轉(zhuǎn)錄組即某個物種或特定細胞在某一功能狀態(tài)下產(chǎn)生的所有RNA（包括mRNA，smallRNA及non-coding RNA等）的總和。轉(zhuǎn)錄組測序是指利用第二代高通量測序技術(shù)進行cDNA測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本。相對于傳統(tǒng)芯片而言，轉(zhuǎn)錄組測序無需預先設(shè)計探針，即可對任意物種的任意細胞類型的轉(zhuǎn)錄組進行檢測，能夠提供更精確的數(shù)字化信號，更高的檢測通量以及更廣泛的檢測范圍，是目前深入研究轉(zhuǎn)錄組復雜性的強大工具。基因表達譜指通過構(gòu)建處于某一特定狀態(tài)下的細胞或組織的非偏性cDNA文庫,大規(guī)模cDNA測序,收集cDNA序列片段、定性、定量分析其mRNA群體組成,從而描繪該特定細胞或組織在特定狀態(tài)下的基因表達種類和豐度信息，這樣編制成的數(shù)據(jù)表就稱為基因表達譜。

國內(nèi)做轉(zhuǎn)錄組的公司一片一片，基本上能做高通量就可以做轉(zhuǎn)錄組和數(shù)字基因表達譜，轉(zhuǎn)錄組俗稱RNA-Seq（RNA Sequencing），表達譜俗稱DGE（Digital Gene Expression Profiling）。你問他們兩者的區(qū)別，其實主要的區(qū)別我們研究的目的，還有不同分析最終能給我們提供什么？我們做這兩種技術(shù)能得到什么結(jié)果。其中，轉(zhuǎn)錄組中有無參轉(zhuǎn)錄組和有參轉(zhuǎn)錄組之分；相對應的，如果使用無參轉(zhuǎn)錄組拼接（目前主流是使用Trinity軟件拼接）的到的轉(zhuǎn)錄本，再進行DGE分析，就叫做無參DGE，如果直接使用參考序列進行DGE，就叫做有參DGE。所以，我就從我們的研究目的，提供結(jié)果來說他們的區(qū)別，并且區(qū)別對待有參和無參情況：①有參轉(zhuǎn)錄組和DGE區(qū)別：DGE重點關(guān)注差異表達基因，所以，我們的目的就是尋找不同樣本間的差異表達基因用于分析。但轉(zhuǎn)錄組在此時不僅能對差異基因進行篩選，還可在序列水平進行分析，比如可變剪切(Alternative splicing)，SNP，SSR等。但是它們都可以對GO，KEGG，PPI蛋白網(wǎng)絡(luò)互作進行分析。這就是在研究內(nèi)容上主要的的區(qū)別和相同點。還有區(qū)別就是經(jīng)費上的區(qū)別，DGE由于主要關(guān)注差異基因，自然也就比轉(zhuǎn)錄組測序測序快速，價格相對較低，如果樣本量大，在測序分析上預算有限，主要關(guān)注差異基因，而且有參考序列，可以考慮DGE咯。②無參轉(zhuǎn)錄組和DGE區(qū)別：在這里，DGE同樣重點關(guān)注的是差異表達基因，其差別與有參轉(zhuǎn)錄和有參DGE相似，但是無參DGE由于沒有參考序列，所以，我們首先要做無參轉(zhuǎn)錄組，先拼接出轉(zhuǎn)錄本，再使用其拼接的轉(zhuǎn)錄本作為DGE的參考序列進行分析。它們也同樣可以對GO，KEGG，PPI蛋白網(wǎng)絡(luò)互作進行分析。這里需要注意的是，使用無參轉(zhuǎn)錄組作DGE參考序列，轉(zhuǎn)錄組和DGE樣本的遺傳背景需一致，否則差異基因分析會出現(xiàn)問題；同時轉(zhuǎn)錄本集合的樣本必須包含DGE樣本，否則DGE多出的樣本中特異表達的基因也無法進行分析。從上嘔心瀝血敲的字可以看出，相對轉(zhuǎn)錄組，DGE最大的特點就是成本低，分析快，重點關(guān)注差異基因。轉(zhuǎn)錄組則除了差異表達基因外，還可以的到更多的序列水平的信息，其中有參DGE必須有參考序列，無參DGE必須先做無參轉(zhuǎn)錄組，但轉(zhuǎn)錄組成本較高。所以，我們可以結(jié)合這兩者的特點，比如，在大量樣本中通過DGE來篩選出特定實驗條件（時間節(jié)點）下的關(guān)鍵基因，再在此實驗條件（時間節(jié)點）下分析轉(zhuǎn)錄組，這樣便可節(jié)約大筆費用的同時，達到實驗目的。對于性價比的話，不同的研究人員有不同的看法，有的人要的是高質(zhì)量數(shù)據(jù)和分析結(jié)果（測序儀型號不同，測序方式不同，經(jīng)費就不一樣，其實研究人員也很關(guān)心分析結(jié)果，給我一堆數(shù)據(jù)，我也不會分析，那給我的就是垃圾），經(jīng)費使用不是很拮據(jù)，期望發(fā)高水平文章，可以考慮在國內(nèi)轉(zhuǎn)錄組做的比較好的諾禾致源和華大等研究經(jīng)驗豐富的團隊，但其價格肯定比同行高的。對于文章水平要求不是很高，或者只是想試試測序結(jié)果，也可以考慮其它國內(nèi)公司，但要注意的是，經(jīng)費少了，分析結(jié)果和分析周期肯定有所欠缺，這個需要自己去比較各個公司（或科研院所），畢竟研究人員才能說出個道道，知道孰優(yōu)孰劣。如果想節(jié)約成本，那就做合作項目唄公司（或科研院所），知因眾籌同樣歡迎你！

轉(zhuǎn)錄組測序是RNA水平測序，相當于DNA水平的基因組測序，是一個框架。表達譜主要研究的是基因表達量的變化，上調(diào)或下降。先要有轉(zhuǎn)錄組或是基因組才可以做表達譜，否則沒有Ref做參考。轉(zhuǎn)錄組測序和表達譜其實都是通過高通量測序技術(shù)進行的，轉(zhuǎn)錄組測序主要是針對沒有參考基因組（即基因組未完成測序）的物種，側(cè)重于獲得你材料的全部轉(zhuǎn)錄組信息；而表達譜則側(cè)重于檢測各個基因的表達量。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的转录组测序和表达谱测序的区别是什么？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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