從關聯分析的規模來說，一般有基于候選基因的關聯分析方法和全基因組的關聯分析方法。候選的關聯分析方法可以從已知基因的功能出發，在群體中擴增分析這樣特定基因，也可以從QTL mapping的結果出發，對某一區段的所有基因進行關聯分析。最經典的例子就是玉米維生素代謝途徑的候選基因關聯分析法，利用這個方法找到了幾個基因的幾個位點，對群體中維生素含量的變異貢獻率達到58%以上，把這些位點轉化成標記，成功的利用到玉米的育種之中，有希望育成“golden maize”，與“dolden rice”相對應。

當用STR作連鎖分析或細胞遺傳學方法發現某一區域或染色體上的條帶與疾病表型相連鎖,研究者可在該區域以每10kb中選1個SNP的密度研究與疾病表型相關的位點,由于候選區域大小一般在5-30cM之間,所以一個項目研究一般要選用500-3000個SNPs作遺傳標志。所需的病例樣本數同上,當然是越多越好,最好1000例以上?；诤蜻x區域的關聯分析的最大優點是提供了發現新的疾病易感基因的可能。

總結

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