轉錄因子（Transcription factor，TF）是一類能夠以序列特異性方式結合DNA并對基因轉錄起關鍵調控作用的蛋白質，在各種生物過程和疾病發生中起非常關鍵的作用。鑒定、分類和注釋轉錄因子以及分析轉錄因子的調控和功能等一直是研究的熱點和基礎，它們在生物體內形成一套指導基因表達的復雜系統引得眾多科學家濃厚的研究興趣。

為了揭開TF在生物體內調節機制的神秘面紗，科學家們探索了許多實驗方法（如CHIP-seq）和預測工具（如seq logo，Jaspar數據庫等），具體可以參見歷史推文：

• R語言 - 繪制seq logo圖
• Seq logo 在線繪制工具——Weblogo
• 一文教會你查找基因的啟動子、UTR、TSS等區域以及預測轉錄因子結合位點
• 2018 升級版Motif數據庫Jaspar

下面介紹由華中科技大學生命科學與技術學院郭安源教授團隊開發的動物轉錄因子注釋和預測數據庫（AnimalTFDB）。

AnimalTFDB數據庫建設工作于2011年11月完成了第一版，至今持續維護和更新了7年，三個版本的文章分別都發表在牛津大學出版社(Oxford University Press)出版物《核酸研究》(Nucleic Acids Research)（2017年影響因子11.56），最新的3.0版本文章于2018年9月11日在線發表（https://doi.org/10.1093/nar/gky822). 如何快準狠地找到相關領域的經典文獻？

1. AnimalTFDB 3.0 概覽

AnimalTFDB 3.0版本中作者鑒定、分類和注釋了97個物種全基因組水平的125,135個TF基因和80,060個轉錄輔因子基因。其中，根據轉錄因子DNA結合結構域（DBD），將TF進一步分為73個家族，根據TF輔助因子功能分為83個家族。新版本除了在數據上的擴展外，還提供多種搜索瀏覽方式（Famliy、Species或自定義搜索）、2個在線預測工具Predict TF和Predict TFBS（分別可以批量預測轉錄因子和預測DNA序列上的轉錄因子結合位點）、Blast工具和數據下載功能。因為人類轉錄因子使用的廣泛需求，作者在新版AnimalTFDB數據庫中單獨設計了一個人類TF數據庫網絡界面（HumanTFDB：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/HumanTFDB/）。

2. Browse

通過TF的家族分類進行搜索：其中包含73個TF家族和83個TF輔助因子（cofactor）家族，再分別分為6類，選擇一個家族后將顯示TF家族內成員組成。

3. 通過TF的物種分類進行搜索：

在此我們選擇人類：上面是該物種中TFs的統計柱狀圖，下方是對這些TFs的分類。

繼續點擊一個轉錄因子家族進入家族基因列表頁面：表內顯示其包含的家族成員的相關信息，此頁面下面還顯示了DBD的多序列比對（Multi-alignment），以及對這些TFs的多重比對weblogo圖，還有該TF家族的簡要介紹和參考。

點擊結果表中的Ensembl ID可直接查看轉錄因子的基本信息，如：功能結構域、TFBS seqlogo圖、互作網絡以及表達等。

3. Search

1.可以在右上角快速搜索框中輸入Ensembl Gene ID、Entrez Gene ID或Gene Symbol進行搜索。

2.此頁面提供了四種高級搜索數據庫的方法。 用戶可以通過TF的基本信息（支持多種Gene ID）、注釋信息（PPI，Pathway，GO，Ortholog和Paralog）進行搜索。 對于人類的TFs，還可以根據TFs對應的mRNA和蛋白表達進行搜索，可以選擇特定物種、組織類型、細胞系、發育階段或癌癥類型，以及基因表達水平的最低閾值來過濾搜索結果。

4. prediction

TF prediction

用戶可以根據自己的蛋白質序列中識別TF，支持一次上傳高達1000個蛋白質序列（注意文件格式FASTA格式：每條序列第一行以>開頭，第二行是序列），并在幾分鐘內獲得結果。

2.TF binding site prediction
用戶可以根據自己的核苷酸序列中識別TF靶標，本數據庫從TRANSFAC，JASPAR，HOCOMOCO和hTFtarget數據庫中收集了TF基序矩陣。 使用這些矩陣掃描人類的比對序列，使用MEME Suite的檢測功能（http://meme-suite.org/index.html） 來預測TF靶標。 在預測結果中，顯示TF結合位點序列，得分，P值，Q值等信息，通過Filter by TF顯示特定的TF結果。

4. Blast

用戶利用蛋白質或DNA序列在數據庫中搜索TFs和輔助TFs，以找到同源基因并探索新的TF功能， 可以選擇所有物種或特定物種的蛋白質序列作為BLAST數據庫，同時可以指定e-value值來進行篩選。

HumanTFBS數據庫的功能與AnimalTFDB差不多，在此不做過多介紹。

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的AnimalTFDB 3.0 | 动物转录因子注释和预测的综合资源库的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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