graphpad 折线图横坐标比例_GraphPad Prism绘制剂量反应曲线
原標題:GraphPad Prism繪制劑量反應曲線
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上圖是Sci文獻中的dose–response curves (劑量反應曲線),橫坐標是藥物GS-Se-SG濃度的對數值,縱坐標是Rrelative cell viability(相對細胞活性,% of control),從圖注中可以知道IC50為5.1 μM。那么什么是IC50呢?
IC50(half maximal inhibitory concentration)是指被測量的拮抗劑的半抑制濃度。它能指示某一藥物或者物質(抑制劑)在抑制某些生物程序(或者是包含在此程序中的某些物質,比如酶,細胞受體或是微生物)的半量。在凋亡方面,可以理解為一定濃度的某種藥物誘導腫瘤細胞凋亡50%,該濃度稱為50%抑制濃度,即凋亡細胞與全部細胞數之比等于50%時所對應的濃度。
IC50值可以用來衡量藥物誘導凋亡的能力,即誘導能力越強,該數值越低,當然也可以反向說明某種細胞對藥物的耐受程度。接下來我將使用GraphPad Prism5.0(win7,64位系統)繪制劑量反應曲線并計算IC50。
數據格式
A列為拮抗劑的濃度,濃度由小至大(0.625——10 mM),B-I (5個橫排)為該濃度所對應的8個復孔的OD值除以對照組吸光度的平均值,然后轉化為百分比。
步驟
Step1
打開GraphPad Prism 5.0,XY,選擇Points only,Y輸入8(因為數據每個拮抗劑濃度有8個復孔)replicate values in side-by-side subcolumn,Create。
Step2
輸入數據;
在Graphs下可以看見此時數據Data1的圖形;
Analyze,Transform,ok。
Parameters:Transform,選擇Transform X values using X=Log(X)->ok。
Graphs下經過轉換數據的圖形如下:
Step3
Analyze,XY analyzes,Nonliner regression (cure fit),ok。
Dose-Response-Inhibition,選擇log(inhibitor) vs. Normalized response—Variable slope,ok。
此時Graphs下經過計算得到的圖形如下:
進行美化后最終效果如下(注:繪圖時選擇的Mean and Erroe:SEM,數據比較集中所以看起來像沒有Error bar,修改為SD后可以看到Error bar,修改方法見GraphPad 繪制折線圖或視頻操作中):
在Data with Results下可以看見……Nonlin fit of Transform of Data1的結果:
在Best-fit values下,在橫坐標Log(抑制劑濃度)在0.6041時細胞的活性剛好為50%,故該拮抗劑的半抑制濃度為IC50=4.019 mM
責任編輯:
總結
以上是生活随笔為你收集整理的graphpad 折线图横坐标比例_GraphPad Prism绘制剂量反应曲线的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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