芯片是采用數據庫或已報道文獻設計基因特異性的探針檢測樣本中差異基因的表達，研究內容有mRNA，miRNA，lncRNA等，芯片平臺是一個封閉的，檢測的都是已知的基因；NGS是高通量測序即二代測序，克服了芯片物種限制，可以對任意物種進行測序，發現新的基因，是一個開放平臺，目前兩者不能互相取代。或許當第三代測序技術成熟后可能代替芯片。

至少目前還不會吧。基因芯片在上個世紀九十年代，被廣泛看好，其高通量優勢被認為是最好的診斷技術。但是基因芯片有個特點就是不能對未知的基因片段進行檢測，導致現在二代測序不斷擠兌基因芯片。但還不能完全取代，因為目前，基因芯片還有它獨特的優勢，比如說基因組拷貝數異常檢測。按道理說，加大基因芯片拷貝數片段密度進行統計學處理的話，基因芯片也是可以做NIPT的。從成熟度、成本、法規管理、效率上講，基因芯片和NGS還是會并存一段時間。中國FDA對基因芯片歸為二類醫療器械進行管理，而將NGS列為三類。

NGS是高通量、快速、經濟的基因組測序技術。而芯片是利用的SNP、CNV相當于作為已知的特異性探針來和未知的基因序列進行雜交，通過計算、生物信息學手段來判斷基因序列是否存在突變、重復、確實等異常。目前兩者不能互相取代。或許當第三代測序技術成熟后可能代替芯片。

總結

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