博彩眾家之長，積微成就突破。為促進我國宏基因組研究領域的學術交流和技術分享，推動微生物組領域的發展，“宏基因組”公眾號聯合國內外優秀人才組織“易生信-宏基因組 積微學術論壇”，與同行在線交流文章經驗、分享研究思路、共享實驗和分析技術。第二期有幸邀請到中國科學院北京生命科學研究院的王金鋒副研究員分享其經驗。

• 演講題目：

  用時序微生物組數據重現生物膜裝配的動態過程

• 關鍵詞：

  微生物組，時間梯度，縱向研究，菌群動態，口腔生物膜

• 演講時間：

  2020年9月16日20:00-21:00

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海報信息

王金鋒博士個人簡介

王金鋒，博士，就職于中國科學院北京生命科學研究院。現任副研究員，中國科學院大學碩士生導師，中國生物工程學會微生物組學與技術專業委員會委員，“熱心腸”智庫專家。主要從事微生物互作與菌群塑造、菌群與宿主健康等微生物組學和生物信息學方向的研究。作為項目負責人主持國家自然科學基金3項，并承擔了國家重點研發計劃和中國科學院重點部署項目子課題、技術創新項目等。于Cell（2020）、Gut（2018、2020）、The ISME Journal（2019）、Nature Communications（2016）和Genome Biology（2015）等雜志發表第一、共一和通訊作者論文近20篇，五年來被引用超千次，多篇入選ESI高被引論文。擔任《Critical Reviews in Microbiology》、《mSystems》和《Applied and Environmental Microbiology》等雜志審稿專家。

2016-至今， ? 中國科學院，北京生命科學研究院，副研究員，微生物組與生物信息

2011-2015， ? 中國科學院，北京生命科學研究院，助理研究員，微生物組

2007-2010， ? 中國科學院，海洋研究所，博士，海洋生物學

2004-2007， ? 南京師范大學，生命科學學院， 碩士，水產養殖

2000-2004， ? 沈陽師范大學，化學與生命科學學院， 學士，生物技術

演講摘要

隨著微生物組學技術的普及和推廣，越來越多的研究者從僅關注單一時間點的剖面分析，逐漸開始涉及連續時間點的縱向研究。從樣本量相對更大、層次更為紛繁復雜的時序數據中理清頭緒尋找規律，并充分利用動態信息及選擇恰當的方法，開展多元化和深層次的數據挖掘，成為微生物組學領域同行們當前的普遍需求。本次交流將以口腔生物膜菌群數據為例，通過追蹤洗牙前后牙菌斑堆積來解析群落的重建過程，分享典型時序微生物組研究的分析思路及內容。向同行們介紹菌群的多樣性、相似性、聚簇、共存網絡等常規分析手段在時序微生物組計算中的應用。重點講述如何依靠分組以及對同一批數據進行不同的分組比較和距離計算，來衡量菌群相似程度隨時間梯度的變化，尋找群落結構高變或劇烈波動的時期。在連續時間點的縱向研究中引入貝葉斯、馬爾科夫鏈和機器學習算法，并向用戶推薦這些分析涉及到的計算工具及其使用方法。希望通過本次交流向同行們分享多時間點微生物組數據挖掘的經驗，豐富分析內容和結果，幫助大家獲得更多有價值的生物學或醫學發現。

代表性論文

Jia N#, Wang JF#, Shi WQ#, Du LF#, Sun Y#, Zhan W, …, Zhao FQ & Cao WC. (2020). Large-scale comparative analyses of tick genomes elucidate their genetic diversity and vector capacity. Cell 182, 1-13, doi: https://doi.org/10.1016/j.cell.2020.07.023 (IF = 38.637，封面文章)

Wang JF#, Jia Z#, Zhang B#, Peng L & Zhao FQ*. (2020). Tracing the accumulation of in vivo human oral microbiota elucidates microbial community dynamics at the gateway to the GI tract. Gut 69(7), 1355-1356, doi: http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2019-318977 (IF = 19.819)

Wang JF#, Zheng JY#, Shi WY#, Du N, Xu XM, Zhang YM, Ji PF, Zhang FY, Jia Z, Wang YP, Zheng Z, Zhang HP & Zhao FQ*. (2018). Dysbiosis of maternal and neonatal microbiota associated with gestational diabetes mellitus. Gut 67, 1614-1625, doi: http://dx.doi.org/10.1136/gutjnl-2018-315988 (IF = 19.819)

Gao Y#, Wang JF#, Zheng Y#, Zhang JY, Chen S & Zhao FQ*. (2016). Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs. Nature Communications 7, 12060, https://doi.org/10.1038/ncomms12060 (IF = 12.121)

Zhou HY#, Zhao H#, Zheng JY, Gao Y, Zhang YM, Zhao FQ, Wang JF*. (2015). CRISPRs provide broad and robust protection to oral microbial flora of gingival health against bacteriophage challenge. Protein & Cell 6(7), 541-545, doi: https://doi.org/10.1007/s13238-015-0182-0 ?(IF = 10.164)

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宏基因組云講堂今晚8點開講！第一期由劉永鑫博士主持，特邀袁軍副教授分享純生信發表ISME文章的思路

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的免费直播 | 宏基因组云讲堂第二期由刘永鑫博士主持，特邀王金锋副研究员分享“用时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程”...的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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