高斯(Gaussian)相關的免費軟件 2nd version [2010-09-25]

獻給初學高斯并掙扎的同志們…(經常總結確實能學到很多東西)

Gaussian相關的免費軟件(Gaussview除外) 圖形分析界面

(本文為免費文檔，請勿將此文件強加任何收費限制 !!!! )

(Second edited by 廢man 2010-09-25 12:39 )

歡迎大家繼續補充，請在上面的括號內加上自己的名字并注明修改日期，并將補充的文字用紅色字體標明，謝謝！

除了Gaussian使用的軟件外， /software 提到了眾多的分子模擬軟件，歡迎大家去看看。

Molden http://www.cmbi.ru.nl/molden/ (免費)電子密度

是由荷蘭的G. Schaftenaar于1991年開發的從頭算Gamess，Gaussian半經驗Mopac/Ampac接口的電子密度顯示軟件，通常運行Unix環境下，indows下需要安裝X-WinPro來支持其運行。Molden可以顯示分子軌道電子密度等值線圖3D格點圖等，同時可以輸出postscriptXWindows、VRML、Povray、OpenGL、tekronix4014、hpgl和hp2392格式的文件Molden可以讀取chemxPDB、mopac/ampac以及其它一些格式的文件。Molden有方便的Z編輯器，可以方便的對構建的分子進行操作。對于高斯而言，與Molden結合使用的時候需要使用IOP(6/7=3)關鍵字。/~kalju/chem226/public/task2A.html

Molekel http://molekel.cscs.ch/ (免費)

分子模型和電子結構顯示的免費工具，支持的分子結構計算程序輸出文件格式有：GAUSSIANGAMESS-US、ADF、ZINDO、MOS、HONDO, Jaguar, MOLPRO, HyperChem, Mopac, NWChem和QChem等和NBO等。支持Z-matrix格式Chem3D直角坐標CACAO直角坐標XYZ等多種的文件。Molekel通過讀取相關的結果文件，可以制作分子的電子密度圖分子軌道圖靜電勢圖等，為了顯示高斯的結果，通常需要關鍵字#P GFPRINT, POP=FULL, iop(6/7=3)”。http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/ElectronDensity

http://molekel.cscs.ch/wiki/pmwiki.php/ReferenceGuide/GridData

此外，(Molkel)Molekel還支持高斯的NBO結果，具體方法參考紫霞或廈大論壇Elizerbeth老鳥的教程：/boardcon.php?bid=153&id=19255&ftype=1&num=785

用Molekel畫軌道圖形/html/200907/1449889.html

GaussSum /projects/gausssum/

/ (免費)

支持ADF，GAMESS(US)，GAMESS-UK，Gaussian，和PC-GAMESS的結果，包括UV-Vis/IR/Raman光譜，能級和分子軌道的貢獻等，可以顯示SCF收斂過程，結構優化過程的能量變化等，提取分子軌道信息，包括原子對分子軌道的貢獻，特別的可以繪制態密度和部分態密度譜圖，晶體軌道重疊布居(COOP)譜圖，可以給出成鍵或反鍵信息，也可以顯示UV-Vis躍遷的信息，包括原子電荷密度的變化等。

Arguslab, / (免費)

由于靜電勢，電子密度，拉普拉斯電子密度，分子軌道的顯示是大家關心的問題，而高斯手冊關于這些內容的計算的說明并不是十分詳細，而Arguslab提供了和Gaussian的使用接口，可以直接向高斯提交計算任務，其關于cube的計算設置非常方便，如下圖所示，可以進行靜電勢，電子密度，拉普拉斯電子密度等計算。不熟悉的網友可以編輯好輸入文件以后查看生成的gjf文件格式熟悉各種cube文件的制作。

此外，也可以通過Surface下拉菜單的Make Surface選項查看當前得到的cube文件的圖形，具體操作方式請參考軟件的幫助。

具體使用方法參考軟件的說明。由于這一軟件支持的基組有限，因此當前的版本還不能夠用于有關的重原子的贗勢基組的計算。除了Gaussian，這一軟件還支持HyperChem的結果。注意，Arguslab只支持*.fch和*.log格式的高斯結果文件，并不支持*.out格式的高斯結果文件。

Gabedit / (免費)

這個軟件提供了多種軟件的使用接口，包括GAMESS(US), GAUSSIAN, MOLCAS, MOLPRO , MPQC, Open

總結

以上是生活随笔為你收集整理的在linux中用高斯09优化分子结构,高斯(Gaussian)相关的免费软件 2nd version [2010-09-25].doc...的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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