测序技术在病原菌的鉴定中有什么应用价值?
生活随笔
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测序技术在病原菌的鉴定中有什么应用价值?
小編覺得挺不錯的,現在分享給大家,幫大家做個參考.
好像多點測序技術可以做到病原菌的分型和鑒定。多點測序技術是利用快速測序技術來揭示保守基因的等位基因突變來對病原菌進行分型和鑒定,該技術常選擇微生物染色體上7個左右相距一定距離且基本覆蓋整個染色體的管家基因進行雙向測序,每個不同的基因序列稱作其等位基因,特定的等位基因序列給出一個專門的基因序號,所有7個位點等位基因的序號組成等位基因譜,當分離得到一個性質未知的病原菌時,與等位基因譜比較就可以確定它的來源。迪安診斷好像出過基于高通量測序技術的新型病原菌快速鑒定試劑盒,詳細情況不是很了解。
樓主提到的問題其實和宏基因組學的概念很相似,理論上是并不在乎樣品中有何種微生物,也不在乎有多少,而是只要在樣品中,就統統把核酸序列測定出來,然后再通過和已有的核酸序列數據進行比對,判斷已知種類和對未知種類進行預測,進行對癥下藥即可。這樣的研究方法對于感染性疾病的預防、控制、診療和預后都具有莫大的潛力。在某一傳染性疾病爆發時,宏基因組學具有作為無限制的、獨立于培養的用來識別和描述細菌性病原體特征方法的潛力。所面臨的挑戰包括加速及簡化工作流程、降低成本及提高診斷的敏感性,而所有這些可能轉而依賴于基因測序技術的改善。
16S測序是微生物鑒定快速簡單的方法,比做生理生化實驗要快捷方便,但是有些微生物(比如說弧菌的幾個種之間)16S相似性太高,只通過16S基因就沒法區分了,還需要多測幾個看家基因,然后和NCBI數據庫做比對,最終確定微生物屬于哪個種。
基因測序的進步可幫助科學家在短時間內快速檢測出病原菌基因組,在有疫情發生時,可以實時分析病原菌類別,為及時的臨床診斷提供依據.一個應用實例就是:英國劍橋大學等機構的研究人員在《新英格蘭醫學雜志》上報告說,他們利用耐甲氧西林金黃色葡萄球菌疫情中留下來的樣本,在實驗室中重新模擬了該病菌不同亞型的傳播情況,并用基因測序技術對這些病菌進行分析.領導這次研究的沙倫?皮科克教授說,利用最新的基因測序技術,只需要一天左右,就可以從基因層面上分辨出難以區分的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌亞型.在疫情發生時,不同亞型細菌的傳播情況會不斷變化,使用基因測序技術基本上可以實時跟蹤這種變化,為臨床治療及時提供信息.她還表示,相關技術也應該可以適用于其他病菌引發的疫情,成為一種新的高效的疫情監測手段.另一個應用實例為:1998年Maiden等首次提出多點測序技術(multilocus sequence typing, MLST),這種技術正是符合這一要求與標準的可以應用網絡來確定和追蹤分離到的病原菌的毒力傳播和抗藥性情況,同時可追蹤相對較長周期內病原菌的全球流行病學的細菌分型方法.多點測序技術是利用快速測序技術來揭示保守基因的等位基因突變來對病原菌進行分型和鑒定。
樓主提到的問題其實和宏基因組學的概念很相似,理論上是并不在乎樣品中有何種微生物,也不在乎有多少,而是只要在樣品中,就統統把核酸序列測定出來,然后再通過和已有的核酸序列數據進行比對,判斷已知種類和對未知種類進行預測,進行對癥下藥即可。這樣的研究方法對于感染性疾病的預防、控制、診療和預后都具有莫大的潛力。在某一傳染性疾病爆發時,宏基因組學具有作為無限制的、獨立于培養的用來識別和描述細菌性病原體特征方法的潛力。所面臨的挑戰包括加速及簡化工作流程、降低成本及提高診斷的敏感性,而所有這些可能轉而依賴于基因測序技術的改善。
16S測序是微生物鑒定快速簡單的方法,比做生理生化實驗要快捷方便,但是有些微生物(比如說弧菌的幾個種之間)16S相似性太高,只通過16S基因就沒法區分了,還需要多測幾個看家基因,然后和NCBI數據庫做比對,最終確定微生物屬于哪個種。
基因測序的進步可幫助科學家在短時間內快速檢測出病原菌基因組,在有疫情發生時,可以實時分析病原菌類別,為及時的臨床診斷提供依據.一個應用實例就是:英國劍橋大學等機構的研究人員在《新英格蘭醫學雜志》上報告說,他們利用耐甲氧西林金黃色葡萄球菌疫情中留下來的樣本,在實驗室中重新模擬了該病菌不同亞型的傳播情況,并用基因測序技術對這些病菌進行分析.領導這次研究的沙倫?皮科克教授說,利用最新的基因測序技術,只需要一天左右,就可以從基因層面上分辨出難以區分的耐甲氧西林金黃色葡萄球菌亞型.在疫情發生時,不同亞型細菌的傳播情況會不斷變化,使用基因測序技術基本上可以實時跟蹤這種變化,為臨床治療及時提供信息.她還表示,相關技術也應該可以適用于其他病菌引發的疫情,成為一種新的高效的疫情監測手段.另一個應用實例為:1998年Maiden等首次提出多點測序技術(multilocus sequence typing, MLST),這種技術正是符合這一要求與標準的可以應用網絡來確定和追蹤分離到的病原菌的毒力傳播和抗藥性情況,同時可追蹤相對較長周期內病原菌的全球流行病學的細菌分型方法.多點測序技術是利用快速測序技術來揭示保守基因的等位基因突變來對病原菌進行分型和鑒定。
總結
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