Gaussian09&GaussView5.0使用教程.ppt

坐標(biāo)工具欄【Coordinates】 原子列表編輯器【Edit】→【Atom List】 連接關(guān)系編輯器 【Edit】→【Connection】 冗余坐標(biāo)編輯器 【Edit】→【Redundant Coordinates】 點(diǎn)群對(duì)稱性 【Edit】→【Point group】 有對(duì)稱性的分子，在計(jì)算中使用對(duì)稱性能極大的提升計(jì)算速度。 練習(xí) 從頭構(gòu)建二茂鐵分子，并將分子對(duì)稱化到D5d。推薦步驟如下： 搭建茂環(huán)(D5h C5H5) 將搭建好的茂環(huán)append一份到窗口中，然后將兩個(gè)茂環(huán)放置為堆積狀態(tài)，調(diào)整環(huán)間距離約3.3埃 旋轉(zhuǎn)其中一個(gè)環(huán)，使兩個(gè)茂環(huán)處于交叉構(gòu)象，并使用點(diǎn)群對(duì)稱化。 用在質(zhì)心加入原子的方法加入鐵原子并對(duì)稱化。 調(diào)整鍵長(zhǎng)到標(biāo)準(zhǔn)距離并定義聯(lián)接關(guān)系。 目標(biāo)鍵長(zhǎng) RC-C=1.44 RC-H=1.07 RC-Fe=2.10 GV_Exercise_3_OK.gjf 分子軌道編輯器 【Edit】→【MOs】 要查看分子軌道圖形需要打開(kāi)chk或者fchk文件 一些注意事項(xiàng) 連接編輯器 使用鼠標(biāo)也可對(duì)原子進(jìn)行重排，其操作以參考原子為基礎(chǔ)進(jìn)行: ①左鍵點(diǎn)擊。指定點(diǎn)擊原子為參考原子。 ②右鍵點(diǎn)擊。點(diǎn)擊原子與參考原子交換原子標(biāo)簽，該原子成為新的參考原子。 冗余坐標(biāo)編輯器 用于創(chuàng)建和編輯冗余坐標(biāo),冗余坐標(biāo)常用于Gaussian 優(yōu)化或勢(shì)能面掃描中。 分子軌道編輯器 注意需從檢查點(diǎn)文件中讀入文件。 計(jì)算工具欄【Calculate】 ◆創(chuàng)建 Gaussian 作業(yè) 【Calculate】→【Gaussian Calculation Setup】 【Job Type】選項(xiàng)卡 【Method】選項(xiàng)卡 【Title】選項(xiàng)卡 【Link 0】選項(xiàng)卡 【General】 和【Guess】 NBO、Solvation和PBC 7. 【NBO】面板 8. 【Solvation】面板 9. 【PBC】面板 為計(jì)算設(shè)置默認(rèn)值 【File】→【Preferences】→【Gaussian Setup】 在 Gaussian Calculation Setup 對(duì)話框的底部可以看到已有的計(jì)算方案。 點(diǎn)擊【Calculate】→【Gaussian Calculation Scheme】,可彈出 Gaussian Calculation Schemes 窗口，從中選擇要使用的計(jì)算方案，并應(yīng)用到當(dāng)前分子中。 對(duì)于新分子，初始將采用 Default 方案。但可以在如下對(duì)話框中查看或修改各種已有方案的屬性。 底部按鈕說(shuō)明 【Submit】使用當(dāng)前輸人文件運(yùn)行 Gaussian 計(jì)算。 【Quick Launch】直接運(yùn)行Gaussian 作業(yè)。 【Cancel】關(guān)閉對(duì)話框返回所有選項(xiàng)為默認(rèn)值。 【Edit】使用外部文本編輯器直接編輯輸入文件，未保存之前，是不可直接編輯的。 【Retain】關(guān)閉對(duì)話框，但輸入文件不會(huì)被創(chuàng)建或更新，也不會(huì)提交 Gaussian 作業(yè)。 【Defaults】恢復(fù)所有的選項(xiàng)為默認(rèn)值。 【Help】提供對(duì)話框的在線幫助。 快速運(yùn)行作業(yè) 傳統(tǒng)方法 點(diǎn)【Calculate】→【Gaussian Calculation Setup】，然后在其中修改其作業(yè)選項(xiàng)，完成后點(diǎn)擊【Submit】按鈕，并為要保存的輸入文件指定文件名和文件位置。 快速運(yùn)行作業(yè) 點(diǎn)擊【Calculate】→【Gaussian Quick Launch】，或在工具欄的圖標(biāo)(Quick Launch)上點(diǎn)擊右邊的下拉菜單，引出含有【Temp File】(從臨時(shí)輸入文件提交計(jì)算 作業(yè))、【Save File】(保存輸入文件后提交計(jì)算作業(yè))以及【Save and Edit File】(保存并編輯后提交計(jì)算作業(yè))三項(xiàng)的子菜單。 本機(jī)需要安裝有Gaussian09軟件 觀察和控制計(jì)算 【Calculate】→【Current Jobs】 該窗口顯示了當(dāng)前正在運(yùn)行的由 GaussView 啟動(dòng)的所有計(jì)算作業(yè)(只有本次 GaussView 啟動(dòng)以后的作業(yè)才會(huì)顯示)。 這里顯示的作業(yè)包括由 Gaussian 對(duì)話框提交的 Gaussian 作業(yè)、 GaussView 提交的輸入文件編輯的 Gaussian 作業(yè)以及為創(chuàng)建和顯示表面而運(yùn)行的 Cubegen 這類 GaussianUtilities 作業(yè)。 查看 Gaussian 結(jié)果 顯示結(jié)果數(shù)據(jù)摘要 【Results】→【Summary】 點(diǎn)擊 【Results】→【View File】，或在上述對(duì)話框中點(diǎn)擊【View File】按鈕，可打開(kāi)該計(jì)算作業(yè)的日志文件(*. log) 顯示原子電荷 【Results】→【

總結(jié)

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