1.更改偽彩顏色

ImageJ可以打開CAI格式，尼康的2084的原始格式等等。
將圖片直接拖拽到imageJ軟件上。

會彈出一個窗口

這個窗口就是告訴我們：關于這個圖像的原始格式是否需要進行設置。通常使用默認的，點擊Ok。
就可以打開這個圖像

如果打開后圖像的偽彩顏色不正常怎么辦？
這時可以打開Image->Color->Channels Tool

就可以設置圖像偽彩顏色

Color模式：是指定顯示一種偽彩顏色。

Composite:是顯示多通道疊加之后的顏色。

Crayscale：顯示的是灰度，不帶偽彩。

Color的More里邊可以更改偽彩顏色。

2.通道疊加和圖像導出

通道拆分：Image->Color->Split Channel
通道合并：Image->Color->Channel Tool
圖片導出：1. Image->Type->RGB Color
2. File->Save As->Tiff

通常需要有一個習慣，每次打開一張圖片,把當前的圖像復制一份，接下來的操作只對復制的這份進行，不會影響和更改原始圖像。
在圖片上點擊右鍵，然后點擊Duplicate，點擊OK。


如果想得到這個圖片每個單通道的圖片。
通道拆分：Image->Color->Split Channel

通道合并：Image->Color->Channel Tool
圖片導出：1. Image->Type->RGB Color
2. File->Save As->Tiff

當前的圖是16bit的灰度圖，如果想存成一張彩色圖的話，需要改變圖像的顏色模式。

保存Tiff

單通道保存好了，接下來存多通道的圖像。

然后圖片導出：1. Image->Type->RGB Color
2. File->Save As->Tiff

3.測量

測量使用的工具是Analyze->Measure
設定測量參數在Analyze->Set Measurements

Area面積、Mean gray value平均熒光強度、Min&max gray value某一區域的熒光強度最大值最小值、Centroid中心點的位置、Ferets diameter長短軸及長短軸的比值等等。
選擇一個區域，可以選擇的圖形工具包括矩形、圓形、不規則圖形等等。

矩形：
選好區域之后，點擊Measure


圓形：

不規則圖形：

直線：測量兩點之間距離

夾角：測量角度

測量好之后，可以在Results窗口中，選擇File->Save As

測量好的參數會被存成CSV格式，可以在excel里邊進行數據的統計和分析。

4.自動細胞計數

步驟大概是：
Step1、圖像模糊：Process->Filter->Gaussian Blur
Step2、圖像分割：Image->Adjust->Threshold
Step3、精細分割：Process->Binary->File Holes
Process->Binary->Watershed
Step4、顆粒計數：Analyze->Analyze Particles
Step5、圖形測量：原圖->ROI Manager->Measure
首先打開一張圖

進行模糊處理，使圖片看起來更加平滑。
Process->Filter->Gaussian Blur


選擇一個Sigma系數，Sigma系數越高，圖像越模糊。

圖像分割：Image->Adjust->Threshold

圖像變為黑白兩色。

精細分割：Process->Binary->File Holes
Process->Binary->Watershed

遺漏的孔洞會被填充上。


將沒有完全分割的細胞進行分割。

顆粒計數：Analyze->Analyze Particles


圖片中有一些很小的結構，這些結構可能是雜質，不是我們想要的細胞結構，我們應該過濾掉。我們可以通過識別圖形的大小做一個篩選，把過小過大的去掉。
Size是通過大小過濾；
Circlarity是通過是否接近圓形來過濾；
Show是選擇過濾之后圖形的展示方式；
Exclude on edges是排除邊緣的細胞；
Summarize是細胞個數和各種測量參數；

原圖->ROI Manager->Measure

5.更改比例尺

用直線工具畫在標尺上。

Analyze->Set Scale

Distance in pixels:剛剛畫出的直線有多少pixels。這個不用改
Known distance:畫出的這條線的真實長度是多少。
所以將Known distance改為：50，
單位Unit of Length改為:micron微米

下面有一個Scale值：2.2133pixels/micron
打開新的一張圖片



兩張圖片的尺寸就是一樣的。

添加標尺：
Analyze->Tools->Scale bar

總結

以上是生活随笔為你收集整理的FIJI (ImageJ) 图像处理合集的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網站內容還不錯，歡迎將生活随笔推薦給好友。