樓上說的RNA測(cè)序是一種很有潛力的手段。此外，DNA比對(duì)也是一種手段。通過DNA比對(duì)，可以發(fā)現(xiàn)具體是哪個(gè)堿基的突變。非常直觀。

SSH差減雜交，是基于抑制PCR和差減雜交技術(shù)建立的，SSH方法在研究植物基因的差異表達(dá)方面已得到有效應(yīng)用。　SSH方法一般只用于兩個(gè)樣品的差異比較分析,樣品間的差異不宜太大或太小,而對(duì)于多個(gè)樣品則無能為力,這在很大程度上限制了它的應(yīng)用。不過現(xiàn)在高通量測(cè)序比較方便快捷。

在發(fā)現(xiàn)序列差異(如融合基因鑒定、編碼序列多態(tài)性研究)方面,RNA-Seq也展示了其很大的潛力。Zhang等在對(duì)水稻轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)序時(shí)發(fā)現(xiàn)了234件轉(zhuǎn)錄融合事件,可能是由反式剪接所產(chǎn)生。其中,173件發(fā)生在染色體之間,即兩個(gè)RNA前體來自不同的染色體;其余61件發(fā)生在染色體內(nèi)部。Shah等對(duì)雌激素受體-α-正轉(zhuǎn)移性乳腺小葉腫瘤的基因組進(jìn)行了重測(cè)序,在DNA水平上發(fā)現(xiàn)了32個(gè)非同義突變,結(jié)合基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),他們找到了2個(gè)未報(bào)道過的RNA編輯事件(引導(dǎo)重新編碼SRP9和COG3的氨基酸序列)。上述單核苷酸的突變成為了原發(fā)性早期、中期乳腺癌的特征之一,亦是癌癥病變過程的重要因素。Sugarbaker等利用mRNA深度測(cè)序?qū)盒孕啬ち龊蛯?duì)照樣品進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)了腫瘤中存在的15個(gè)不同的點(diǎn)突變。由于大多數(shù)與疾病相關(guān)的單核苷酸變異都發(fā)生在蛋白編碼區(qū),Chepelev等利用RNA-Seq對(duì)人Jurkat T細(xì)胞和CD4+ T細(xì)胞外顯子進(jìn)行測(cè)序,分別檢測(cè)到12176和10621個(gè)SNVs(單核苷酸變異體),其中4703和2952個(gè)是全新的。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的发现序列差异的手段有什么，大家来说说？的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

如果覺得生活随笔網(wǎng)站內(nèi)容還不錯(cuò)，歡迎將生活随笔推薦給好友。