1、進入網站http://snpeff.sourceforge.net/，下載snpeff:

wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

2、解壓、安裝

unzip snpEff_latest_core.zip

解壓后出現如下圖：

3、注釋變異：

/path/to/java -Xmx4g -jar snpEff.jar GRCh37.75 examples/test.chr22.vcf > test.chr22.ann.vcf #test.chr22.vcf指的是含有variants的input文件，test.chr22.ann.vcf指的是含有variants的注釋output文件

　　注：由于snpeff是一個基于java的軟件包，需要在有java的環境中運行，因此使用此工具包前先安裝好java，如果已經安裝過java，則忽略此。

結果文件如下圖：

?

參考鏈接：http://snpeff.sourceforge.net/

轉載于:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/8962547.html

總結

以上是生活随笔為你收集整理的snpeff注释变异（variants）的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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