TCGA是研究腫瘤相關(guān)機(jī)制的重要資源。在線數(shù)據(jù)庫更新改版都比較快，使用時(shí)需要參照最新的線上數(shù)據(jù)教程。不過癌癥相關(guān)的數(shù)據(jù)庫操作起來也都比較類似，輸入一個(gè)或多個(gè)關(guān)注的目的基因，查看基因的功能注釋，基因在哪些樣品中存在突變，突變位點(diǎn)的分布，共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)，生存分析等。

本系列包括了TCGA本站中數(shù)據(jù)的瀏覽、下載，尤其是TCGA改版后的功能介紹(增加了OncoGrid展示)，然后是cBioPortal，TCGA數(shù)據(jù)在線提供的分析類型最多的一個(gè)平臺，再是FIREBROWSE，比較不錯(cuò)的在線展示和方便的數(shù)據(jù)下載功能。

• 這是數(shù)據(jù)更新最實(shí)時(shí)的TCGA網(wǎng)站，功能強(qiáng)大

cBioPortal | 功能強(qiáng)大的TCGA再分析平臺

cBioPortal可查詢選定的癌癥中某一通路的基因或用戶自定義的多個(gè)基因的信息，多個(gè)基因的結(jié)果部分合并展示，部分獨(dú)立展示。下面以TP53和BRAF為例。

柱狀圖展示了2個(gè)基因在選擇的樣品（橫軸）中的突變類型（不同顏色）及其突變頻率（縱軸）的分布。

鼠標(biāo)懸浮柱子上可查看詳細(xì)信息，Click View details查看更多信息。

查詢基因在選定樣品中的突變情況概覽。

Mutation面板進(jìn)入查看基因水平突變的分布。

基因之間是否存在并發(fā)或互斥的突變。

基因共表達(dá)分析。

查詢基因與突變頻率最高的基因中連接最多的50個(gè)基因之間的互作網(wǎng)絡(luò)。

包含查詢的基因突變的病人和其它病人之間的生存分析比較。

FireBrowse | BROAD開發(fā)的TCGA分析平臺，強(qiáng)大的下載功能

特定基因表達(dá)譜查詢。

類似于OncoGrid顯示特定癌癥中沒Mb的突變率、突變類型、基因突變類型的分布。

FIREBROWSE的特色是提供了比較多類型的關(guān)聯(lián)分析。

數(shù)據(jù)分析方法描述、下載。

把基因根據(jù)表達(dá)量的四分位數(shù)分為4組之后的生存分析結(jié)果。

數(shù)據(jù)整體下載，FIREBROWSE提供了一個(gè)腳本工具，可以按需下載。

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的功能强大的TCGA再分析平台的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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