分子動力學模擬交流***: 668223348 (王老師邀請)

Gromacs和Amber的分子動力學模擬技術與應用課程在北京舉辦。

課程一GROMACS分子動力學模擬課程

GROMACS基礎? 1 分子模擬入門理論——對分子動力學模擬原理游刃有余

GROMACS入門操作的Linux基礎命令

1 GROMACS入門操作基礎?? 實例操作：編譯安裝GROMACS

2 GROMACS建模——掌握基本操作流程? 實例操作：GROMACS基本建模工具使用

GROMACS建模計算? 1 GROMACS計算——熟練掌握GROMACS計算一整套流程，為模擬蛋白做鋪墊? 實例操作：建立水-甲醇-離子混合特定濃度溶液

實例操作：模擬水-甲醇-離子混合特定濃度溶液(加電磁場)

3? GROMACS數據分析? 1 GROMACS數據分析? 實例操作：提取各種數據、分析

4，生物大分子建模? 1 生物大分子建模(以二氫葉酸還原酶為例) 2 復雜體系建模：蛋白配體復合物(以藍光受體BLUF為例)? 實例操作：多肽分子在水溶劑環境下的建模練習。重點包括二硫鍵處理，氨基酸質子化狀態處理，構建拓撲文件，添加周期性水盒子，添加平衡離子

實例操作：模擬多肽分子的動力學過程。包括能量最小化，跑NVT， NPT平衡

5，數據分析? 1 查看動態軌跡(采用VMD軟件)

分析工具使用? 實例操作：包括在VMD中查看可視化的動態軌跡，分子軌跡的RMSD，計算回轉半徑、平均結構等，抽取軌跡的動能、勢能、總能量等相關數據，對軌跡進行初步分析

課程二? AMBER分子動力學模擬

1，分子動力學原理? 課程1 分子力學(力場)? 課程2 能量優化的常用方法?? 課程3 分子動力學

2， Linux與AMBER和模型構建? 課程1 Linux基礎? 課程2 AMBER軟件簡介? 課程3 模型文件的預處理? 上機實踐：AMBER實例：蛋白-配體復合物的預處理平行實例：環糊精主客體復合物的預處理

3，MD模擬? 課程 能量優化、分子動力學模擬? 上機實踐：AMBER實例：能量優化、分子動力學模擬 (蛋白體系、環糊精體系)

4，能量計算、 結合自由能計算? AMBER實例：結合自由能計算 (蛋白體系、環糊精體系) AMBER實例：結合自由能分解計算 (蛋白體系、環糊精體系)

5，軌跡分析 課程 分子動力學軌跡分析? AMBER實例：分子動力學軌跡分析 (蛋白體系、環糊精體系)

6，ASMD模擬? 課程8ASMD? AMBER實例：ASMD模擬 (蛋白體系、環糊精體系)

總結

以上是生活随笔為你收集整理的linux的gromacs模拟分子运动,分子动力学技术交流---gromacsamber的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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