如何macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与GaussView 6
故事起源于早上的物理化學課,老師要求安裝 Gaussian 09 來預測結構數據。當然 Mac 用戶是永遠得不到關愛的,老師不會給我提供安裝包,于是我就在網上探尋一番,發現 Gaussian 09 真的已經太古老了:官方僅僅發行了適用于 MacOS 的 32 位版本。而激進的蘋果從 macOS Catalina 開始不再兼容 32 位 App。且網上相關資料較少,我看到了大量求助帖卻得不到有效的回復。經過一上午的摸索我終于實現了在 macOS 上優雅的使用 Gaussian 09 與 GaussView 6,在這里記錄一下踩坑的路,希望可以幫上各位科研工作者。
首先聊一聊 Gaussian 套件的結構,簡單的說是在 GaussView 上作圖,然后通過 Gaussian 進行分析運算。最直接粗暴的方法是用 Wine 容器直接安裝 Windows 版本的 Gaussian 與 GaussView(我沒試過,盲猜性能極低且兼容性很差)。且我這里的結構是:利用 Crossover 容器運行 GaussView 6,導出草圖后放入運行在原生 macOS 上的 Gaussian 09 進行運算,實現性能最大化。
先回答幾個問題:
- 為什么我要用 GaussView 6 的 Windows 版本?
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- 答:我能找到的 GaussView 5 的 Mac 版本是 32 位的,并且找不到 GaussView 6 的 Mac 版本;
- 我可以在 Crossover 中運行 GaussView 5 嗎?
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- 答:經過各種參數的枚舉,所有我能找到的 GaussView 5 版本均無法成功的在 Crossover 中安裝,當然這個結論不一定對,您可以自行安裝測試;
- Gaussian 09 需要破解嗎?
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- 答:不需要,但是 GaussView 需要提供一個序列號。
那么,背景鋪設完畢,跟著我一起來吧!
1. 材料準備
- macOS Catalina 以上版本(如果是 Inter 芯片將獲得更佳性能,Apple 芯片則需要 Rosetta 2 轉譯)
- Gaussian 09M?下載 Mac 文件夾下的 G09M.zip
- GaussView 6?下載 Windows 文件夾下的?[url=]GV6.0.16_win64.exe,記住文件夾下文本文件提供的序列號[/url]
- 需要一些命令基礎和反復閱讀的雙眼
2. 安裝 Gaussian 09
- 解壓 G09M.zip 將獲得的 gaussian09 文件夾拖入“應用程序”文件夾下(/Users/你的用戶名/Applications);
- 按住 command + 空格 輸入 terminal 打開終端(# 后內容為注釋,不用輸入);
- 設定權限
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- 輸入命令 chmod 750 ~/Applications/gaussian09
- 設定環境變量
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- 輸入命令 vim ~/.zshrc # macOS Catalina 及以上版本默認終端應該都是 zsh
- 確保在英文輸入模式下,
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- 按 G # 跳轉到末尾
- 按 shift + 4 # 跳轉到行尾
- 按 a # 進入編輯模式
- 按回車
- 輸入 export g09root=/Applications/gaussian09/ # 然后按回車
- 輸入 export GAUSS_SCRDIR=/Applications/gaussian09/Scratch # 這句命令是配置臨時文件夾,然后按回車
- 輸入 source $g09root/g09/bsd/g09.profile
- 按 esc 鍵
- 按 : 鍵
- 輸入 wq
- 按回車
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- 關閉終端,在 dock 欄右擊 terminal 圖標,點退出,確認下方圓點消失
- 至此,Gaussian 09 安裝完畢
2. 安裝 GaussView 6
- 安裝?Crossover(這個就各顯神通了,我個人安裝的是?Crossover 21.2?,打開需要魔法);
- 打開 Crossover,選擇 安裝 Windows 程序;
- 點擊左下角,查看所有應用程序;
- 選擇 科學,技術與數學 --> 生物與化學 --> Palynodata (沒有為什么,因為這是試出來的,可以完美運行),點擊繼續;
- 選擇安裝包 --> 下載安裝程序 --> 選擇之前下載的?[url=]GV6.0.16_win64.exe,點擊繼續;[/url]
- 容器使用“新 Windows 10 64-bit 容器”,右邊取個名字,然后按繼續,就像 Windows 那樣安裝,記得設桌面圖標與文件后綴關聯;
- 安裝需要序列號,可以在之前百度云中文本文件找到;
- 打開運行吧!
3. 協同 Gaussian 09 與 GaussView 6
- 在 GaussView 6 中繪圖,保存到 C 盤下;
- 打開 Crossover 主程序,選擇右邊的容器,右擊,“打開 C: 盤”,
- 把文件拷貝到任意文件夾下,例如“文檔”文件夾(這里按照“文檔”文件夾做演示,其他文件夾改目錄即可);
- 右擊文件,用任意文本編輯器打開,將第一行的?%chk=C:\你的文件名.chk?改為?%chk=你的文件名.chk?,或者直接留空
- 打開終端,輸入 cd ~/Documents/
- 按照需要的方法在終端運行
常見有以下幾種,test.gjf是輸入文件
g09 < test.gjf > test.out (信息都輸出到test.out里。末尾可以再加上&令任務在后臺運行)
g09 < test.gjf |tee test.out (信息輸出到test.out的同時也同時輸出到屏幕上)
g09 test.gjf (輸出文件將默認為當前目錄下的test.log)
總結
以上是生活随笔為你收集整理的如何macOS 上优雅的使用 Gaussian 09 与GaussView 6的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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