人類Y染色體大約長60Mb，根據在減數分裂過程中是否發生重組劃分為兩類結構：擬常染色體區(PARs)和男性特異性區域(MSY)。擬常染色體區位于Y染色體兩端，在減數分裂過程中可與X染色體發生重組，短臂PAR1含13個基因，長臂PAR2含4個基因；男性特異性區域約占總長的95%，由異染色質序列以及3類常染色質序列拼接而成。異染色質序列長約40Mb，至今未被測序。MSY常染色質序列長約23Mb，包括156個轉錄單位，78個蛋白編碼基因，但多是假基因和重復拷貝，僅編碼27種蛋白。3類常染色質區分別為：X轉座區長約3.4Mb，僅含兩個基因；X退化區含16個在X染色體上有同源基因的單拷貝基因，包括性別決定因子SRY；擴增區為高度重復序列，長約10.2Mb，約含60個基因，分屬9個基因家族，均具有男性特異性功能且多數位于8個回文結構中。

總結

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