药物研发常用数据库
介紹一些醫藥研發中常用的數據庫,網址及說明如下,歡迎取用:?
| 數據資源 | 簡介 | 網址 | 說明 | |
| 1 | PDB | 蛋白質序列及結構數據庫 | RCSB PDB: Homepage | 蛋白相關類 |
| 2 | PDBsum | 與PDB數據庫類似,更便于查詢蛋白配體相互作用信息 | PDBsum home page | |
| 3 | Uniprot? | 關于蛋白質的全部信息 | UniProt | |
| 4 | STRING | 蛋白互相作用關系的數據庫 | https://string-db.org/ | |
| 5 | STITCH | 化合物與蛋白質之間的互作關系 | STITCH: chemical association networks | 化合物-靶點類 |
| 6 | BindingDB | 藥物靶點的蛋白質與小的藥物樣分子的相互作用 | Binding Database Home | |
| 7 | drug2gene | 化合物-靶標為中心的數據庫 | Gene2drug | |
| 8 | GEO DataSets | 基因表達數據集 | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/ | 基因相關類 |
| 9 | NCBI Gene | 關于基因的全面信息 | https://ncbi.nlm.nih.gov/gene | |
| 10 | Ensembl | 關于基因的全面信息 | Ensembl genome browser 108 | |
| 11 | Connectivity map (Cmap) | 細胞被化合物處理前后的基因表達數據集 | GEO Accession viewer | |
| 12 | GTExPortal | 不同靶點在不同的組織中的表達量 | GTEx Portal | |
| 13 | reactome | 蛋白通路數據庫 | Home - Reactome Pathway Database | 通路 |
| 14 | WikiPathways | 公共管理的通路數據庫 | WikiPathways - WikiPathways | |
| 15 | Pathway Commons | 通路元數據庫 | Pathway Commons: A Resource for Biological Pathway Analysis | |
| 16 | KEGG | 通路數據庫 | KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes | |
| 17 | PubChem | 有機小分子生物活性數據 | PubChem | 化合物類 |
| 18 | DrugBank | 藥品類型,簡介,化學結構,成分,臨床實驗,藥物靶點等 | https://go.drugbank.com/ | |
| 19 | ChEMBL | 生化活性數據庫 | ChEMBL Database | |
| 20 | ChemBank | 生化活性數據庫 | ChemBank - view assays | |
| 21 | Ligand Expo | PDB中結合的配體數據集 | Ligand Expo Downloads | |
| 22 | ChemSpider | 化合物性質 | ChemSpider | Search and share chemistry | |
| 23 | ZINC | 免費的化合物虛擬篩選數據庫 | ZINC | |
| 24 | ClinicalTrials | 臨床試驗數據庫 | Home - ClinicalTrials.gov | 其它 |
| 25 | ReDO_DB | 老藥新用相關數據庫 | ReDO_DB - Drug Repurposing Database | Anticancerfund | |
| 26 | CLUE ?THE DRUG REPURPOSING HUB | 老藥新用相關數據庫 | THE DRUG REPURPOSING HUB | |
| 27 | OMIM | 孟德爾疾病目錄 | https://www.ncbi.nlm.nih.gov/omim | |
| 28 | Achilles | 腫瘤細胞系的RNAi篩選 | DepMap: The Cancer Dependency Map Project at Broad Institute | |
| 29 | CTD2 | 化合物探針集對腫瘤細胞系的作用 | http://www.ctd2.nci.nih.gov/ | |
| 30 | PhenomicDB | 表型-疾病關系的元數據庫 | PhenomicDB: a multi-species genotype/phenotype database for comparative phenomics | Bioinformatics | Oxford Academic | |
| 31 | opentargets | 靶標-疾病相關性證據的數據庫 | Home - Open Targets | |
| 32 | GWAS Catalog | 基因單核苷酸多態性與疾病關系的目錄 | GWAS Catalog | |
| 33 | HuGe Navigator | 基因-疾病聯系 | HuGE Navigator|Home|PHGKB | |
| 34 | CCLE | 腫瘤細胞系百科全書 | Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE) | |
| 35 | TCGA | 腫瘤患者的基因組信息 | The Cancer Genome Atlas Program - NCI |
總結
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