2011年,麻省理工學院的Nutiu等研究人員利用新一代測序儀定量測定DNA-蛋白質結合親和力,提出了研究轉錄因子DNA結合譜的新技術——HiTS-FLIP。該技術的主要原理及實驗流程見圖8所示。在該研究中,用HiTS-FLIP技術研究了酵母轉錄激活因子Gcn4與DNA的結合,該蛋白是酵母氨基酸饑餓應答的主要調控者。首先,制備了一個隨機25聚體的DNA文庫,將其放入Illumina Solexa測序儀中,完成測序。之后變性,剝離測序延伸鏈,利用新的引物和Klenow酶合成新鏈。再加入與單體(m)OrBurge結合的GCN4蛋白,并對蛋白結合進行熒光成像。最后,在測序圖像上疊加蛋白結合圖像,判定蛋白對各種序列的結合親和性。

總結

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