原位PCR有間接法和直接法兩種：間接法是先在細胞內對DNA分子原位擴增，而后進行原位雜交；直接法是將標記的核苷(放射性同位素或熒光素標記的引物)在原位擴增之前加入PCR反應液中，在擴增過程中，標記的核苷酸直接摻入PCR產物中，然后用放射自顯影、免疫組織化學或熒光檢測技術進行DNA的定位與檢測。原位PCR的基本步驟是：① 固定細胞，盡量保存細胞固有的形態與結構；② 蛋白酶消化：用胃蛋白酶、蛋白酶K等消化固定后的蛋白質交聯網絡屏障，使PCR反應試劑與靶DNA充分接觸；③ 原位PCR擴增；④ 產物檢測：直接法可用放射自顯影、免疫組織化學或熒光檢測等，間接法需用特異性標記探針進行引物雜交。

原位PCR大致過程，實驗用的標本是新鮮組織、石蠟包埋組織、脫落細胞、血細胞等。其基本方法為多聚甲醛固定組織或細胞，蛋白酶消化處理組織；在組織細胞片上滴加PCR反應液進行擴增，覆蓋并加液體石蠟后，在原位PCR儀上進行PCR循環擴增，PCR擴增結束后用標記的探針進行原位雜交，最后顯微鏡觀察結果。原位PCR技術可分為直接法和間接法兩大類，此外，還有反轉錄原位PCR技術等，原位反轉錄 PCR(in situ reverse transcription PCR, In Situ RT-PCR)是將液相的RT-PCR技術應用到組織細胞標本中的一種新技術，與RT-PCR（液相）不同點在于，進行原位反轉錄PCR反應之前，組織標本要先用DNA酶處理，以破壞組織中的DNA酶，這樣才能保證擴增的模板是從mRNA反轉錄合成的cDNA，而不是細胞中原有的DNA。其它基本步驟與液相的RT-PCR相似。

總結

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