世界最快超算加入“抗疫”:筛选出77种新冠潜在药物化合物
世界上最強大的計算機、IBM 超級計算機 Summit,已經加入到了對抗新冠病毒疫情的戰斗中來。
IBM 超級計算機 Summit 位于美國能源部橡樹嶺國家實驗室(ORNL),其主要任務是解決能源、先進材料、人類健康和人工智能等領域的以前看似不切實際或不可能完成的任務。
研究人員在 Summit 上獲得了緊急計算時間,用它來以藍色巨人所說的“前所未有的速度”進行模擬任務。
超級計算機 Summit 使用 IBM POWER9 支持的系統,只需1-2 天就能看到結果,而標準計算系統需要幾個月的時間。
通過這項工作,研究人員篩選出了 77 種小分子藥物化合物。ORNL 表示,這些化合物可能值得進一步研究,以對抗導致新冠疫情爆發的 SARS-CoV-2 冠狀病毒。
這臺超級計算機模擬了 8000 多種化合物,以篩選哪些化合物最有可能與冠狀病毒的主要“刺突”蛋白結合,使其無法感染宿主細胞。
田納西大學 UT / ORNL CMB 博士后研究員米古拉斯-史密斯(Micholas Smith)在早期結構研究的基礎上,建立了冠狀病毒刺突蛋白(也稱為S蛋白)的模型。
他使用化學模擬代碼進行了分子動力學模擬,分析了蛋白質中原子和粒子的運動。
史密斯模擬了與冠狀病毒刺突蛋白對接的不同化合物,以確定它們中是否有任何一種化合物可以阻止刺突蛋白粘在人類細胞上。
史密斯說:“利用超級計算機 Summit,我們根據一組標準對這些化合物進行了排名,這些標準與它們與S蛋白刺突結合的可能性有關。”
田納西大學田納西大學州長分子生物物理學主席、UT/ORNL 分子生物物理中心主任杰里米-史密斯(Jeremy Smith)補充說:“我們的結果并不意味著我們已經找到了治療新冠病毒的方法。”
“不過,我們非常希望,我們的計算結果將為未來的研究提供信息,并提供一個框架,供實驗者用來進一步研究這些化合物。只有到那時,我們才能知道其中是否有任何化合物表現出緩解這種病毒所需的特征。”
超級計算機 Summit 通過其 4608 個 IBM Power Systems AC922 服務器節點(每個節點配備兩個 IBM POWER9 CPU 和 6 個英偉達 Tensorcore V100 圖形處理器)為研究人員提供了海量數據處理能力,使其峰值性能達到 200 petaflops。
超級計算機 Summit 還被用來幫助理解宇宙的起源,理解阿片類藥物危機,并展示人類如何能夠登陸火星。
IBM 首席執行官羅睿蘭(Ginni Rometty)說:“我們已經要求 IBM 的技術和行業負責人考慮所有選項,以幫助政府和衛生機構監測和管理疫情。”
羅睿蘭表示,除了在抗疫中使用超級計算機 Summit 的計算能力外,IBM 的 Watson Health 健康部門正在與世界各地的衛生組織直接合作,以更好地了解新冠病毒的性質。
她說:“IBM 臨床開發系統已經免費提供給國家衛生機構,通過提供來自網絡設備的數據和分析來減少臨床試驗的時間和成本。我們的操作風險洞察工具已經提供給非營利性組織。”(騰訊科技審校/樂學)
總結
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