我們熟知，在特定情況下，microRNA（miRNA）可以直接或間接激活和抑制基因表達(dá)。但是，尚沒有基于多組學(xué)的數(shù)據(jù)庫能夠證明對激活與抑制以及正常與癌癥狀況之間相互作用模式轉(zhuǎn)換的系統(tǒng)數(shù)據(jù)。今天我們?yōu)榇蠹彝扑]一個(gè)數(shù)據(jù)庫miRactDB（miRNA與基因相互作用的數(shù)據(jù)庫），該數(shù)據(jù)庫是可以提供用于注釋miRNA與基因關(guān)系的通用平臺(tái)。miRactDB中涵蓋了TCGA，CCLE和GTEx數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)，對miRNA與基因之間的相互作用及其在腫瘤和正常情況下跨組織類型的生物學(xué)影響進(jìn)行了全面研究。

miRactDB為癌癥和基因組學(xué)界提供了獨(dú)特的資源，可以在正常和癌癥患者不同樣品數(shù)據(jù)中分別進(jìn)行篩選，確定優(yōu)先級(jí)并合理化其miRNA與基因相互作用的候選對象。而且可能存在一小部分但至關(guān)重要的miRNA，可深刻影響各種癌癥的標(biāo)志性過程。相信這個(gè)數(shù)據(jù)庫會(huì)給正在進(jìn)行miRNA與基因作用研究和生物信息分析研究者帶來巨大的幫助。

miRactDB網(wǎng)址：

https://ccsm.uth.edu/miRactDB

1.點(diǎn)擊鏈接，進(jìn)入miRactDB網(wǎng)站首頁

2.輸入想要研究的miRNA以及基因名稱，我們以研究has-mir-483與IGF2相關(guān)性為例。

3.點(diǎn)擊Search我們可以得到miRNA和基因的相關(guān)性，紅色代表具有正相關(guān)性，綠色代表具有負(fù)相關(guān)性，灰色代表不具有相關(guān)性。

4.點(diǎn)擊左側(cè)的miRNA藍(lán)色鏈接，我們可以得到很多有關(guān)輸入的miRNA和基因的其他詳細(xì)信息，包括:miRNA結(jié)合位、miRNA在不同癌癥中的表達(dá)情況、所輸入的基因IGF2的表達(dá)情況、miRNA與該基因的相關(guān)性、跨基因位點(diǎn)的超級(jí)增強(qiáng)子評(píng)分、miRNA的臨床意義、輸入所研究基因的臨床意義、與該miRNA相關(guān)的藥物、與該基因有關(guān)的藥物、與該miRNA相關(guān)疾病、該基因相關(guān)疾病等等，可謂是十分全面了。

1）miRNA總結(jié)
這個(gè)模塊顯示了顯著相關(guān)的miRNA的信息。除了顯示了miRNA的基本信息外還顯示了在TCGA泛癌中具有不同相關(guān)模式的基因列表。我們還可以點(diǎn)擊第一行藍(lán)色鏈接，可以直接進(jìn)入pubmed官網(wǎng)檢索到目前有關(guān)該miRNA與所選基因的相關(guān)研究。

網(wǎng)站還可以根據(jù)Entrez的直接測定法（IDA）推斷該基因的參與的細(xì)胞功能。

2）篩選miRNA結(jié)合位點(diǎn)

我們還可以得到IGF2上的hsa-mir-483結(jié)合位點(diǎn)（啟動(dòng)子，CDS和3'UTR）有哪些。網(wǎng)站從GENCODE（版本30）下載了所有基因的編碼序列（CDS，n = 20358），并提取了每個(gè)基因的TSS±2kb區(qū)域的序列。并且從TargetScanHuman v7.2（miR_Family_Infor.txt）下載了miRNA家族信息，并提取了智人（n = 2064）的數(shù)據(jù)記錄。然后通過TargetScan提供的開放式工具targetscan.pl掃描了所有基因的CDS和啟動(dòng)子區(qū)域上每個(gè)miRNA的潛在結(jié)合位點(diǎn)。掃描后進(jìn)行miRNA家族信息解析，并將這些家族映射到相關(guān)的單個(gè)miRNA上。

3）miRNA表達(dá)
該類別提供了與正常樣品具有不同miRNA表達(dá)水平的樣品之間差異表達(dá)的miRNA分析，我們可以觀察所選miRNA和該基因在三十多種癌癥和正常組織中的表達(dá)情況。

4）基因表達(dá)
除了可以觀察miRNA的表達(dá)情況，該數(shù)據(jù)庫還提供了與正常樣品具有不同基因表達(dá)水平的樣品之間差異表達(dá)的基因分析。

5）miRNA-基因相關(guān)性

hsa-mir-483和IGF2之間的miRNA基因相關(guān)性研究

網(wǎng)站從TCGA數(shù)據(jù)門戶（https://portal.gdc.cancer.gov/）下載了miRNA和基因表達(dá)數(shù)據(jù)以及每種癌癥患者的生存信息。由于樣本量小或平臺(tái)不一致，網(wǎng)站排除了三種癌癥，包括FPPP，GBM和LAML。最終由1,046個(gè)miRNA和20,531個(gè)基因組成數(shù)據(jù)庫構(gòu)架，基于31種TCGA癌癥類型的8,375個(gè)患者樣本，包含21,475,462個(gè)miRNA基因?qū)Α２⑶矣?jì)算了每個(gè)miRNA基因?qū)?#xff08;經(jīng)log2轉(zhuǎn)換）的Spearman相關(guān)性，并將顯著性標(biāo)準(zhǔn)設(shè)置為| R |> 0.1，Hochberg調(diào)整的p值<0.05。可以讓使用者一鍵即可進(jìn)行泛癌分析。

使用不同正常組織數(shù)據(jù)進(jìn)行了散點(diǎn)圖繪制，其中miRNA和基因表達(dá)值之間具有回歸線以顯示相關(guān)性。

跨人類癌細(xì)胞系（CCLE，Spearman）的miRNA基因表達(dá)相關(guān)性：

6）跨基因位點(diǎn)的超級(jí)增強(qiáng)子評(píng)分
該數(shù)據(jù)庫使用改良的ROSE管道研究了圍繞每個(gè)miRNA和基因TSS的超級(jí)增強(qiáng)子形成概況。研究了來自ENCODE的跨越15種人體組織的64個(gè)樣本，量化了每個(gè)miRNA和基因區(qū)域中H3K27ac的ChIP-seq信號(hào)強(qiáng)度，計(jì)算了所有ENCODE樣品中所有miRNA和基因的超級(jí)增強(qiáng)子得分，并用條形圖繪制了每個(gè)miRNA /基因（跨樣品），因此我們可以得到豐富的超級(jí)增強(qiáng)子評(píng)分圖。

7）此miRNA的臨床意義

該模塊會(huì)根據(jù)每種癌癥類型的miRNA表達(dá)水平進(jìn)行患者生存數(shù)據(jù)研究，使用基于miRNA表達(dá)的對數(shù)秩檢驗(yàn)進(jìn)行生存分析，體現(xiàn)hsa-mir-483和IGF2的臨床意義。

8）與該基因有關(guān)的藥物

該表提供了與所研究miRNA和基因相關(guān)的已批準(zhǔn)的小分子藥物信息，包括藥物的名稱、編號(hào)、研究方法、實(shí)驗(yàn)條件、年份、對基因調(diào)節(jié)方式等等。

9）與該基因相關(guān)的疾病

該網(wǎng)站還會(huì)提供miRNA基因相關(guān)的疾病信息,不僅會(huì)顯示pubmed種相關(guān)疾病研究文章數(shù)量，還會(huì)顯示數(shù)據(jù)來源。

miRactDB是一個(gè)全面分析miRNA和基因相互作用的網(wǎng)站，對表觀遺傳的機(jī)制進(jìn)行了深入的研究與討論，包括鑒定基因編碼序列（CDS）啟動(dòng)子區(qū)域中的miRNA結(jié)合位點(diǎn)。源自TCGA腫瘤和鄰近正常樣品所預(yù)測的生物學(xué)過程，與CCLE和GTEx的生物學(xué)過程完全不同。但預(yù)測靶向CDS和啟動(dòng)子區(qū)域的最活躍的miRNA高度相似。在表型和組織學(xué)改變之前，鄰近的正常組織可能已經(jīng)向致癌作用分子轉(zhuǎn)化。而且可能存在一小部分但至關(guān)重要的miRNA，可深刻影響各種癌癥的標(biāo)志性過程。該數(shù)據(jù)庫分析三十多種癌癥只需花費(fèi)幾秒鐘，不用編程代碼，對于正在進(jìn)行生物信息分析的研究人員來說是一個(gè)快速成文的絕佳工具，同時(shí)也可以為在進(jìn)行實(shí)驗(yàn)研究的快速篩選靶點(diǎn)基因，趕快分享收藏吧！

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的重磅！这个生信神器助你文章秒出图——miRNA与基因互作数据库的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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