Visinets:一个可以让你的信号通路图动起来的网站!
之前我們介紹過許多信號通路圖的查找和制作網(wǎng)站,但這些信號通路都有一個特點,他不具備動態(tài)性,我們需要靠腦補(bǔ)來想這個基因激活了一個基因,抑制了另外一個基因,轉(zhuǎn)來轉(zhuǎn)去就繞暈了,有沒有一個網(wǎng)站能夠動態(tài)展示這些信號通路的流向呢?
還真有一個,這就是今天推薦給大家的在線繪制信號通路的工具網(wǎng)站Visinets。
Visinets
網(wǎng)址:http://www.visinets.com/pathway/list
點擊左側(cè)的藍(lán)色按鈕就可以創(chuàng)建自己的信號通路圖了,右側(cè)則是網(wǎng)站已經(jīng)做好的信號通路圖,如果你只是在原有的基礎(chǔ)上進(jìn)行添補(bǔ)的話,可以找現(xiàn)成的信號通路圖進(jìn)行修改。
點擊進(jìn)入信號通路的畫板,我們可以看到上方和左側(cè)都有四個選項,分別是Species、Influence、Compartment和Labels。點擊上方的按鈕就可以畫出相應(yīng)的項目,點擊左側(cè)的按鈕就可以調(diào)整相應(yīng)的參數(shù),比如influence中綠色箭頭代表促進(jìn)、紅色箭頭代表抑制等。
可以看出想用這個軟件畫出絢麗多彩的信號通路圖還是比較難的,需要調(diào)節(jié)很多參數(shù),但是他的特色其實不在于畫,而在于動,而且網(wǎng)站提供了常見的信號通路圖,我們只需要稍加利用,就可以產(chǎn)出我們需要的動態(tài)信號通路來。
我們以EGFR信號通路為例。
可以看到EGFR信號通路涉及的基因和傳導(dǎo)流向已經(jīng)標(biāo)識出來了,如果我們需要在其中添加我們新發(fā)現(xiàn)的調(diào)節(jié)模塊,按照前面的操作即可。我們可以看到在左下角有一個播放按鈕,只需要點擊這個播放鍵,整個信號通路就流動起來。
這樣的信號通路圖是不是就好多了,流動起來更能吸引人。大家快去試試吧。
參考文獻(xiàn):?
Spychala J, Spychala P, Gomez S, Weinreb GE (2015) Visinets: A Web-Based Pathway Modeling and Dynamic Visualization Tool. PLoS ONE 10(5): e0123773. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0123773
本文由科研小助手(ID:SciRes)原創(chuàng),轉(zhuǎn)載請注明來源
新出爐的Cytoscape視頻教程
Pathview包:整合表達(dá)譜數(shù)據(jù)可視化KEGG通路
推薦幾個常用的生物通路數(shù)據(jù)庫
20W+喜愛的Pathview網(wǎng)頁版 | 整合表達(dá)譜數(shù)據(jù)KEGG通路可視化
往期精品(點擊圖片直達(dá)文字對應(yīng)教程)
機(jī)器學(xué)習(xí)
后臺回復(fù)“生信寶典福利第一波”或點擊閱讀原文獲取教程合集
?
(請備注姓名-學(xué)校/企業(yè)-職務(wù)等)
總結(jié)
以上是生活随笔為你收集整理的Visinets:一个可以让你的信号通路图动起来的网站!的全部內(nèi)容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇: Linux下如何删除长时间不使用的旧文件
- 下一篇: PCA主成分分析实战和可视化 | 附R代