microbiomeViz：繪制lefse結果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因組數據預測細菌的生長速率

• curatedMD包挖掘宏基因組公共數據庫

細菌基因組

• 一文搞定細菌基因組De Novo測序分析

• EZBioCloud：16S和原核基因組物種注釋和新種鑒定

• drep：微生物基因組快速去冗余-文章解讀+幫助文檔+實戰

• 微生物分類學研究利器：模式微生物基因組數據庫

• Nature子刊：細菌和古菌從域到種的完整分類

• NAR：中科院微生物所發布全球模式微生物基因組測序計劃進展

• NC：中科院微生物所陳義華組發現新穎的聚酮類化合物起始機制

• 微課堂：MUMmer——國家微生物科學數據中心云工具

研究熱點

絕對定量

• 細菌絕對定量的方法總結

• 微生物絕對定量研究知多少

參考基因(組)集

最新文章

• NM: 人的腸道古細菌基因組集

• NBT：涵蓋20多萬個基因組的人體腸道微生物參考基因組集

• NBT：5萬個基因組和1.2萬個新種的地球微生物基因組集

• NBT：牛瘤胃微生物組的4941個宏基因組組裝基因組(MAG)

高分和功能挖掘

• Nature2019：人類腸道菌群的新藍圖

• Cell2019：15萬人體微生物基因組！超大規模宏基因組研究揭示數千計人體微生物新物種

• Cell2019：Tara2.0基因表達的改變和群落的更替塑造了全球海洋宏轉錄組

• Cell子刊2019：人類微生物組參考基因集中的單體基因

培養組

• NBT：人類腸道培養細菌的1520個基因組

• NG：微生物如何適應植物的？ 細菌基因組適應植物的特征

歷史經典

• NC2018：全球柑橘根際微生物組的結構和功能

• PNAS2016：土壤氮循環微生物功能特征的全球生物地理學

• NBT2014：人類微生物組千萬基因的參考基因集

• Nature2010：基于宏基因組測序構建人類腸道微生物組參考基因集

病毒組

• NAR：vRhyme - 對宏基因組中的病毒基因組進行分選的生信工具

• Nature子刊：加州大學伯克利分校Banfield組發現某些淡水湖泊中的大噬菌體或能加速好氧甲烷氧化

• PhiSpy：在細菌基因組中識別噬菌體

• DBSCAN-SWA：一行命令找到溶源噬菌體

• 熱點：3個故事概覽突飛猛進的腸道病毒組研究

• Nature：梁冠翔等發現腸道病毒組在新生兒體內分段寄生的模式

• Cell子刊：人體腸道病毒組高度多樣、穩定且個體特異

• QB：基于深度學習的病毒序列識別

• 病毒組研究的挑戰-相關的新興技術

• SCLS：巴斯德所崔杰組揭示海洋無脊椎動物RNA病毒的遺傳多樣

• eBioMedicine | 崔杰團隊應用單細胞轉錄組技術強調了人內源性逆轉錄病毒在膽囊癌中的潛在功能

• Front Microbiol | 廣東藥科原麗紅/水科院南海所姜敬哲-RNA病毒最新分類標準的討論

三代測序專題

• AS：中科院微生物所王軍課題組建立靶向RNA的病原檢測新方法mtNGS和mtTGS

• Nature 子刊：三代測序的DNA提取和宏基因組學分析

• NanoPlot：三代納米孔測序數據質量評估

• NBT：宏基因組二、三代混合組裝軟件OPERA-MS文章解讀 軟件使用

• Nature方法 | 三代長讀長宏基因組組裝軟件metaFlye

• Nature子刊：三代Nonopore測序數據耐藥性分析軟件NanoOK RT

• Nature子刊：使用MinION快速分析早產兒腸道菌群譜并鑒定抗生素抗性致病菌

• Nature子刊：三代Nanopore測序檢測細菌和菌群多種DNA甲基化類型的新方法

• NBT封面：納米孔宏基因組6小時識別下呼吸道病原體

• 納米孔測序揭示凍土凍融對土壤微生物群落變化的影響

• 2019新型冠狀病毒Nanopore測序標準操作流程

• Medicine in Microecology：微生物所王軍組發表Nanopore三代測序人類腸道病毒組的方法

• 納米孔宏基因組測序高分文章精選

• 面對萬億級測序市場，納米孔測序技術何去何從？

新冠病毒專題

• JGG：COVID-19感染導致兒童上呼吸道和腸道菌群持續失衡

• Gastroenterology：住院期間COVID-19患者腸道菌群的變化

• Cell：無癥狀新冠患者陽性持續105天

• CEJ：西安理工趙亞乾組冠狀病毒在水中傳播特征、可能遏制策略與研究挑戰

• The Innovation | 直接病原學證據：無癥狀患者可引起COVID-19傳播

Linux與Shell

• seqkit：序列梳理神器-統計、格式轉換、長度篩選、質量值轉換、翻譯、反向互補、抽樣、去重、滑窗、拆分等30項全能

• Linux命令中21個不太好搜索其含義的特殊符號你都知道嗎？

• Linux下為什么ls直接就可以運行，而你的程序要寫./dir1/dir2/bin/bwa才可以

• 這個為生信學習打造的開源Linux教程真香！

• 生信人值得擁有的編程模板-Shell

• 生信人值得擁有的編程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平臺搭建

• Windows輕松實現linux shell環境：gitforwindows 專題教程：這個40M的小工具助你在windows下處理數據如虎添翼

• 開啟win10內置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 極簡統計分析工具 datamash

• csvtk：表格處理神器-美化、統計、頭表、合并、轉置、篩選、取樣、去冗余 、分列、分類匯總和簡單繪圖

• 文件批量重命名的技術，你值得擁有

• 耗時很長的程序忘加nohup就運行了怎么辦？

• 推薦2個命令快速在本地和服務器之間上傳下載文件

R統計繪圖

• 這個神奇的網站r-graph-gallery提供各種圖的代碼供您參考！

R語言基礎

• R語言中這些你想知道含義又不知道怎么查的特殊符號

• 利用conda管理R包

• 圖之典—可視化圖表的詞典

• 編程模板-R語言腳本寫作：最簡單的統計與繪圖，包安裝、命令行參數解析、文件讀取、表格和矢量圖輸出

• R語言統計入門課程推薦——生物科學中的數據分析Data Analysis for the Life Sciences

• 數據可視化基本套路總結

• R圖轉成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量圖等

• 你知道R中的賦值符號箭頭<-和等號=的區別嗎？

• 使用dplyr進行數據操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，輕松實現長、寬數據表格轉換

• R最快且比dplyr最高效的大數據處理R包：tidyfst

• 字符串處理stringr包在微生物生態的應用基礎

• 1數據類型（向量、數組、矩陣、 列表和數據框）

• 2讀寫數據所需的主要函數、與外部環境交互

• 3數據篩選——提取對象的子集

• 4向量、矩陣的數學運算

• 5控制結構

• 6函數及作用域

• 7認識循環函數lapply和sapply

• 8分解數據框split和查看對象str

• 9模擬—隨機數、抽樣、線性模型

ggplot2繪圖基礎

• ggplot2高效實用指南 (可視化腳本、工具、套路、配色)

• 超詳細的pheatmap熱圖繪制教程(5000余字)

• ggplot2地理信息可視化 上 下

• 1初識ggplot2繪制幾何對象

• 2圖層的使用—基礎、加標簽、注釋

• 3工具箱—誤差線、加權數、展示數據分布

• 4語法基礎

• 5通過圖層構建圖像

• 6標度、軸和圖例

• 7定位-分面和坐標系

• 8主題設置、存儲導出

• 9繪圖需要的數據整理技術

• ggThemeAssist：鼠標調整ggplot2主題，不用再記這些代碼啦！

• 不需要懂得編程，但卻可以使用ggplot2畫出論文級別的圖？esquisse

• ggplot版本的華夫餅圖吧

R語言統計繪圖

• 使用aPCoA包實現校正協變量的主坐標分析（aPCoA）以排除混雜協變量的影響

• MBE：ggtreeExtra-用圖層疊加方法繪制環形進化樹

• 淺析R語言單因素方差分析中的多重比較

• 簡單使用DESeq2/EdgeR做差異分析

• 物種豐度排序堆積柱形圖及處理間各物種差異分析

• ggplot2版聚類樹+物種豐度堆疊圖

• R語言：快速生成許多差異明顯的顏色

• 50個ggplot2可視化案例

• R語言大會：宏基因組數據分析和可視化套路總結

• 28個實用繪圖包，總有幾個適合你

• R語言學習筆記之熱圖繪制

• 獲取pheatmap熱圖聚類后和標準化后的結果

• 聚類熱圖怎么按自己的意愿調整分支的順序

• R做線性回歸

• 繪圖相關系數矩陣corrplot

• 相關矩陣可視化ggcorrplot

• 繪制交互式圖形recharts

• 交互式可視化CanvasXpress

• 聚類分析factoextra

• LDA分析、作圖及添加置信-ggord

• 解決散點圖樣品標簽重疊ggrepel

• 添加P值或顯著性標記ggpubr

• R語言一鍵批量完成差異統計和可視化

• Alpha多樣性稀釋曲線rarefraction curve

• 堆疊柱狀圖各成分連線畫法：突出組間變化

• 沖擊圖展示組間時間序列變化ggalluvial

• 桑基圖riverplot

• 分類堆疊柱狀圖順序排列及其添加合適條塊標簽

• 淺析R語言非參數檢驗的多組比較及分面與分組的圖形藝術

• 微生物環境因子分析ggvegan

• R包vegan的Mantel tests探索群落物種組成是否與環境相關

• 五彩進化樹與熱圖更配ggtree

• 多元回歸樹分析mvpart

• 隨機森林randomForest 分類Classification 回歸Regression

• 加權基因共表達網絡分析WGCNA

• SPIEC-EASI的微生物網絡構建示例

• circlize包繪制circos-plot

• R語言搭建炫酷的線上博客系統

• 使用ComplexHeatmap包繪制個性化熱圖

• R包circlize：柱狀圖用膩了？試試好看的弦狀圖

• Science組合圖表解讀：相關corrplot+環境因子連線

• gganimate繪制動圖觀察連續變化數據

• Pathview包：整合表達譜數據可視化KEGG通路

• ggcor：相關系數矩陣Science級組合圖表

• ggridges包：時間動態波濤洶涌圖

• gg.gap：ggplot階截斷坐標軸的優秀完美解決方案 gg.gap繪制截斷圖

• 地圖 世界 中國 省份

• 手把手重現Science的主圖Maptree

• 基于R的混合線性模型的實現

• 普魯克分析（Procrustes Analysis）評估物種-環境/功能關聯度的一個示例

• R語言繪制帶聚類樹的堆疊柱形圖

• R語言完美重現STAMP結果圖

• 微生物群落基于KEGG預測功能的豐度分布圖繪制

• 頻率分布圖和散點圖SOP

• 路徑分析圖

微生物組R包

• 微生物組統計和可視化——phyloseq入門

• R包animalcules-一鍵式交互探索微生物組數據 Microbiome：animalcules-交互式微生物組分析和可視化的R包

• FEMS：微生物群落生態學數據挖掘的R包microeco

• microbiomeMarker：整合多種biomarker分析工具的R包

• EasyMicroPlot: 一種快速進行微生物下游分析的整合R包

網絡

• 網絡方法的發展及最新iDIRECT方法介紹

• 周集中團隊Nature子刊中網絡圖布局的R語言可視化復現

• Science：組合圖表繪制

• MetagenoNets：在線宏基因組網絡分析實操教程 NAR文章解讀

• 使用網絡圖展示Venn圖集合及Cytoscape操作視頻

• 網絡圖在R中的實現-igraph

• Gephi輕松繪制超美網絡圖

• 微生物網絡構建：MENA, LSA, SparCC和CoNet ?

• SparCC的微生物網絡構建示例

• Cytoscape: MCODE包實現網絡模塊化分析 GIANT包分析網絡的Z、P-score 制作帶bar和pie節點的網絡圖

• 一文學會基于R的靜態和動態網絡繪制

• 網絡分析概述之網絡基礎簡介

實驗設計與技術

• 一文講透植物內生菌研究怎么做

• 環境DNA高通量測序問題及解決SOP (Part 1: From sample to data)

• Cell Reports：去除宿主和胞外DNA以提高微生物基因組得率（痰液樣本）

• 環境樣品中病毒的富集與檢測方法

• 微生物組取樣和DNA提取建議

• 微生物常見20種培養基配方

• 微生物組學研究的那些”奇葩“動物模型

• 樣品生物學重復數據選擇 1必要性 ?2需要多少重復？ 樣本量確定

• 樣品命名 注意事項 實例

• NBT：擴增子及其他測序的最小信息標準和測序規范(MIMARKS)

• NBT：未培養病毒基因組的最少信息標準（MIUViG）

• 擴增子引物選擇 16S結構 16S單V4區是最佳選擇? 引物評估

• 海洋可培養微生物的鑒定與分類

• 怎么取糞便樣品

• 根際土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室溫存儲樣本方法比較

• NBT：高通量測序16S及18S rRNA全長

• Microbiome：16S擴增子測序研究中定量變異和生物量影響

• Microbiome：擴增子檢測環境樣本單細胞真核生物和寄生蟲的新方法

• Rob Knight: PCR不需要做三個平行再混合！

• DNA提取方法對浮游生物群落研究結果的影響

基礎知識

• 有聲專欄-宏基因組專業詞匯—001宏基因組

• Nature綜述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• Microbiome：微生物組名詞定義

• 群落生態學的 α-、β-、γ-多樣性

• 16S測序，不知道OTU你就out了！

• 擴增子分析還聚OTU就真OUT了

• 主流非聚類方法dada2,deblur和unoise3介紹與比較

• 排序方法比較大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法組間整體差異評估原理

• PCoA距離算法大全

• 讀懂PCA和PCoA

• 二代測序數據統計分析中為什么是負二項分布？

• 宏基因組基礎知識梳理

• 功能基因多樣性研究概述

• 擴增子SCI套路 1群落結構差異 2組間差異 3總結

• 環境因子關聯分析—CCA還是RDA

• P值背后那些事兒

• 輕松看懂機器學習十大常用算法

• 一文讀懂隨機森林在微生態中的應用

• 你想知道的ROC曲線

• 相關分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 學習全基因組測序數據分析 1測序技術 2fasta&fastq

• 一文讀懂Nanopore測序技術的發展及應用

• 小麥的一生矢量圖收藏貼-從種子的萌發到完熟

文獻解讀

*作者解讀(由論文作者親自講述文章結果和背后的故事)。

國刊之光

• mLife | 清華郭雪等氣候變暖重塑草地土壤微生物群落的季節動態變化

• Fundamental Research：根系分泌物通過調控土壤微生物影響碳周轉的機理

• STTT | 蔣建東/曹雪濤/王琰-口服黃連素c通過腸道菌群改善帕金森癥狀

• SBIO | 西農韋革宏組-大豆土壤細菌門間負向互作影響群落的動態變化和功能

• GPB：GAPIT 3全基因組關聯分析與預測軟件最新版發布

• JIPB：白洋組綜述根系微生物組群落構建及其對植物適應性的貢獻

Nature

• Nature | 全球海洋微生物組的生物合成潛力

• Nature | 朱軒/陳福和/袁國勇等證實冠狀病毒利用宿主半胱天冬酶-6 促進復制

• Nature：環境因素塑造了荷蘭人的腸道微生物組

• Nature：肺部微生物組調節大腦自身免疫

• Nature | 江西農大黃路生/陳從英等揭示豬血型基因調控腸道菌群的機制

• Nature | 植物與病原菌“軍備競賽”的“化學裝備” 何祖華研究組在水稻廣譜抗病的免疫代謝機制上取得重大進展

• Nature：深大李猛組揭示阿斯加德古菌新門(悟空古菌)及其與真核生物的關系

• Nature：承磊/李猛等發現產甲烷古菌的碳代謝新途徑

• Nature | 原核生物基因的生物地理學研究

• Nature：分離到一種位于原核生物-真核生物“交界”的古菌

• Nature：復雜菌群空間分布研究

• Nature：Jeff Dangl團隊揭示貪噬菌屬在微生物組中維持根的生長

• Nature：Rob Knight團隊發現血液和組織微生物組可診斷癌癥

• Nature：何勝洋和辛秀芳組發表植物葉際微生物組穩態機制*

• Nature：李海等揭示腸道菌群參與塑造B淋巴細胞抗原受體組庫

• Nature：人類胎盤應該真的是無菌的

• Nature：中科院先進院發現空間擴展生境定殖的進化穩定性策略

• 10篇Nature專題報導人類微生物組計劃2(iHMP)成果及展望

• Nature：iHMP之“微生物組與炎癥性腸病”

• Nature：iHMP之“微生物組與前驅糖尿病”

• Nature：人體菌群研究的25個里程碑

• Nature：首個腸道微生物對藥物代謝影響的系統性研究

• Nature：TEDDY計劃中幼兒腸道微生物組隨時間的發育

• Nature: 來自細菌的通告——群體感知效應

• Nature：皮膚微生物群-宿主相互作用

• Nature：真菌由腸道入侵胰腺定植富集Malassezia菌

• Nature：腸道菌如何影響大腦，幫助消除恐懼相關的行為

• Nature：微生物的膽汁酸代謝物調節宿主腸道特異Treg細胞的穩態

• Nature專題：腸道菌群研究的現在和未來

• Nature：在人類腸道營菌群中發現獲得性細菌防御基因

• Nature：依靠錳的氧化實現細菌的化能自養生長

• Nature綜述：腸道菌群與結直腸癌的研究進展

• Nature分享：如何寫好高被引綜述論文？

Scinece

• Science | 再野化植物微生物組——作物祖先微生物群可能為提高可持續的糧食生產提供了一種方法

• Science | 紅樹林中發現的巨型細菌挑戰傳統無核膜觀念

• Science | 鄭文山等發布微生物組單細胞測序新技術Microbe-seq(王軍/戴磊/晁彥杰點評)

• Science：紐約西奈山醫學院房剛組定量分析真核生物DNA 6mA解析細菌污染的影響

• Science觀點：不同細菌物種間極少合作—合理利用細菌間普遍存在的競爭關系來替代抗生素

• Science：產前母體感染促進后代的組織特異性免疫和炎癥

• Science：無氧世界的古菌氨氧化

• Science：豆科植物如何建造“固氮工廠”？Murray組在根瘤共生機制取得重要進展

• Science：中科院微生物所向華/李明組揭示護衛CRISPR-Cas的全新毒素-抗毒素RNA系統

• Science：擬南芥三萜化合物特異調控根系微生物組* 專家點評

• Sciences：用膳食纖維”釣”出15株緩解糖尿病的細菌！*

• Science綜述：利用根際微生物組提高作物抗旱和產量

• Science：腸道菌群又添一大功能，揭示你的真實年齡

• Science：亞硝酸鹽氧化細菌在黑暗海洋中的主要作用

• Science：又一明星菌群可以調控腸道免疫？

• Science：固氮（The nitrogen fix）

• Science：比較基因組揭示銀邊魚應對捕魚行為的表型進化機制

• Science評論|只需加一種菌，番茄不僅抗鹽脅迫還提高65%產量！

• Science：微生物組“淘金熱”，從人體中發現新型抗菌劑

• Science：病原菌激活植物內生菌群的抑病功能

• Science：綜述腸道菌群如何影響社交行為

• Science: 微生物組是宿主新興表型的來源

• Science：充滿銨鹽的環境依然發生固氮

• Science：基于微生物條形碼系統的高分辨率物源追蹤技術

• Science：英國Castrillo組揭示微生物群與根內皮的協調支持植物營養平衡！

• Science綜述：人類與微生物共進退

• Science：植物和微生物的新途徑：與共生微生物和病原微生物的相互作用驅動植物進化！

• Science：大數據揭示野生動物腸道菌群的多樣性與功能景觀

• Science：全球旱地放牧和生態系統服務

Cell

• Cell | 膳食糖誘導的微生物失調破壞免疫介導的代謝綜合征保護

• Cell：清華程功組揭示皮膚菌群的一種氣味揮發物促進黃病毒感染宿主吸引蚊蟲

• Cell綜述：人類微生物組研究中的單細胞方法

• Cell丨一圖讀懂西湖實驗室蔡尚團隊揭示乳腺癌“胞內菌”在腫瘤轉移定植中作用

• Cell：康奈爾大學郭春君組開發針對非模式腸道細菌的基因編輯工具

• Cell：人體腸道菌群的長期遺傳穩定性和個體特異性

• Cell：蜱蟲基因組和宏基因組數據

• Cell：一種用基因流定義微生物種群的反向生態學方法 PopCOGenT簡介

• Cell：浙大張興/朱永群組揭示細菌鞭毛馬達結構、組裝與扭矩傳輸機制

• Cell：中科院遺傳發育所周儉民受邀綜述植物免疫激活及信號傳導的最新進展

• Cell：土傳遺產

• Cell：植物根系如何允許有益微生物定植的

• Cell綜述：人類腸道菌群-從關聯到調控

• Cell ：根部微生物跨界的互作促進擬南芥生存

• Cell：小基因開啟微生物組研究新領域——大規模鑒定微生物基因組編碼的小蛋白質

• Cell：絕對異養型生物改造成完全自養型生物

• Cell二連發 | 廣東CDC/耶魯大學利用納米孔測序揭示中/美新冠病毒基因組流行病學傳播規律

Nature綜述

• Nature綜述：微生物群落形成過程中的優先效應

• Nature綜述：梁冠翔等總結近20年人類病毒組學的發展

• Nature綜述：一文揭秘土壤微生物的生死過程如何影響生物地球化學

• Nature綜述：從土壤到臨床-微生物次級代謝產物對抗生素耐受性和耐藥性的影響

• NRM：腸道微生物在人類代謝健康與疾病中的作用

• 束文圣和黃立南Nature綜述極端環境中的微生物多樣性

• NRM：人類微生物培養及培養組學

• NRM: 藍藻水華的形成機理及防治動態

• NRM: 擁抱未知-解析土壤微生物組的復雜性

• NRM: 追“根”溯源：植物根際的微生物生態

• NRM 關鍵物種對于微生物菌群結構和功能的驅動作用

• NRM：多年凍土的微生物組

• NRM：種內多樣性：解釋微生物組中的菌株

• Nature綜述: 給醫生的菌群分析指南上 下

• NRM：微生物的社交網絡 - 營養缺陷型如何塑造復雜群落

• NRM：提高作物產量？農作物微生物組是關鍵

• NRM：未培養微生物的新興培養技術

• NRM：微生物的衰老與壽命

• NRM：預測生物學：微生物復雜性的解析、模擬與應用

• Nature綜述: 微生物與氣候變化

• Nature綜述：噬菌體的百年研究

• NRGH：優先效應在生命早期腸道微生物組形成中的作用

• NRG：臨床宏基因組學的應用與挑戰

• NRM：微生物沿著寄生-共生連續體進化和轉變！

• NRM：宏基因組測序研究耐藥基因的方法和資源

• NRM：菌根共生的獨特性和共性

• NRM：如何獲得理想的微生物組

• NRM：工程微生物組的通用原則和最佳實踐

• NRG：關于RNA-seq，你想知道的都在這

• NRG：宏基因組測序研究耐藥基因的方法和資源

• NRM：植物與微生物組的相互作用：從群落裝配到植物健康上 下

Nature子刊

• Nature Microbiology｜益生菌的菌株特異性影響驅動早產兒腸道微生物組的發展

• Nature Medicine | 傅靜遠/陳連民評估腸道菌群、飲食及遺傳對人體代謝的重要性(王軍/鄭鉅圣點評）

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因調控根系微生物組參與氮利用*

• Nature Microbiology | 陳云/白洋/虞云龍等鑒定高效抗小麥赤霉病菌株及其作用機制

• Nature Microbiology | 王璋/陳榮昌/周宏偉-慢阻肺病呼吸道菌群-宿主互作機制

• Nature Microbiology | SeqCode：基于序列數據描述的原核生物命名規則

• Nature Protocols：遺傳發育所白洋組發表高通量分離培養和鑒定根系細菌的方法

• Nature Microbiology | 山羊糞便的綠色秘密

• NBT | 劉勇勤/駱迎峰等發布冰川微生物組的基因組和基因集

• Nature子刊 | 地下水固碳速率與寡營養海洋系統固碳速率相近

• Nature Microbiology | 枯草芽孢桿菌生物膜促進甜瓜生長并抗病

• Nature Microbiology | 可感染阿斯加德古菌的六種深海沉積物中的病毒基因組

• Nature子刊 | 繪制植物葉際菌群互作圖譜以建立基因型表型關系

• Nature子刊 | 周集中團隊揭示長期氣候變暖導致草地土壤微生物多樣性降低

• Nature方法 | CAMI2宏基因組分析方法評估

• NBT：王軍等用AI在腸道超高效“挖”抗菌肽

• Nature子刊：宏基因組組裝基因組實現譜系解析

• Nature子刊：來自人類腸道菌群的189,680種DNA病毒基因組集

• NBT：南農沈其榮、韋中團隊：番茄細菌性青枯病的噬菌體聯合療法(附視頻)*

• NBT：王運浩、區健輝等綜述納米孔測序技術

• Nature子刊 | 翟冰等造血干細胞移植中的腸道真菌菌群動態變化與臨床結果分析(招聘博后、助研)

• NBT封面：納米孔基因組測序快速臨床診斷細菌性下呼吸道感染

• NBT：MaPS-seq測序方法揭示腸道微生物空間分布

• NBT：線蟲的工程細菌共生體提高對西方玉米根蟲的生防潛力

• NBT：利用血液代謝組預測腸道微生物組的多樣性

• NBT：Rob Knight團隊發表微生物組數據降維新方法

• NBT：利用細胞甘油三酯存儲提高鏈霉菌中聚酮類化合物的效價

• NBT：改進宏基因組的分箱和組裝的新方法

• Nature Methods：中大駱觀正組在RNA修飾方法學領域取得重要進展

• Nature Geoscience：到底誰才是限制非共生固氮的幕后主使*

• Nature Medicine：iHMP之“微生物組與早產”

• Nature Medicine：嬰兒生命早期腸道病毒組和細菌組的動態

• NEE：不想當化學家的物理學家不是好的生物學家

• NEE綜述：微生物系統的功能與功能冗余

• Nature Microbiology：加州大學Banfield組揭示CPR細菌和DPANN古菌多樣性及與低溫TEM下宿主互作關系

• Nature Microbiology：房剛組揭示細菌表觀遺傳調節艱難梭菌孢子形成*

• Nature Microbiology：視頻解讀！鐵載體：作物根際稀缺資源保衛戰的“秘密武器”

• Nature Microbiology：微生物組數據系統發育分析的方法

• Nature Microbiology：全球污水處理廠細菌群落揭秘！

• Nature Microbiology：王四寶組揭示按蚊腸道共生菌抗瘧的分子機制

• Nature Microbiology綜述：古菌的多樣性、生態功能和進化史

• [Nature Microbiology：古菌基因組的標準化物種分類方法

• Nature Climate Change：周集中團隊揭示氣候變暖增強了微生物網絡的復雜性與穩定性

• Nature Plants：植物根系微生物組中共生細菌的宿主偏好性

• Nature Plants: 可持續農業生態系統中的核心微生物組

• Nature Plants：英屬哥倫比亞大學揭示植物塑造根際微生物組新機制

• Nature子刊：Sundaresan組-水稻長期干旱之后持續性的擾亂微生物組構成(宋毅點評)

• Nature Plants：根系微生物可以遠程提高植物應對地上部環境脅迫的能力

• Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究組揭示土傳病原菌逃避寄主免疫的新機制

• Nature Plants：華中農大Kenichi Tsuda組利用植物體內原位細菌轉錄及蛋白組學鑒定寄主免疫攻擊的病原菌蛋白

• Nature Plants：中德合作發現玉米根系與根際有益微生物互惠關鍵生物學機制

• Nature Plants：浙大王蒙岑組揭示水稻種子內生菌抗病新功能

• Nature Plants：河南大學王學路團隊揭示大豆與根瘤菌匹配性的進化及其分子機制

• Nature Protocols：何勝陽組建立擬南芥微生物組研究的標準化生長體系！

• Nature Food綜述：墨爾本大學賀紀正組綜述土著作物微生物組對可持續農業的潛力！

• NEE：微生物系統中的功能與功能冗余

Nautre Communications

• NC | 哈佛醫學院劉洋彧組MAG解析人微生物組在COVID-19中的作用

• NC | 中國農大草業學院楊高文組揭示發現多因子干擾會降低土壤微生物多樣性的積極效應

• NC | 董西洋等在深海冷泉沉積物發現大量固氮微生物(視頻解讀)

• NC | 西湖大學陶亮組-TMPRSS2“助攻”病毒感染并介導索氏梭菌出血毒素的宿主入侵

• NC | 腸道細胞和乳酸菌共同作用來防止念珠菌感染

• NC | 程蜀琳/陳洛南/張晨虹-運動干預脂肪肝的改善與腸道菌群網絡的聯系

• NC：港大張彤團隊-基于組學的耐藥基因風險評估框架

• NC：中國藥科郝海平和鄭嘯發現飲食-微生物互作緩解腸損傷

• NC：遺傳發育所Speakman組-棕色脂肪是無菌小鼠改善血糖的關鍵

• NC：宏基因組聯合宏蛋白組分析揭示土壤微生物降解多酚

• NC：中科院動物所王關紅等綜述基因技術防控蚊媒疾病

• NC：王金鋒等揭示陰道菌群異位對子宮健康的影響

• NC：中農徐凌/UC伯克利Coleman-Derr-植物與根際微生物在干旱下的互作機制(招博后)

• NC：噬菌體中無機硫輔助代謝基因的生態學研究

• NC：海大張曉華團隊發現馬里亞納海溝微生物抵抗高壓的新機制

• NC：菌物組構建—-隨機性v.確定性、干旱脅迫、宿主篩選、統一動態(郭良棟、楊軍點評)*

• NC：南農沈其榮、張瑞福團隊揭示多樣性激發的確定性細菌裝配過程限制群落功能

• NC：你覺得你吃的是草，其實你還是吃的土(遺傳發育所朱峰)

• NC：恢復菌群多樣性或能降低耐藥性

• NC：蜜蜂腸道微生物的多樣性

• NC：應對干旱 細菌崩了 真菌依然很穩（純網絡分析發Nature子刊）

• NC：南土所賈仲君組-稻田甲烷氧化的微生物機制

• NC：沈陽生態所揭示病原真菌和昆蟲對溫帶森林木本植物物種共存的重要作用

• NC：機器學習方法擴展了anti-CRISPR蛋白家族的所有成員

• NC：免疫組庫高通量分析工具：IGoR——更精確剖析免疫組庫

• NC：微生物所科學家建成小鼠腸道微生物資源庫

• NC：南農團隊解碼并重構微生物群體感應系統

• NC：全球變化因子對土壤微生物多樣性和功能的影響

• NC：電纜細菌減少水稻種植土壤中的甲烷排放

• NC：三代測序重構菌株水平宏基因組序列的計算框架iGDA

• NC：劉威/潘玉峰等發現腸道微生物可以影響果蠅的攻擊行為

npj期刊

• npj | 寧波大學張德民團隊揭示對蝦生物絮團養殖系統細菌群落的調控機制

• npj | 王德華/張學英等揭示荒漠嚙齒動物通過“菌群-腸-腎”軸耐受高鹽的機制

• 華南師大王璋、廣東省中醫院黃清春、黃閏月等揭示痛風患者腸道菌群特征

• npj Microbiomes|細菌群落的整體涌現特性誘導了擬南芥的干旱抗性

Science和Advance系列

• SA：植物所楊元合組揭示礦物保護和微生物屬性對凍土碳動態的關鍵調控作用

• SA | 天昊Accu16S細菌絕對定量技術助力發現“腸-骨軸”調控股骨頭壞死機制

• Science子刊: 長期殺蟲劑誘導選擇下的宿主基因組與微生物組的共適應

• SA：南農沈其榮團隊Science子刊揭示番茄早期微生物組功能決定成年健康*

• SA: 類配對分析法揭示孤獨癥患者腸道菌群解毒功能受損

• AS：西湖鄭鉅圣/鞠峰-人類腸道中特定耐藥基因累積可能導致糖尿病風險上升

• AS | 中大丁濤/田國寶等揭示口腔菌群的差異化輸入塑造了與健康狀況相關的兩種肺型

為什么Science子刊這么少，因為雜志和文章量最小，比Nature子刊少1個數量級。

Cell子刊

• Cell子刊：清華梁冠翔組綜述人類病毒組從起源到成熟的過程以及相應的調控機制

• Cell子刊：源自微生物群的醋酸鹽能夠在健康和疾病期間促進大腦先天免疫系統的代謝適應性

• Cell Host | 張群業/王哲/張澄-腸道微生物群失調加重腹主動脈瘤

• Cell子刊：粘上你-細菌生長素介導的植物根部細菌定殖

• CHM：中科院遺傳發育所周儉民組發現特異靶向病原菌致病力的植物天然產物并闡明作用機制*

• CHM：微生物來源的細菌素靶向宿主抗早期斷奶仔豬腹瀉研究

• CHM綜述：口腔微生物群的部位特點：微米級生境與生態位

• CHM綜述-建立因果關系：合成菌群在植物菌群研究中的機會

• CHM：根瘤菌微生物群落的模塊化特征及其與共生根瘤菌的進化關系

• CHM：成年同卵雙胞胎的病毒組多樣性與腸道微生物組多樣性相關

• CHM：中山大學李劍峰組揭示植物利用細菌獲得真菌抗性

• CM：發現60%的非酒精性脂肪肝與腸道菌有關，攜帶者體內酒精可達健康人4-6倍

• CM:北大姜長濤組發現HIF-2α通過腸道菌群調控脂肪產熱

• TiMM微生物組學研究的突破與瓶頸

• Cell Reports：中大駱觀正+上科大季泉江-CRISPR引導的細菌靶向遺傳篩選系統

• Cell Reports：中科院動物所魏輔文組解析大熊貓腸道菌群季節性變化的功能

• Cell Reports | 北大吳曉磊/聶勇組代謝分工微生物群落的組裝機制

Gut

• Gut | 華科寧康組利用遷移學習克服區域效應實現微生物特征的跨區域疾病診斷(視頻)

• Gut：劉星吟/王益超/曹愛華等揭示孤獨癥患兒腸道菌群發育軌跡圖譜(趙方慶點評)

• Gut：糞便病毒組移植減輕2型糖尿病和肥胖癥模型小鼠的相關癥狀

• Gut：人體最初的微生物起源與生殖健康* 孕期健康對孩子至關重要

• Gut：人體口腔菌群的穩定性和動態變化規律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”

• Gut-2018-早期肝癌腸道生物標志物鑒定

PNAS

• PNAS | 朱永官院士團隊單細胞拉曼結合靶向宏基因組揭示土壤活性抗生素耐藥組

• PNAS: 干旱延緩高粱根系微生物組的建成并富集革蘭氏陽性菌

• PNAS：人類皮膚微生物的獨特性和哺乳動物的系統發育共生現象

• PNAS：問微生物群落演替之隨機性與確定性過程-誰主沉浮

Microbiome

• Microbiome | 周之超等開發基于微生物基因組的功能分析軟件METABOLIC(視頻)

• Mirobiome | 廣東省科學院土壤所孫蔚旻團隊：固氮內生菌可以提高中國芒草的生態適應性

• Microbiome：沈其榮院士團隊揭示土傳枯萎病發病根際微生物群落形成機制

• Microbiome | 黃海所陳松林院士/華科寧康等-腸道菌群在龍利魚(半滑舌鰨)抗弧菌病性狀形成中的機制

• Microbiome | 印遇龍院士團隊尹佳組在豬益生菌研究領域取得重要成果

• Microbiome | 東北農大石寶明/孟慶維等揭示宿主-微生物互作介導豬腸炎免疫

• Microbiome | 中國農科院王加啟+趙圣國：宏基因組指導未培養微生物分離培養的機遇與挑戰

• Microbiome：污水處理廠的微型真核腸道寄生蟲：多樣性、活性和去除

• Microbiome：香港理工李向東組-醫院源可吸入耐藥基因與宿主群落、臨床關聯和環境風險

• Microbiome：中科院微生物所蔡磊組揭示病害影響植物微生物組群落構建與功能適應

• Microbiome：西農韋革宏團隊簡化合成菌群通過激活ISR防治黃芪根腐病

• Microbiome：人類腸道和病原菌的可移動抗性組驅動環境中抗生素抗性增長

• Microbiome：海南大學張家超、Rob Knight等揭示益生菌在宿主腸道內適應性進化規律

• Microbiome：城環所楊軍組-小幅鹽度變化改變了城市水庫微型真核浮游生物群落的構建過程和網絡穩定性

• Microbiome：浙大馬忠華團隊-生防細菌抑制病原真菌新機制

• Microbiome：微生物所劉雙江組建立人腸道微生物資源庫（hGMB）

• Microbiome | 中科院張惠明團隊揭示RNA介導的DNA甲基化影響植物根部微生物群落

• Microbiome：南土所梁玉婷組-稻田土壤產甲烷菌的共存模式

• Microbiome: 鄉村環境微生物組成及功能基因或對呼吸道及過敏疾病具有保護性

• Microbiome：中國人群宿主遺傳、腸道菌群與復雜疾病的關系

• Microbiome：地球上有多大比例的原核生物已經被測序了基因組？

• Microbiome: 微生物組的定義重新審視:舊概念和新挑戰

• Microbiome：Kraken2進行16S物種注釋又快又準，秒殺QIIME2

• Microbiome：捕食性細菌新類群-慢生單胞菌目細菌獨特的生境適應性

• Microbiome：微生物群落在深海熱液硫化煙囪體由活躍轉換為非活躍狀態過程中的演替模式

• Microbiome：華中農大謝卡斌組利用CRISPR系統減少16S rRNA基因測序宿主污染*

• Microbiome：南土所孫波組揭示間作重塑根際微生物組并促進生長的機制

• Microbiome：南京農大團隊在粘細菌捕食的生態學功能方面取得重要進展

• Microbiome：中外合作揭示微生物群落降解復雜微生物聚合物的酶(視頻導讀)

• Microbiome：環境過濾驅動農田生態系統土壤古菌獨特的空間分布*

• Microbiome：土壤微生物驅動退耕還林系統土壤剖面的養分循環*

• Microbiome：40年施肥處理后固氮菌及氮固定受抑制 新聞稿:南土所褚海燕組揭示長期施肥抑制根際微生物固氮的作用機制*

• Microbiome：根系分泌物驅動土壤記憶抵御植物病原菌*

• Microbiome：馬鈴薯瘡痂病與土壤微生物組關系新進展*

• Microbiome：所謂的“富集培養”獲得的微生物真的都是被“富集”出來的嗎？*

• Microbiome：雞腸道微生物宏基因集(張和平、魏泓、秦楠點評)*

• Microbiome：應用多維宏組學方法協同揭示復雜細菌群落對目標底物代謝的菌間相互關*

• Microbiome：利用Nanopore高通量測序技術解析污水處理體系可移動抗性基因組*

• Microbiome：隨機過程主導亞熱帶河流微型真核浮游生物群落構建*

• Microbiome：擴增子16S分析蘇鐵類植物微生物組*

• Microbiome：韋中組揭示根際原生動物群落是決定植物健康的關鍵因素*

• Microbiome：野生哺乳動物的皮膚和腸道微生物對核污染的反應

• Microbiome：微生物在植物世代之間的旅程

• Microbiome：南農張瑞福團隊揭示放牧引起草原微生物組變化驅動土壤有機碳的轉化和生產力的提升

• Microbiome：中科院遺傳發育所揭示植物發育和氮肥共同作用下的小麥根系微生物組

• Microbiome：土壤微生物群落對有機和無機土壤改良劑和細菌入侵的恢復力

• Microbiome：NGLess語言實現快速可重復分析宏基因組的流程NG-meta-profiler

• Microbiome：首個地球微生物“社會關系”網絡在浙大繪制！

• Microbiome：再論擴增子功能預測分析(Picrust)的效果

• Microbiome：使用16S rRNA基因數據集實現種水平的分類

• Microbime：微生物組學領域的標準制定

• Microbiome：稻種的馴化在生態進化上塑造水稻種子的細菌與真菌群落

• Microbiome：長江中浮游和底棲硅藻的生物地理模式

• Microbiome：生態中心張麗梅組-植物發育時期驅動玉米微生物組生態角色的分化

• Microbiome：宏基因組揭示凍土帶、溫帶草原和熱帶土壤抗性的特征

ISME

• ISME | 西農姜雨/牧醫所黃火清等發布腸道原蟲基因組集，顛覆百年認知

• ISME：表層藍藻下沉至1000米深海固氮

• ISME | 浙大黃健華/陳學新等揭示寄生蜂調控寄主營養代謝的新機制

• ISME | 擬南芥次生代謝物調控微生物組介導的線蟲入侵

• ISME | 沈其榮團隊韋中組-土壤生物障礙發生的根際微生物組診斷

• ISME | 熱液微生物群落揭示了噴口區的生物地理學和嗜熱性的進化歷史

• ISME | 沈其榮團隊在有機肥驅動原生生物與芽孢桿菌互作防控土傳病害取得進展

• ISME：林科院袁志林等-冷杉優勢真菌共生發育的基因家族趨同演化及平衡選擇機制

• ISME：胡鋒/朱永官等揭示土壤噬菌體-宿主菌協同應對有機氯農藥脅迫機制

• ISME：南農張瑞福組揭示芽孢桿菌通過代謝互作刺激常駐根際微生物促進植物生長！

• ISME：南農韋中等消減土壤青枯菌生物障礙新策略

• ISME：微生物網絡構建與分析面臨的挑戰

• ISME：土壤微生物對硫的短期及長期利用的決定因素-基于13C,15N,14C和35S多同位素標記結果

• ISME：西農沈錫輝+韋革宏+王瑤揭示細菌鐵獲取和外膜囊泡招募新機制

• ISME：根系招募特異型菌群增強植物對鹽脅迫的抗性

• ISME：中國林科院亞林所袁志林組揭示鹽堿地根系深色有隔內生真菌種群基因島的正向選擇機制

• ISME：南土所梁玉婷組-不同氣候條件下微生物代謝及殘體介導施肥對土壤有機碳的影響

• ISME：中大李文均組在放線菌生命暗物質的生態功能與進化上取得進展

• ISME：昆士蘭大學郭建華組-人造甜味劑會促進細菌耐藥性的傳播

• ISME：多組學揭示低氧環境下的汞甲基化細菌

• ISME：中科院微生物所揭示細菌利用光能新機制！

• ISME: 中科院南京土壤所褚海燕組揭示關鍵菌群的生物多樣性決定作物產量

• ISME: 北大吳曉磊組發現囊泡為細菌利用環境血紅素提供全新途徑

• ISME：南農沈其榮團隊基于大數據準確預測土壤的枯萎病發生 純生信發ISME

• ISME: 近海沉積物中古菌群落的時空動態：群落構建機制和共現關系

• ISME：海洋氨氧化古菌的營養能量策略決定其生物地理學分布格局(秦瑋組招聘博士/博后)

• ISME：中科院動物所張知彬組揭示腸道微生物介導了降雨變化對布氏田鼠種群的上行效應*

• ISME：群落構建過程的平衡介導農田土壤微生物群落物種共存*

• ISME：污水廠抗性組受細菌組成和基因交換驅動且出水中抗性表達活躍*

• ISME：城環所楊軍組揭示水庫藍藻影響真核浮游生物的群落演替和物種共存*

• ISME：宿主性別可以決定腸道微生物對寄生蟲感染的響應*

• ISME：整合分析揭示塑料圈微生物組的全球多樣性

• ISME：二型糖尿病患者中與牙周炎相關的齦下菌群

• ISME：華中農大李霞組發現大豆根際微生物組變化與根瘤菌共生效率的關系

• ISME：病原菌介導植物根際有益微生物群落組裝

• ISME：菌根真菌菌絲分泌物中的果糖作為信號激發解磷細菌活化植酸

• ISME：微生物生態學中的挑戰：建立對于群落功能與動態的預測性認識

• ISME：高手開杠-‘1%的微生物可培養’到底為哪般？

• ISME：相關分析在微生物生態學中的應用與誤用

• ISME：沈農欒軍波組揭示水平轉移基因的功能

• ISME：二氧化碳和氮水平對植物根表菌群和功能的影響

• ISME：比較基因組學揭示藍藻進化和生境適應性特征

• ISME Commun: 華中農業大學在菌群收斂機制方面取得新進展

• ISME Comm | COVID-19疫情期間和之后河流浮游生物群落的干擾和恢復

Genome Biology

• GB：香港城市大學孫燕妮組發表高準確度病毒株識別工具VirStrain

• GB：趙方慶組揭示生命早期腸道菌群演變規律及決定因素

• GB：MITRE利用微生物組時間序列數據推斷與宿主狀態變化相關的特征

• GB：徐健/王師/黃適合作開發微生物組測序新方法2bRAD-M

Cell Research

• Cell Research封面 | 劉志華組揭示腸道菌群可促進胰島素的分泌*

• Cell Research：華農解析水虻基因組圖譜和腸道微生物組降解規律

Protein & Cell

• Protein Cell | 駱觀正/梁普平/何川-CROss-seq技術系統鑒定多個CRISPR工具的脫靶效應

• Protein & Cell：心血管疾病中的腸道微生物及其潛在的治療應用

• PC：腸道菌群及其代謝物在代謝性疾病中的作用

• PC: 陳峰等縱論口腔菌群何以影響全身*

• PC: 對菌群影響藥效和毒性的全面總結*

Molecular Plant/New Phyto/Plant Comm

• MP: 王二濤組及合作者揭示叢枝菌根共生與根瘤共生的協同進化機制*

• MP綜述：植物-微生物互作的系統生物學

• MP：微生物跨界平衡維持植物健康

• MP：中科院微生物所郭惠珊組和中科院上海植物逆境中心段成國組合作揭示油菜生長與免疫動態調節的新機制

• New Phyto | 沈其榮團隊李榮等解析生物有機肥培育抑病土壤的根際菌群抵御病原菌入侵的機制

• Plant Com：絕對定量檢測宿主微生物組的HA-QAP技術簡介* 全文解讀

Bioinformatics

• BiB：王秀杰/裴小兵合作開發單細胞組學細胞標記基因鑒定算法COSG

• BiB: 電子科大鄒權組構建基于腸道菌群平衡的疾病預測模型及微生物生物標志物發掘平臺

• GPB：農業生產活動對水體微生態的重要影響

• GPB：菊粉改善糖脂代謝紊亂作用的機制

• GPB：葛根芩連湯調節腸道菌群治療糖尿病的關鍵活性成分鑒定及機制研究

• GPB: MicroPhenoDB量化關聯宏基因組與病原微生物、核心基因和人類疾病表型

• Bioinformatics：吉林大學劉富組-深度學習從宏基因組序列中識別短病毒序列Virtifier

美國微生物學會mSystems/mBio/AEM

• mSystems | 中農汪杰組揭示影響土壤“塑料際”微生物群落的機制

• mSystems | 中科院微生物所東秀珠組發現細菌和古菌協同代謝甜菜堿產甲烷

• mBio：西農韋革宏/焦碩等揭示隨機組裝過程促進稀有物種多樣性和多功能性(附招聘)

• James M. Tiedje院士：微生物與氣候變化——未來研究的新篇章

• MS：中山大學丁濤/吳忠道-腸道菌群調控血吸蟲病傳播媒介光滑雙臍螺適生性的新機制

• mSystems：“地球第四極”馬里亞納海溝極端環境中神秘的底棲病毒群落及其生態功能

• mSystems：生物地球化學進入病毒時代-采用多樣的方法研究病毒和生物地球化學循環

• mSystems：華中農大郝秀麗組發現稀有/豐富微生物類群對鎘污染土壤改良劑的不同反應！

• mSystems：青大蘇曉泉闡述微生物組的Beta多樣性-從全局比對到局部比對

• mSystem：西農韋革宏組細菌-真菌互作影響微生物多樣性-土壤養分循環關系

• mSystems：蘇曉泉、徐健等發布全球微生物組結構和功能搜索平臺2.0

• mSystems：蘇曉泉、徐健-基于大數據引擎的全球微生物組轉化網絡

• mSystems：華南農大揭示水稻SST基因調控根際微生物協同耐鹽機制

• mSystems: 中科院動物所王德華組揭示低溫下野生動物腸道菌群提高存活率的機制

• mSystems：南京土壤所褚海燕組受邀發表微生物生物地理學綜述(官方配視頻簡介)

• mSystems： 南土所褚海燕組揭示了大空間尺度下空間比季節對土壤微生物群落的影響大

• mSystems：土壤化學計量特性影響土壤C、N和P循環微生物豐度及其對全球變化的抵抗力

• mSystems：南昌大學徐振江團隊發現微生物預測年齡皮膚比腸道更準確

• mSystems：從鐵載體窺根際菌群互作大局，可見一斑！

• mSystems：相對豐度會歪曲實際豐度，聯合16S擴增子測序和總菌qPCR獲得的絕對豐度可靠嗎？

• mBio：微生物組學研究的可再現性、可重現性、穩定性與普適性

• AEM：眾里尋他千百度，用了SIP不迷路-識別污水處理單元中砷氧化細菌的多樣性及代謝潛力

• AEM：南林樊奔等-植物根際促生菌控制大豆疫病

• MS｜謝黎煒組發現混合益生菌制劑及其代謝產物可緩解結腸炎

• MS | 北航賀子龍等泛基因組研究金黃色葡萄球菌基因組可塑性的驅動因素

Frontier系列

• Frontiers | 北林鄔榮領/何曉青-網絡作圖揭示擬南芥與葉際微生物組互作機制

• FiM | 牧醫所奶業創新團隊建立瘤胃微生物脲酶的靶向宏蛋白質組方法

• FiM：西南民大朱英等-腸道菌群研究促進了朱鹮的遷地保護

• FiPS綜述：植物次生代謝物與微生物組互作研究進展

• FiM：大熊貓的腸道菌群可能并沒有特化出發酵纖維素的能力

土壤SBB/SEL/Geoderma

• EJSS: 南土所梁玉婷組-生境決定了土壤植物系統中細菌、抗性基因和可移動元件間的關系

• Geoderma：南土所梁玉婷組-施用糞肥土壤中抗生素抗性基因和金屬抗性基因的共存機制

• SBB：南土所梁玉婷、孫波等跨氣候帶土壤移置揭示了氣候變暖及施肥對土壤固氮微生物遞增的環境過濾作用

• SEL重磅：重新認識菌根：菌根真的如普遍認為的那樣重要嗎？

• SEL | 植物通過根系分泌物招募假單孢菌協助抵抗地上部病原菌侵染

• SBB：石油污染土壤微生物群落構建與生物多樣性研究*

• SBB：增溫掩蓋不同形態氮素對青藏高原草地微生物群落的作用*

• SEL：力爭成為土壤生態學界的“Cell”

• SBB：南土所褚海燕組-pH主導土壤中固氮群落的共存與裝配

• SBB：土壤微生物群落的特征究竟由什么決定

• SBB：替代固氮酶對非共生固氮可能的貢獻

Current Opinion系列

• COM：重組菌群體系在根系微生物組研究中應用*

• COM：下一代微生物組技術在作物生產中的應用——局限性以及基于知識的解決方案的需求

• COM：病原體之外-微生物組與植物免疫系統的相互作用

• COM：根系-土壤-微生物互作

• COB：自然界的循環利用-厭氧微生物群落推動著自然生物質的降解

• COPB：Current綜述：中農宋春旭等為植物有益微生物組構建一個美好家園

Communications Biology

Nature出版社新開源期刊，目標是承接Nature Communications拒稿的優秀文章。今年獲首個影響因子，預計2-3年后將穩定在8分左右(Nature Communicates和Scientific Reports的平均水平)。

• CB: 浙工大錢海豐組等發現浮絲藻水華促進抗性基因傳播轉移

• CB：南土所梁玉婷組-細菌群落的高穩定性和代謝能力促進了土壤中易分解碳的快速減少

• CB：中國農大胡永飛組構建整合的雞腸道微生物組的參考基因和基因組集

環境EST/EM/EP/EI/JHM/STE

• JHM | 華科寧康組在微生物介導的環境和人的互作關系領域取得多項成果

• EST | 城環所朱永官院士團隊在抗生素抗性基因的土壤食物網傳遞的研究中取得進展

• STOTEN | 朱永官團隊綜述完全氨氧化-更便捷的微生物氨氧化過程

• EST | 北大朱懷球組揭示大氣微生物與人為活動的關聯及對人體健康的影響

• 沈陽生態所在保護性耕作促進農業可持續發展方面取得新進展

• JHM：原生動物對酸性礦山廢水侵蝕土壤的生態響應機制

• JHM：中科大盛國平組揭示蚯蚓堆肥降低污泥耐藥基因ARG的傳播

• EST：西湖大學鞠峰組-污水廠病原菌與土著反硝化細菌是多重抗生素耐藥基因的活躍表達者

• EST：廣東生態所孫蔚旻團隊發表尾礦微生態調查兩部曲

• EST：李芳柏團隊揭示微生物介導的砷氧化耦合硝酸還原

• EI：南土所褚海燕組發現農業土壤微生物核心菌群能夠提升土壤生態功能

• EI：西湖大學吳連鋒&鞠峰團隊飲用水中的二甲雙胍氯化副產物的潛在健康隱患

• EI：天大王燦+昆士蘭郭建華揭示生物氣溶膠是豬場耐藥基因的重要傳播途徑

• EP：廣東省生態環境技術研究所孫蔚旻團隊: 梯田土壤微生物對不同酸性礦山廢水侵蝕作用的響應機制*

• EM： 生而為菌，自強不息-嗜酸桿菌在重金屬污染土壤中的生態適應性機制

• EM: 土壤pH和溫度調節農業生態系統中豐富和稀有細菌群落的構建過程

• EM：不同氣候條件下土壤稀有與豐富微生物類群的分化策略

• STE：環境菌群代謝產物可預防炎癥癥狀

• STE：華南農大曾振靈/熊文廣-豬糞介導抗生素耐藥基因向農場工人和周邊環境傳播

• STE：中科院微生物所胡松年組揭示一年內醫院ICU環境菌群的生物多樣性

• 提高社會的微生物素養：勢在必行！

Journal of Genetics and Genomics(遺傳學報)

• JGG | 江南大學翟齊嘯組解析腸道益生菌體外免疫刺激活性的種屬依賴性

• JGG | 中科院微生物研究所王軍團隊發現腸系膜淋巴系統可能為腸-肝軸第二通路

• JGG：青島大學蘇曉泉團隊利用條件致病菌指數評估環境微生物風險

• JGG：微生物組學專刊(趙方慶、白洋、張志剛、王軍、鄭鉅圣、魏泓、沈偉、劉永鑫等）

• JGG：我國多民族間宿主—微生物基因多樣性及微觀共進化研究

• JGG：北大陳峰+陳寧揭示維生素A缺陷小鼠中多因素對腸道菌群的調節作用

• JGG：EVenn: 3分鐘在線輕松繪制5種Venn圖和Venn網絡

• JGG：腸道微生物研究助力穿山甲圈養保護

• JGG：腸道細菌加重小分子量卡拉膠誘發的直腸炎癥

• JGG：微生物所王軍-綜述固有免疫細胞在胃腸道疾病中研究進展

• JGG：華中師大蔣興鵬組-不同稀疏水平信號的微生物組關聯檢驗方法

• JGG: 趙方慶、趙翔等開發高效捕獲RNA病毒基因組的宏轉錄組建庫測序新技術

• JGG：遺傳發育所白洋組和曹曉風組-水稻組蛋白甲基化調控根系核心菌群

• JGG：趙方慶組綜述菌群-腸-腦軸與自閉癥譜系障礙的研究進展

• JGG：口腔微生物組助力妊娠糖尿病識別

• JGG：腸道菌群與COVID -19重癥風險密切關聯

• JGG：Microbiome 專刊征稿

• 遺傳：細菌、真菌和動植物的泛基因組研究進展

中國科學

• SCLS：水稻微生物組時間序列分析*

• SCLS：擬南芥二半萜類化合物調控根系微生物組*

• SCLS | 朱永官院士等-噬菌體技術阻抑抗生素耐藥風險隱匿大流行

• SCLS：微生物所方榮祥/張莉莉團隊開發植物內生細菌特異16S引物

• 中國科學：植物免疫研究與抗病蟲綠色防控：進展、機遇與挑戰

• 科學通報：合成微生物群落的構建與應用

• Science Bulletin：崔杰組發表了深淺海軟甲綱動物比較病毒組學分析成果

食品

• 微生物所蔡磊等利用微生物組技術成功開展大豆原產地溯源與病原真菌檢疫篩查

綜述

• TiM | 韓國中央大學賈保磊等綜述腸道微生物組介導的膽固醇水平降低的機制

• TiG: 王關紅和Jackson Champer綜述共生菌和基因驅動技術防控蚊媒疾病

• TiP：湖大于峰組綜述病原體分泌的宿主模擬物在植物病害發展中的新作用！

• 劉雙江：微生物對經濟社會發展的影響研究

• 近9分的生信雜志發了一篇Venn圖工具大比拼

• 微生物組學大數據：如何挖掘與利用？

• TM綜述：低微生物量微生物組研究中的污染：問題和建議

• 南土所褚海燕組綜述微生物組學的技術和方法及其應用

• TM：微生物稀有生物圈群落裝配過程

• TM：rDNA拷貝數的種內變化影響微生物群落分析嗎?

• TM: 微生物入侵：過程、模式與機制

• TiM：清華楊云鋒-微生物功能性狀的新興模式

• BA：根際微生物組提高植物耐鹽性的研究進展*

• FEMS綜述: 如何從微生物網絡中的“毛線球”理出頭緒

• TEE綜述：植物—土壤反饋(PSF)：自然和農業科學間的橋梁

• MER：系統了解宏組學實驗與分析

• 淡水：21世紀的分子微生物生態學

• ARM：植物微生物組的生態學與進化

• Ecology&Evolution|微生物功能多樣性從概念到應用

• BA綜述：微生物群落的生物技術潛力及應用

其它

• J Infect (IF 38) | 韓國中央大學賈保磊等揭示人口腔微生物組中編碼羊毛硫抗生素鏈球菌是肝臟疾病的潛在風險因子

• Ann Rheum Dis | 華科韓金祥/寧康等發現微生物失調和代謝紊亂在類風濕關節炎中的作用

• EM | 北京市農林科學院生物所仇天雷等揭示畜禽糞便及堆肥中ARGs宿主分布特征

• Clinical Chemistry | 張建中/徐健開發幽門螺桿菌單細胞精準診療技術

• PBJ | 華中科大寧康組揭示甘草根轉錄組-微生物群落-次級代謝產物調控模式

• PBJ | 華南農大聯合中科院東北地理所發表植物功能基因與根際微生物互作綜述

• NAR：測序數據鑒別和去除rRNA序列利器RiboDetector

• 微生物組數據揭示中國稻谷產毒真菌分布及倉儲動態變化

• BFS：南土所梁玉婷組綜述促進土壤植物生態系統健康的微生物共存理論

• 中大李文均團隊在氮循環功能基因的生物地理學分布格局研究中取得進展

• IJMS：牧醫所奶業創新團隊在瘤胃微生物新型脲酶抑制劑開發方面取得新進展

• ME：環境DNA（eDNA）宏條形碼技術正在轉變我們考察動植物群落的方法

• ESTL：郭建華等新型多重擴增子測序法可實現污水中 SARS-CoV-2 RNA 的精確定量和病毒溯源

• Aquaculture：天津農科院謝鳳行團隊揭示菌群預測功能與實際代謝特性的相關性

• Water Research：南土所褚海燕組揭示冰川源水體和沉積物細菌群落顯著分異

• Water Research | 南科大夏雨組揭示Anammox菌群微米級空間異質性和保守互作

• Water Research | 南科大夏雨等-納米孔宏基因組揭示污水受納水體耐藥菌/基因特征及耐藥基因富集機制

• WR | 水源水耐藥基因穩定賦存的關鍵：以致病菌為“源”，群落構建主導菌為“匯”

• Engineering：王軍和張發明組發表人體腸道菌群的原位重建及晝夜節律的研究

• EBioMedicine：西湖大學鄭鉅圣組-乳制品攝入與腸道微生態、心血管代謝健康的關系

• PCE：南農張瑞福組揭示微生物肥料菌種芽孢桿菌應對植物免疫防衛實現根際定殖的新策略

• 【新疆棉花】合成生物學驅動第四次工業革命，生物技術促進新疆棉花健康綠色發展

• 土壤學報：張福鎖院士等提出根際生命共同體新概念

• GEB：中科院南土所梁玉婷組-大陸尺度下稻田土壤微生物β多樣性的緯度分布特征

• JGG：口腔微生物組助力妊娠糖尿病識別

• Diabetes Care：西湖大學鄭鉅圣等機器學習揭示影響2型糖尿病的腸道菌群特征

• Arthritis Rheumatology：張烜+王軍發表系統性紅斑狼瘡患者的腸道菌群變化

• Horticulture Research：植物界的“投之以桃，報之以李”的合作共贏典范 模式圖的手稿

• FEMS: 砷銻污染土壤剖面的微生物世界

• FEMS：廣東生態所孫蔚旻組利用DNA-SIP宏基因組揭示銻氧化微生物及其代謝途徑

• CSBJ綜述：微生物組數據挖掘方法的挑戰與機遇

• GCB：生態中心鄧曄組-增溫改變了微生物相互作用關系

• GCB：農田土壤豐富真菌比稀有真菌適應更廣(一作解讀+主圖重現)

• GCB：西農韋革宏團隊-土壤多營養級網絡的復雜度增強農田系統生物多樣性和多功能性的聯系

• GCB: 南土所馮有智組揭示了溫度非線性的控制了全球土壤腐生真菌地理學分布

• GCB | 華中農大劉玉榮組在海拔梯度下土壤碳周轉領域取得系列新進展

• GEB：焦碩等發表生態位的系統發育保守性決定土壤古菌地理格局

• 青島大學蘇曉泉組-微生物組16S擴增子功能校正算法Meta-Apo

• BMC Biology：香港城市大學孫燕妮組發表高準確度預測病毒宿主的工具

• BMC Biology | 中科院北京基因組所李明錕組建立微量樣本的宏基因組學研究方法

• BMC：幼兒關節炎患兒腸道菌群的特征*

• WR：微生物污染源解析中宿主特異性標記物在中國的表現特征*

• Water Research：南科大夏雨+唐圓圓-臺風對深圳沿海微塑料和微塑圈的影響

• WR：城環所楊軍組揭示亞熱帶水庫浮游有殼蟲群落構建受隨機性過程影響比確定性過程更強

• Science Bulletin：上海植生所王二濤組發表基于絕對定量豐度的植物根際微生物群落“擴增-選擇”組裝模型*

• JCP：曝氣生物濾池處理焦化廢水過程中N₂O和NO的產生機理與群落功能研究*

• Fungal Diversity：70位作者共同修訂真菌界擔子菌門分類系統

• PCE：南農沈其榮團隊根系分泌物驅動土壤-微生物-養分之間的反饋作用以響應植物的生長

• PB：玉米氣生根分泌物支持的高效生物固氮

• EL：誰說N素含量高就不固氮了(本研究反而“多多益善”)

• EL：固氮能力主要取決于物種分類而不是土壤養分

• BT：關鍵胞外酶觸發了細菌群落演替偶聯的高效堆肥

• BT：大豆皮堆肥過程中的物質轉化、微生物群落組成和代謝功能演替

• Viruses：病毒宏基因組學揭示馬來亞穿山甲受仙臺病毒和冠狀病毒的侵染

• 微生物所高程-郭良棟組（內附招聘）在菌根適應策略研究中取得進展

• NewPhy.-揭秘優勢種dominant species

• New Phytologist：王建軍等綜述全球變化下的山地微生物組和生態系統功能

• Gut Microbes：南醫大劉星吟團隊揭示腸道微生物與孤獨癥相關*

• Gut Microbes：南醫大劉星吟組-孤獨癥的基因變異與腸道微生物群、代謝物和細胞因子的改變有關

• 中國微生物組計劃—農作物微生物組* ?

• 應用生態學報：東北黑土區不同緯度農田土壤真菌分子生態網絡的比較*

• EID：宏基因組測序在新發腹瀉病毒鑒定中的應用*

• Current Biology: 微生物所白逢彥組段守富揭示釀酒酵母通過基因網絡的逆向進化適應環境的新機制*

• 中國人是否對新冠病毒更易感？*

• 遺傳：從遺傳力到腸菌力：概念及研究進展

• 遺傳：基因組時代線粒體基因組拼裝策略及軟件應用現狀

• NAR：RiboFR-Seq將16S rRNA與宏基因組連接的方法

• NAR：浙大陳云/馬忠華團隊揭示病原真菌組蛋白H3K27甲基化識別新機制

• IBD：5-氨基水楊酸治療后潰瘍性結腸炎患者真菌菌群的變化

期刊介紹

• 微生物學綜合性英文期刊mLife入選高起點新刊

• The Innovation | 中科院青促會主辦精品英文期刊視頻簡介，定位IF 20+國際頂刊

• Applied and Environmental Microbiology (AEM)

• Soil Biology and Biochemistry(SBB)

• Bioresource Technology

• FEMS Microbiology Ecology

• 微生物領域非頂級期刊概述

• GPB編輯部招聘啟事 2019 Impact Factor破7；CiteScore破10

科普視頻-寓教于樂

• Nature點評丨超乎你想像，打噴嚏的飛沫竟然能飛這么遠！戴口罩防新型肺炎非常有必要！

• 一人一天發兩篇Science，配視頻揭秘：植物如何在與病菌的斗爭中取勝？

• 腸道—劉洋彧-建腸道菌群生態網絡

• CCTV9讓尸體說話-法醫密檔

• 走進科學：枯草芽孢桿菌替代畜牧業抗生素添加

• 走進科學：鋤禾者新說

• NHK再造人類生命的神奇細胞

• NHK一片看懂腸道菌群在人體中的作用

• NHK生命大躍進

• BBC人體奧秘之細胞的暗戰

• BBC人體奧秘Inside.the.Human.Body

• NGC人體內旅行Inside.the.Living.Body

• NGC子宮日記Womb ?

• 脫口秀《娶妻當娶女博士》續集《娶妻別娶女博士》北大生物女博士的自白，爆笑加淚點

• 地球5000年變化全景動畫——看完嘆了口氣：整個世界安靜了

• 東北大米為何如此好吃

• 人類的體溫為何是37度

• 龍的簡史

• 基建狂魔：硬核技術之隔絕厭氧菌的涂料

• 美國人眼中的中國崛起，15分鐘讓你明白美國對中國打貿易戰的真相！

• 89歲屠呦呦再次震驚世界！視頻介紹瘧疾、青蒿素和背后的故事

• 腸·道 | 邱琇：靚湯/燒香影響母嬰健康？看巨大出生隊列如何揭秘！

• 腸·道 | 朱元方：產檢消毒恐誤傷菌脈，6大舉措則促菌脈相承

• 腸·道 | 馬雄：20年鉆研自身免疫性肝病，爭研究型醫生金牌！

• 王金鋒：母嬰菌群傳遞的7大關鍵詞

科普圖文

原創

• 你狠心沖掉的便便，正成為許多腸胃病人的救星

• 原來益生菌是這么搞定致病菌的

• CNS接連發文背書，原來生姜這么神奇

• 從幾十人小藥廠走出的驚天抗癌神藥

• 漱口水增加糖尿病，高血壓風險

• NEJM | 益生菌LGG治療腸胃炎無效，Immunity|LGG促進生骨

• Gut, IJC等4篇文章聚焦——吃太多紅肉對身體真的不好，直指心血管疾病、乳腺癌、憩室炎

• 口腔菌群讓你心口一致——牙疼和心臟病都會犯

• 一些你可能忽略的護牙小技巧

• 過年了，少喝點酒，多喝點茶—綠茶不僅僅是你想的那么簡單

• 作物馴化與人類的生活

漫畫科普

• 一圖讀懂丨2019新型冠狀病毒，你需要知道什么？

• 殺人最多的合法毒品

• 成年人過敏的N種變態表現

• 你看的每一篇Nature論文，都是這樣出爐的！

• Nature審了個稿，卻卷進一樁諾貝爾獎的公案！

• 起源、進化、創造、探索——穿越138億年的時間之旅

• 染上艾滋的第22個小時，我完成了自救

• 艾滋病交響詩

• 被傳染艾滋

• 生命簡史

• 梅毒狂想曲

• 氣候創造歷史

• 厭氧君和好氧君誰是明日之子

• 瘋狂的消化之旅——消化系統簡介

• 生物學家也要了解的物理

• 真菌其實是長歪了的動物

• 那些不回微信的人，都在想什么？

• “我付了錢，為何要說謝謝？

其它

• 病從口入：土壤菌群如何影響腸道健康

• Nature子刊評論：2020年后，微生物組將如何發展？

• 調控微生物改善土壤，生物制劑能否開啟農業新篇章？

• 饒毅對非升即走的思考

• “一不小心”成為大佬：Rob Knight 的傳奇故事

• 結腸癌個性化治療新手段——基于類器官的Cas9篩選平臺 | Cell Press 青促會述評

• 大多數人都不知道，人類基因組正在衰敗

• 哈佛牙學院博士后：教你口腔保健基本功之刷牙篇

• 哈佛牙學院博士后：教你口腔保健基本功之牙線篇

• Nature: 你的腸道菌群是遺傳自你父母還是后天

• Cell: 為了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此嚴重

• 在Cell、Science、Nature發表一篇論文究竟有多難？

• 怎么跑都不累？自然醫學揭秘微生物組提升運動表現

• 為了你的幸福，你知道細菌有多努力嗎？

• 腸道菌群助你脫單，愛TA就請TA一起吃飯

• 56張圖片帶您認識細菌長啥樣？

• Nature：剖腹產到底好不好？——腸道菌群的視角

• 生物領域預印本bioRxiv發展概覽

• 微生物對人類社會的影響

• 口腔菌群想要突破？這一方法潛力無限

寫在后面

為鼓勵讀者交流、快速解決科研困難，我們建立了“宏基因組”專業討論群，目前己有國內外6000+ 一線科研人員加入。參與討論，獲得專業解答，歡迎分享此文至朋友圈，并掃碼加主編好友帶你入群，務必備注“姓名-單位-研究方向-職稱/年級”。PI請明示身份，另有海內外微生物相關PI群供大佬合作交流。技術問題尋求幫助，首先閱讀《如何優雅的提問》學習解決問題思路，仍未解決群內討論，問題不私聊，幫助同行。

學習16S擴增子、宏基因組科研思路和分析實戰，關注“宏基因組”

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2022.12)的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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