前言

NGS系列文章包括NGS基礎(chǔ)、轉(zhuǎn)錄組分析 （Nature重磅綜述|關(guān)于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析 （ChIP-seq基本分析流程）、單細(xì)胞測(cè)序分析 (重磅綜述：三萬(wàn)字長(zhǎng)文讀懂單細(xì)胞RNA測(cè)序分析的最佳實(shí)踐教程 （原理、代碼和評(píng)述）)、DNA甲基化分析、重測(cè)序分析、GEO數(shù)據(jù)挖掘（典型醫(yī)學(xué)設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)GEO數(shù)據(jù)分析 (step-by-step) - Limma差異分析、火山圖、功能富集）等內(nèi)容。

在準(zhǔn)備GEO/TCGA培訓(xùn)時(shí)，因?yàn)椴糠謹(jǐn)?shù)據(jù)來自NCBI GEO數(shù)據(jù)庫(kù)，就系統(tǒng)梳理了GEO數(shù)據(jù)庫(kù)的結(jié)構(gòu)和存儲(chǔ)方式，順便也看了GEO2R的使用。然后就發(fā)現(xiàn)了一個(gè)問題，可能直接使用GEO2R的分析結(jié)果是錯(cuò)誤的。

原因見下圖 （官網(wǎng)介紹截圖）

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而GEO2R的R代碼使用的是GEOquery獲取GSEMatrix，所以如果我們自己寫代碼這樣獲取非原始數(shù)據(jù)時(shí)，也有可能得到的數(shù)據(jù)是不可比的。

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所以，還是建議使用工具或命令之前，好好讀一下幫助文檔，做到心中有數(shù)，知其所以然。如果能基于原始數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，可以做更多的質(zhì)控和更深入的比較。如果不能，分析之前看下數(shù)據(jù)的分布是否均一 (median-centered)。

所以生信寶典的原理類文章，值得好好閱讀。

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從課件中截取GEO簡(jiǎn)介部分分享如下 ：

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的GEO2R/GEOquery的结果可能是错的！！！的全部?jī)?nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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