1.life平臺對于經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本的定義https://ionreporter.thermofisher.com/ionreporter/help/GUID-A5502535-2C81-46FD-93C2-50FCB1F02CFD.html

2.ACMG 推薦的經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本，但是目前數(shù)量只涉及到1000多個(gè)基因http://www.lrg-sequence.org

3.一般一個(gè)基因?qū)?yīng)多個(gè)經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本，為了尋求出現(xiàn)頻次最多的哪一個(gè)，可實(shí)現(xiàn)的方法是對clinvar數(shù)據(jù)庫中的轉(zhuǎn)錄本按照頻次進(jìn)行排序，排名最靠前默認(rèn)為經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本:clinvar_canonical_transcript.txt、(No_verison)clinvar_canonical_trans.txt

4.針對具體的突變，clinvar也會對應(yīng)很多轉(zhuǎn)錄本注釋信息，但是最主要的注釋可參考文件：clinvar.out

5.對clinvar數(shù)據(jù)庫中的變異位點(diǎn)進(jìn)行注釋進(jìn)行爬取，爬蟲程序?yàn)?#xff1a;clinvar.py

6.MSK.txt經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本是FDA批準(zhǔn)的MSK的經(jīng)典轉(zhuǎn)錄本，與clinvar的結(jié)果還是有些不同的建議首先這個(gè)文件

7:protein-coding gene:

19196+23
https://www.genenames.org/download/statistics-and-files/

19054 found in gencode.v30lift37.annotation.gtf

5444 gene not found appris_principal_1

以上文件下載鏈接：

https://github.com/fanyucai1/canonical_transcript

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的Canonical_transcript-经典转录本的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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