雖然轉錄組測序（RNA-Seq）技術還面臨著種種困難,但作為一個剛剛起步的新技術RNA-Seq已經顯示出其他轉錄組學技術無可比擬的優勢：既能提供單堿基分辨率的轉錄組注釋又能提供全基因組范圍的“數字化”的基因表達譜,而且其成本通常比芯片和大規模的Sanger EST測序要低,有人甚至提出了RNA-Seq最終取代基因芯片的猜測。然而就目前來看,作為兩個高通量的轉錄組學研究技術,在應用的某些方面既存在重疊和競爭也存在優勢互補,一種技術能彌補另一種技術遺漏的部分,通常對一個生物學問題的回答需要不同實驗技術的協同配合,例如序列捕獲技術就是結合了芯片和深度測序,利用芯片探針捕獲待測片段,再用深度測序技術分析核酸序列。但基因芯片的缺點,就在于它是一個“封閉系統”,它只能檢測人們已知序列的特征(或有限的變異);而RNA-Seq的強項,就在于它是一個“開放系統”,它的發現能力和尋找新的信息的能力從本質上高于芯片技術,相信隨著相關學科的進一步發展和測序成本的進一步降低,RNA-Seq必將在轉錄組學研究領域占主導地位。

個人覺得轉錄組測序優勢還是比較大的。轉錄組測序是指利用第二代高通量測序技術進行cDNA測序，全面快速地獲取某一物種特定器官或組織在某一狀態下的幾乎所有轉錄本。轉錄組可以選定某個特定時期的所有轉錄產物，這樣就可以用來研究某一生理條件或時空條件下該物種轉錄水平和正常情況下的差異。這些測序結果相對于基因組來說，數據更少，更方便分析，此外轉錄組測序最大的好處是費用比較低。相對于高通量測序來說，這個費用要少很多。

2013年Nature上發表了一項研究，使用轉錄組測序技術對來自“1000 Genomes Project”的462個人的類淋巴母細胞系的信使RNA和微RNA進行測序，并且對人類基因組中的調控變化進行了深度分析。結果顯示，絕大部分基因的調控的影響上普遍存在基因變化，其中轉錄結構和表達水平的變化同樣普遍。這個結果比全基因組測序具有更直接的功能性。

總結

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