先說一下Genomics API。這是Global Alliance of Genomics and Health組織下的Data Working Group的作品。當(dāng)然，Google是其中的主力主力之一，其他的大神包括Durbin、Haussler等人。這個(gè)API的目的是為了建立起全球范圍內(nèi)基因組數(shù)據(jù)存儲(chǔ)系統(tǒng)對(duì)外提供API的標(biāo)準(zhǔn)。很多機(jī)構(gòu)，例如BGI、國家基因庫、NCBI、EBI、Google等都在建立自己的基因組數(shù)據(jù)存儲(chǔ)系統(tǒng)。但數(shù)據(jù)光存著顯然沒什么意義，要利用起來。于是，我們相信會(huì)有更多的大大小小的公司基于這些數(shù)據(jù)去開發(fā)應(yīng)用。這時(shí)候，這些數(shù)據(jù)存儲(chǔ)機(jī)構(gòu)提供的接口肯定是五花八門的。比較low的可能就直接ftp了，當(dāng)然更大的可能是建立web service做一些控制，底層也可以做一些優(yōu)化。Genomics API的目的就是為了統(tǒng)一這些接口。如果大家都能遵守這些接口，上層的應(yīng)用就可以應(yīng)用到各個(gè)機(jī)構(gòu)存儲(chǔ)的數(shù)據(jù)上。Google為了演示這些接口的時(shí)候，已經(jīng)開發(fā)了一些東西。比如，你可以把BAM文件放在Google的Cloud Storage上，然后導(dǎo)入Google Genomics。Google Genomics API是GA4GH制定的Genomics API標(biāo)準(zhǔn)的一個(gè)實(shí)現(xiàn)，所以只要是兼容Genomics API的應(yīng)用都可以訪問Google Genomics里面的數(shù)據(jù)。為了保證這些基因組數(shù)據(jù)的訪問效率，Google Cloud Storage和Google Genomics肯定在底層做了不少事情。為了演示這些API的使用，Google也開發(fā)了一些應(yīng)用，詳見：https://github.com/googlegenomics所以，無論是想提供存基因組數(shù)據(jù)的服務(wù)，還是想開發(fā)基因組的應(yīng)用，最好是能兼容GA4GH的這套Genomics API。BTW，阿里云，七牛，你們什么時(shí)候跟上？好吧，也問問國家基因庫：）至于跟DNANexus的API的關(guān)系，沒多大關(guān)系。不過以后你存儲(chǔ)在DNANexus或者Seven Bridges Genomics上的基因組數(shù)據(jù)應(yīng)該是很有可能會(huì)支持Genomics API的

Google Genomics API 目前支持?jǐn)?shù)據(jù)存儲(chǔ)和查看，但不支持序列比對(duì)，估計(jì)未來2到3年內(nèi)也不會(huì)支持序列比對(duì)，目前還沒有這個(gè)計(jì)劃

谷歌在其官方博客中稱，由于看重基因測序和健康領(lǐng)域，谷歌加入一個(gè)致力于為人類健康提供更好的標(biāo)準(zhǔn)、政策以及技術(shù)的全球聯(lián)盟（Global Alliance）組織。在這一領(lǐng)域谷歌將充分發(fā)揮自己在技術(shù)以及健康研究方面的獨(dú)特優(yōu)勢。谷歌提供一個(gè)開源項(xiàng)目 API 的端口，幫助用戶大規(guī)模導(dǎo)入、處理、存儲(chǔ)和搜索基因組數(shù)據(jù)，從而實(shí)現(xiàn)用戶僅僅利用 API 端口，將能方便地將數(shù)據(jù)儲(chǔ)存在谷歌的云端服務(wù)器上。谷歌的這個(gè)基因組 API 一開始就將專注于如下內(nèi)容：1、專注于科學(xué)，而不是服務(wù)器和文件格式2、安全地存儲(chǔ)基因組數(shù)據(jù)3、盡可能多地存儲(chǔ)數(shù)據(jù)盡管目前潛在的用戶如需訪問數(shù)據(jù)庫，仍需要向谷歌申請(qǐng)基因組 API 訪問請(qǐng)求，但終有一天，谷歌會(huì)把這個(gè)決定權(quán)交予全球聯(lián)盟來決定。谷歌表示此舉將是全球衛(wèi)生和醫(yī)療環(huán)境的一次重大變革，同時(shí)也會(huì)引起全球聯(lián)盟其他成員的興趣即：如何將數(shù)據(jù)科學(xué)同生命科學(xué)結(jié)合在一起。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的如何评价Google Genomics API？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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