生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得—限时免费
海哥,中國科學院遺傳與發育生物學研究所,生物信息學博士。在生信寶典出品過多部“傻瓜式”教程。
生信寶典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因組序列
生信寶典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的調控網絡
生信寶典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里發光 - 如何查找基因在發表研究中的表達
生信寶典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作網絡在線搜索
生信寶典之傻瓜式 (五) 文獻挖掘查找指定基因調控網絡
生信寶典之傻瓜式 (六) 查找轉錄因子的靶基因
這次海哥回北京,結合自己發表過的文章和其它經典文章以及自己多年做研究的經歷,從中心法則出發,為大家從不同層面介紹組學分析的手段,并解釋了不同方法都能解決什么具體的生物學問題。
本視頻內容全面,簡單易懂,很適合想知道組學能做什么和生物數據分析沒有思路的朋友,能為你在學習、科研項目以及分析實戰的過程中提供很多的指導。
這次視頻最開始是在4天你也可以自己處理二代三代轉錄組測序數據最后一天的答疑課上給出的,很受好評,現分享與此。點擊閱讀原文即可限時免費觀看。
(海哥講述詼諧,這次錄制是其第二次講。有點遺憾的是,海哥自認為沒有第一次講的好,如果有緣,希望能在易生信極高性價比暑期黑馬集訓 – 低至2500每人的暑期課上再講一次。)
下面是筆者自己觀看完視頻后的理解,蒼白的文字代表不了視頻,有狗尾續貂之嫌,還請見諒。
內容概覽
形象地用盲人摸象闡述組學分析的優勢
利用大數據關聯鳥和花的分布與云圖的關系,便于精準救治。
大數據告訴你為什么科比是NBA最偉大的球員之一?如何防守庫里?
用傳統實驗得到的小數據去解釋生物學問題,就如同盲人摸象般,盡管可以比較精確地描述某一問題,但是由于找不到全局的聯系而無法全面地做出解釋。隨著新一代測序技術的發展,生物大數據分析越來越受到生物學家們的青睞,我們可以從各組學層面來了解某一生物樣本在某個狀態下的全貌。
1. DNA level
DNA level包括序列突變、插入、刪除、易位等,會影響到基因編碼、轉錄因子motif結合,并舉了“畫蛇也可添足”的例子闡述蛇中增強子區域序列突變影響到ETS1結合,進而足發育退化的故事。
之前的推文從Richard Young教授的系列研究看超級增強子發現背后的故事 (附超級增強子鑒定代碼)也介紹了一點增強子的知識和大牛的分析思路,可作為飯后閱讀小故事。
2. Transcriptional regulatory level
基因表達調控受轉錄因子結合、組蛋白修飾、DNA甲基化等的影響,分析這些調控最常用的是ChIP-seq (詳細分析流程,調整下也可適用于ATAC-seq),ATAC-seq和亞硫酸鹽測序等。這在之前的培訓中也有部分提及,可在騰訊課堂看對應視頻https://bioinfo.ke.qq.com。
第二張圖是常見的基因組瀏覽器的展示,可以查看某個區域多個維度的信息,具體使用見高通量數據分析必備|基因組瀏覽器使用介紹 - 3系列文章。
3. RNA level
RNA水平主要指RNA表達量變化、可變剪接形式變化、RNA修飾、編輯、非編碼RNA調控等,這些部分的實戰會在我們的易生信極高性價比暑期黑馬集訓中講到。也可查看轉錄組分析的正確姿勢,轉錄組分析工具哪家強?和120分的轉錄組試題(第三份答案)等。
RNA m6A是研究的比較火的修飾,我們也在王秀杰研究組合作發現m6A修飾在小腦發育中的新功能 (附2018上半年m6A研究文章和點評)中做過一點總結。
4. Translational level
翻譯水平是從Ribosome結合的角度查看潛在的蛋白表達量。
5. Protein and metabolite level
蛋白質組水平和代謝組水平,配合之前蛋白質組學研究概述一起觀看。
感謝海哥的分享!在此將本視頻推薦給大家,點擊文末鏈接即可限時免費觀看。若您覺得不錯,請轉給更多需要的人。
更多視頻課見:
生信寶典視頻教程
英語寫作常見錯誤總結和學習視頻
教育部推出首批490門“國家精品在線開放課程
精品回顧
畫圖三字經生信視頻生信系列教程
心得體會癌癥數據庫LinuxPython
高通量分析在線畫圖測序歷史超級增強子
培訓視頻PPTEXCEL文章寫作
色彩搭配圖形排版互作網絡
《海汐講組學》視頻鏈接:https://ke.qq.com/course/315487
總結
以上是生活随笔為你收集整理的生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得—限时免费的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇: 美国科学院院士、斯坦福大学王永雄(Win
- 下一篇: 增强火山图,要不要试一下?