昨天本科的一個師姐問我關于瀑布圖的畫法，想要畫個瀑布圖，問我有沒有有什么工具可以畫的，目標圖如下

于是給師姐介紹了maftools這個R包，這個R包功能非常強大，可以做各種各樣的圖，今天就拿瀑布圖為例，一行代碼就可以畫出瀑布圖。

library(maftools) laml.maf <- system.file("extdata", "tcga_laml.maf.gz", package = "maftools") laml <- read.maf(maf = laml.maf)

maftools包自帶測試數據LAML的MAF文件

做cancer的應該知道每個表示什么意思。

missense_mutation:錯義突變 frame_shift_del：移碼缺失突變 nonsense_mutation：無義突變 frame_shift_ins：移碼插入突變 splice_site：剪接位點 in_frame_ins：inframe插入 in_frame_del：inframe缺失 translation_start_site:轉錄起始位點 nonstop_mutation：終止密碼子突變

對數據做summay的各種圖形，通過一行代碼即可畫出。

plotmafSummary(maf=laml)

最終圖形展示：

當然可以通過參數來對圖形做設置修改。

而瀑布圖的做法更簡單了，也是一行代碼：

oncoplot(maf = laml)

最終圖形展示：

如何畫出某個pathway上oncogene的突變頻率呢？也是一行代碼解決

PlotOncogenicPathways(maf = laml,pathways="RTK-RAS")

maftools還有更多的功能用法，歡迎大家投稿分享。或者大家有在線版做瀑布圖的網站，歡迎分享。

總結

以上是生活随笔為你收集整理的下如何画出频率瀑布图_用maftools一行代码画出瀑布图的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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