CUDA(六). 从并行排序方法理解并行化思维——冒泡、归并、双调排序的GPU实现
在第五講中我們學(xué)習(xí)了GPU三個重要的基礎(chǔ)并行算法: Reduce, Scan 和 Histogram,分析了 其作用與串并行實(shí)現(xiàn)方法。 在第六講中,本文以冒泡排序 Bubble Sort、歸并排序 Merge Sort 和排序網(wǎng)絡(luò)中的雙調(diào)排序 Bitonic Sort?為例, 講解如何從數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)課上學(xué)的串行并行排序方法轉(zhuǎn)換到并行排序,并附GPU實(shí)現(xiàn)代碼。
在并行方法中,我們將考慮到并行方法需要注意的特點(diǎn)進(jìn)行設(shè)計,希望大家在讀完本文后對GPU上并行算法的設(shè)計有一些粗淺的認(rèn)識。需注意的特點(diǎn)如下:?
1. 充分發(fā)揮硬件能力(盡量不要有空閑且一直處于等待狀態(tài)的SM)?
2. 限制branch divergence(見CUDA系列學(xué)習(xí)(二))?
3. 盡量保證內(nèi)存集中訪問(即防止不命中)
( 而我們在數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)課上學(xué)習(xí)的sort算法往往不注意這幾點(diǎn)。)
CUDA系列學(xué)習(xí)目錄:
CUDA系列學(xué)習(xí)(一)An Introduction to GPU and CUDA
CUDA系列學(xué)習(xí)(二)CUDA memory & variables - different memory and variable types
CUDA系列學(xué)習(xí)(三)GPU設(shè)計與結(jié)構(gòu)QA & coding練習(xí)
CUDA系列學(xué)習(xí)(四)Parallel Task類型 與 Memory Allocation
CUDA系列學(xué)習(xí)(五)GPU基礎(chǔ)算法: Reduce, Scan, Histogram
I. Bubble Sort
冒泡排序,相信大家再熟悉不過了。經(jīng)典冒泡排序通過n輪有序冒泡(n為待排序的數(shù)組長度)得到有序序列, 其空間復(fù)雜度O(1), 時間復(fù)雜度O(n^2)。
那么如何將冒泡排序算法改成并行算法呢? 這里就需要解除一些依賴關(guān)系, 比如是否能解除n輪冒泡間的串行依賴 & 是否能解除每一輪冒泡內(nèi)部的串行依賴, 使得同樣的n^2次冒泡操作可以通過并行, 降低step complexity。?
1996年, J Kornerup針對這些問題提出了odd-even sort算法,并在論文中證明了其排序正確性。?
I.1 從Bubble Sort到Odd-even Sort
先來看一下odd-even sort的排序方法:?
?
圖1.1
上圖為odd-even sort的基本方法。?
奇數(shù)步中, array中奇數(shù)項(xiàng)array[i]與右邊的item(array[i + 1])比較;?
偶數(shù)步中, array中奇數(shù)項(xiàng)array[i]與左邊的item(array[i - 1]) 比較;
這樣,同一個step中的各個相鄰比較就可以并行化了。
PS: 對于array中有偶數(shù)個元素的數(shù)組也是一樣:?
?
圖1.2
I.2 Odd-even Sort復(fù)雜度
在odd-even sort的算法下, 原本O(n^2)的總比較次數(shù)不變,但是由于并行,時間復(fù)雜度降到O(n), 即
step complexity = O(n)?
work complexity = O(n^2)
code詳見 <?Bubble sort and its variants?>
II. Merge Sort
看過odd-even sort后,我們來看如何將歸并排序并行化。數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)課上我們都學(xué)過經(jīng)典歸并排序: 基于divide & conquer 思想, 每次將一個array分拆成兩部分, 分別排序后合并兩個有序序列。 可以通過 T(n)=2T(n/2)+n 得到, 其complexity = O(nlogn)。 和I.1節(jié)類似, 我們看看merge sort中的哪些步是可以并行的。
這里可以將基于merge sort的大規(guī)模數(shù)據(jù)排序分為三部分。 經(jīng)過divide步之后, 數(shù)據(jù)分布如圖所示:?
?
圖2.1
最下端的為?大量-短序列?的合并;?
中間一塊為中等數(shù)量-中等長度序列?的合并;?
最上端的為少量-長序列?的合并;
我們分這三部分進(jìn)行并行化。 之后大家會明白為啥要這么分~
II.1 Step 1: Huge number of small tasks
這一部分,每一部分序列合并的代價很小, 而有眾多這樣的任務(wù)。 所以我們采取給每個merge一個thread去執(zhí)行, thread 內(nèi)部就用串行merge的方法。?
II.2 Step 2: Mid number of mid task
在這一階段, 有中等數(shù)量的task, 每個task的工作量也有一定增長。 所以我們采取給每個merge一個SM去執(zhí)行, 每個block上運(yùn)行的多個thread并行merge的方法。 和step1中的主要區(qū)別就是block內(nèi)部merge從串行改成了并行。 那么怎樣去做呢?
如下圖所示,假如現(xiàn)在有兩個長為4個元素的array, 想對其進(jìn)行排序, 將merge排序結(jié)果index 0 - 7 寫入數(shù)據(jù)下方方塊。
?
圖2.2
做法:?
對于array中的每個數(shù)字, 看兩個位置:?
1. 自己所在序列的位置: 看它前面有幾個元素?
2. 另一個序列的位置: 另一個序列中有多少個元素比它小(采用二分搜索)
這樣做來, 第一步O(1)可得到, 第二步二分查找O(logn)可得到; 整個merge過程用shared memory存結(jié)果。
II.3 Step 3: Small number of huge task
第三個環(huán)節(jié)中,也就是merge的頂端(最后一部分),每個merge任務(wù)的元素很多, 但是merge任務(wù)數(shù)很少。 這種情況下, 如果采用Step2的方法, 最壞的情況就是只有一個很大的task在跑, 此時只有1個SM在忙, 其他空閑SM卻沒法利用, 所以這里我們嘗試將一個任務(wù)分給多個SM執(zhí)行。
方法: 如圖2.3所示, 將每個序列以256個元素為單位分段, 得到兩個待merge序列In1和In2。然后,對這些端節(jié)點(diǎn)排序,如EABFCGDH。 如step2中的方法, 我們計算每個段節(jié)點(diǎn)在另一個短序列(長256)中的位置, 然后只對中間那些不確定的部分進(jìn)行merge排序, 每個merge分配一個SM。
如E~A的部分,?
1. 計算出E在In1中的位置posE1, A在In2中的位置posA2?
2. merge In1中 posE1~A 和 In2中 E~posA2的元素
?
圖2.3
II.4 Merge sort in GPU
以上面step 1的merge sort為例, 其gpu代碼中kernel函數(shù)如下:
其中temp為排好序的序列, 每次排序兩個大小為sortedsize的block,為temp賦值2 * sortedsize個元素。
所以實(shí)際上,sortedsize就是一個sorted block的大小。
<code class="hljs objectivec has-numbering" style="display: block; padding: 0px; color: inherit; box-sizing: border-box; font-family: 'Source Code Pro', monospace;font-size:undefined; white-space: pre; border-radius: 0px; word-wrap: normal; background: transparent;">__global__ <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">void</span> mergeBlocks(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> *a, <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> *temp, <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> sortedsize) {<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">id</span> = blockIdx<span class="hljs-variable" style="color: rgb(102, 0, 102); box-sizing: border-box;">.x</span>;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> index1 = <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">id</span> * <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">2</span> * sortedsize;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> endIndex1 = index1 + sortedsize;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> index2 = endIndex1;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> endIndex2 = index2 + sortedsize;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> targetIndex = <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">id</span> * <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">2</span> * sortedsize;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> done = <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">while</span> (!done){<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span> ((index1 == endIndex1) && (index2 < endIndex2))temp[targetIndex++] = a[index2++];<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">else</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span> ((index2 == endIndex2) && (index1 < endIndex1))temp[targetIndex++] = a[index1++];<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">else</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span> (a[index1] < a[index2])temp[targetIndex++] = a[index1++];<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">else</span>temp[targetIndex++] = a[index2++];<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span> ((index1 == endIndex1) && (index2 == endIndex2))done = <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>;} } </code><ul class="pre-numbering" style="box-sizing: border-box; position: absolute; width: 50px; top: 0px; left: 0px; margin: 0px; padding: 6px 0px 40px; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(221, 221, 221); list-style: none; text-align: right; background-color: rgb(238, 238, 238);"><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">1</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">2</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">3</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">4</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">5</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">6</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">7</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">8</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">9</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">10</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">11</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">12</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">13</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">14</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">15</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">16</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">17</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">18</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">19</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">20</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">21</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">22</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">23</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">24</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">25</li></ul>主函數(shù)中,定義block大小并調(diào)用kernel function:
<code class="hljs cs has-numbering" style="display: block; padding: 0px; color: inherit; box-sizing: border-box; font-family: 'Source Code Pro', monospace;font-size:undefined; white-space: pre; border-radius: 0px; word-wrap: normal; background: transparent;"> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> blocks = BLOCKS/<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">2</span>;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> sortedsize = THREADS;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">while</span> (blocks > <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>){mergeBlocks<<<blocks,<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>>>>(dev_a, dev_temp, sortedsize);cudaMemcpy(dev_a, dev_temp, N*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>), cudaMemcpyDeviceToDevice);blocks /= <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">2</span>;sortedsize *= <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">2</span>;}cudaMemcpy(a, dev_a, N*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>), cudaMemcpyDeviceToHost); </code><ul class="pre-numbering" style="box-sizing: border-box; position: absolute; width: 50px; top: 0px; left: 0px; margin: 0px; padding: 6px 0px 40px; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(221, 221, 221); list-style: none; text-align: right; background-color: rgb(238, 238, 238);"><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">1</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">2</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">3</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">4</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">5</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">6</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">7</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">8</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">9</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">10</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">11</li></ul>
III. Bitonic Sort
III.1 Bitonic Sequence 雙調(diào)序列
不同于以上兩種排序方法, 現(xiàn)在我們要接觸的 雙調(diào)排序 是排序網(wǎng)絡(luò)方法中的一種。 想起當(dāng)年在浙大面試某導(dǎo)師的實(shí)驗(yàn)室時就是讓實(shí)現(xiàn)的雙調(diào)排序, 并不斷優(yōu)化, 不過當(dāng)時土得一坨, 就沒聽說過這個算法。。。 最后寫出個多線程就結(jié)束了, 后來也沒再整理。 現(xiàn)在我們來看看bitonic sort是個什么鬼。
雙調(diào)排序是排序網(wǎng)絡(luò)中最快的方法之一。所謂的排序網(wǎng)絡(luò)是data-independent的排序, 即網(wǎng)絡(luò)比較順序與數(shù)據(jù)無關(guān)的排序方法, 所以特別適合硬件做并行化。
在了解雙調(diào)排序算法之前,我們先來看看什么是雙調(diào)序列。 雙調(diào)序列是一個先單調(diào)遞增后單調(diào)遞減 或者 先單調(diào)遞減后單調(diào)遞增的序列。
III.2 雙調(diào)排序算法
假如我們現(xiàn)在拿到了雙調(diào)序列, 怎樣對它按照從小到大進(jìn)行排序呢?形象一點(diǎn)來看, 我們將一個雙調(diào)序列切成兩半, 每一段的單調(diào)性統(tǒng)一, 然后如下圖圖3.1所示, 將兩段疊放起來, 進(jìn)行兩兩比較, 這樣一定能夠在左右兩段分別得到一個雙調(diào)序列(想想為什么得到的是兩個雙調(diào)序列), 且左邊的雙調(diào)序列中元素全部小于右側(cè)得到的雙調(diào)序列的所有元素。 迭代這個過程, 每次都能將序列二分成兩個子雙調(diào)序列, 直到這個子雙調(diào)序列的長度為2, 也就變成了一個單調(diào)子序列, 這個過程排序后原先的長雙調(diào)序列就變?yōu)橛行蛄?。 整個過程如下圖圖3.2所示。
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圖3.1
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圖3.2
III.3 任意序列生成雙調(diào)序列
好,III.2中講了怎樣對雙調(diào)序列進(jìn)行排序, 那問題來了,怎樣從任意序列生成雙調(diào)序列呢? 這里可以看看本文最后的參考文獻(xiàn)3, 寫得很詳細(xì)。 這個過程叫Bitonic merge, 實(shí)際上也是divide and conquer的思路。 和III.2中的思路正相反, 我們可以將兩個相鄰的,單調(diào)性相反的單調(diào)序列看作一個雙調(diào)序列,?每次將這兩個相鄰的,單調(diào)性相反的單調(diào)序列merge生成一個新的雙調(diào)序列, 然后排序(同III.2)。 這樣只要每次兩個相鄰長度為n的序列的單調(diào)性相反, 就可以通過連接得到一個長度為2n的雙調(diào)序列。 n開始為1, 每次翻倍,直到等于數(shù)組長度, 就只需要一遍單方向(單調(diào)性)排序了。
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圖3.3
以16個元素的array為例,?
1. 相鄰兩個元素合并形成8個單調(diào)性相反的單調(diào)序列,?
2. 兩兩序列合并,形成4個雙調(diào)序列,分別按相反單調(diào)性排序?
3. 4個長度為4的相反單調(diào)性單調(diào)序列,相鄰兩個合并,生成兩個長度為8的雙調(diào)序列,分別排序?
4. 2個長度為8的相反單調(diào)性單調(diào)序列,相鄰兩個合并,生成1個長度為16的雙調(diào)序列,排序
總算講完了,那么腫么實(shí)現(xiàn)呢? 我們看這個過程需要控制哪些地方? 如上圖所示, 我們可以將len=16的array的雙調(diào)排序分成4部分,每一部分結(jié)束都會形成若干長度為?i?的單調(diào)序列。 在每一部分中,用?j?表示比較的間隔,如下圖所示每一時刻的i和j。
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圖3.4?
III.4 雙調(diào)排序的并行實(shí)現(xiàn)
本著“talk is cheap, show me the code”的優(yōu)良作風(fēng), 拿粗來雙調(diào)排序的GPU實(shí)現(xiàn)代碼share如下:
<code class="hljs cpp has-numbering" style="display: block; padding: 0px; color: inherit; box-sizing: border-box; font-family: 'Source Code Pro', monospace;font-size:undefined; white-space: pre; border-radius: 0px; word-wrap: normal; background: transparent;"><span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">/** Author: Rachel* <zhangruiqing01@baidu.com>** File: bitonic_sort.cu* Create Date: 2015-08-05 17:10:44**/</span><span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#include<iostream></span> <span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#include<stdio.h></span> <span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#include<stdlib.h></span> <span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#include"gputimer.h"</span> <span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#include<time.h></span> <span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#define NThreads 8</span> <span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#define NBlocks 4</span><span class="hljs-preprocessor" style="color: rgb(68, 68, 68); box-sizing: border-box;">#define Num NThreads*NBlocks</span><span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">using</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">namespace</span> Gadgetron;__device__ <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">void</span> swap(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> &a, <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> &b){<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> t = a;a = b;b = t; }__global__ <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">void</span> bitonic_sort(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>* arr){<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">extern</span> __shared__ <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> shared_arr[];<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">const</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">unsigned</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> tid = blockIdx.x * blockDim.x + threadIdx.x;<span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//const unsigned int tid = threadIdx.x;</span>shared_arr[tid] = arr[tid];__syncthreads();<span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//for(int i=2; i<=blociDim.x; i<<=1){</span><span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">for</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">unsigned</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> i=<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">2</span>; i<=Num; i<<=<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>){<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">for</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">unsigned</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> j=i>><span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>; j><span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>; j>>=<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>){<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">unsigned</span> <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> tid_comp = tid ^ j;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span>(tid_comp > tid){<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span>((tid & i)==<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>){ <span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//ascending</span><span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span>(shared_arr[tid]>shared_arr[tid_comp]){swap(shared_arr[tid],shared_arr[tid_comp]);}}<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">else</span>{ <span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//desending</span><span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">if</span>(shared_arr[tid]<shared_arr[tid_comp]){swap(shared_arr[tid],shared_arr[tid_comp]);}}}__syncthreads();}}arr[tid] = shared_arr[tid]; }<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> main(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> argc, <span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">char</span>* argv[]) {GPUTimer timer;<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>* arr= (<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>*) <span class="hljs-built_in" style="color: rgb(102, 0, 102); box-sizing: border-box;">malloc</span>(Num*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>));<span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//init array value</span>time_t t;srand((<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">unsigned</span>)time(&t));<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">for</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> i=<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>;i<Num;i++){arr[i] = rand() % <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1000</span>; }<span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//init device variable</span><span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>* ptr;cudaMalloc((<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">void</span>**)&ptr,Num*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>));cudaMemcpy(ptr,arr,Num*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>),cudaMemcpyHostToDevice);<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">for</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> i=<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>;i<Num;i++){<span class="hljs-built_in" style="color: rgb(102, 0, 102); box-sizing: border-box;">printf</span>(<span class="hljs-string" style="color: rgb(0, 136, 0); box-sizing: border-box;">"%d\t"</span>,arr[i]);}<span class="hljs-built_in" style="color: rgb(102, 0, 102); box-sizing: border-box;">printf</span>(<span class="hljs-string" style="color: rgb(0, 136, 0); box-sizing: border-box;">"\n"</span>);dim3 blocks(NBlocks,<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>);dim3 threads(NThreads,<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">1</span>);timer.start();bitonic_sort<<<blocks,threads,Num*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>)>>>(ptr);<span class="hljs-comment" style="color: rgb(136, 0, 0); box-sizing: border-box;">//bitonic_sort<<<1,Num,Num*sizeof(int)>>>(ptr);</span>timer.stop();cudaMemcpy(arr,ptr,Num*<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">sizeof</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span>),cudaMemcpyDeviceToHost);<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">for</span>(<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">int</span> i=<span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>;i<Num;i++){<span class="hljs-built_in" style="color: rgb(102, 0, 102); box-sizing: border-box;">printf</span>(<span class="hljs-string" style="color: rgb(0, 136, 0); box-sizing: border-box;">"%d\t"</span>,arr[i]);}<span class="hljs-built_in" style="color: rgb(102, 0, 102); box-sizing: border-box;">printf</span>(<span class="hljs-string" style="color: rgb(0, 136, 0); box-sizing: border-box;">"\n"</span>);cudaFree(ptr);<span class="hljs-keyword" style="color: rgb(0, 0, 136); box-sizing: border-box;">return</span> <span class="hljs-number" style="color: rgb(0, 102, 102); box-sizing: border-box;">0</span>; } </code><ul class="pre-numbering" style="box-sizing: border-box; position: absolute; width: 50px; top: 0px; left: 0px; margin: 0px; padding: 6px 0px 40px; border-right-width: 1px; border-right-style: solid; border-right-color: rgb(221, 221, 221); list-style: none; text-align: right; background-color: rgb(238, 238, 238);"><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">1</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">2</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">3</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">4</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">5</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">6</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">7</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">8</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">9</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">10</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">11</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">12</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">13</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">14</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">15</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">16</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">17</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">18</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">19</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">20</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">21</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">22</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">23</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">24</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">25</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">26</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">27</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">28</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">29</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">30</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">31</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">32</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">33</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">34</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">35</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">36</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">37</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">38</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">39</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">40</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">41</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">42</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">43</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">44</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">45</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">46</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">47</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">48</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">49</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">50</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">51</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">52</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">53</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">54</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">55</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">56</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">57</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">58</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">59</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">60</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">61</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">62</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">63</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">64</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">65</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">66</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">67</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">68</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">69</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">70</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">71</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">72</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">73</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">74</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">75</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">76</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">77</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">78</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">79</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">80</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">81</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">82</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">83</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">84</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">85</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">86</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">87</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">88</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">89</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">90</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">91</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">92</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">93</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">94</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">95</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">96</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">97</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">98</li><li style="box-sizing: border-box; padding: 0px 5px;">99</li></ul>
code中,?
tid^j用于單方向判斷, 防止同一元素比較兩次;?
tid & i == 0 用于判斷這個部分應(yīng)該是單增還是單減, 因?yàn)榉较蛟诿總€長為i的單調(diào)序列中是一致的, 所以選用i判斷單調(diào)方向。
參考文獻(xiàn):?
1.?Bubble sort and its variants?
2.?nvidia的mergesort實(shí)現(xiàn)?
3.?我用過的淺顯易懂的Bitonic sort文檔
from:?http://blog.csdn.net/abcjennifer/article/details/47110991
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的CUDA(六). 从并行排序方法理解并行化思维——冒泡、归并、双调排序的GPU实现的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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