生物信息學習的正確姿勢

NGS系列文章包括NGS基礎、高顏值在線繪圖和分析、轉錄組分析?（Nature重磅綜述|關于RNA-seq你想知道的全在這）、ChIP-seq分析?（ChIP-seq基本分析流程）、單細胞測序分析?(重磅綜述：三萬字長文讀懂單細胞RNA測序分析的最佳實踐教程)、DNA甲基化分析、重測序分析、GEO數據挖掘（典型醫學設計實驗GEO數據分析 (step-by-step)）、批次效應處理等內容。

R語言中的ggplot2是最美的繪圖包之一。但調整主題的細節需要寫大量代碼，而且還要反復修改、預覽，很是費時費力。

當然你可以用Adobe Illustrator等工具做后期編輯，但要是圖重畫，所有后期編輯的工作又要重來，無法實現可重復分析，每個修改都很崩潰。

有沒有更方便的方式調整主題細節呢？

ggThemeAssist橫空出世，它依賴shiny (>= 0.13), miniUI (>= 0.1.1), rstudioapi (>= 0.5), ggplot2和formatR，可以對ggplot2圖形結果直接修改，并實時預覽效果，同時編輯結束返回代碼。相當于一個幫你寫代碼的翻譯官！

此包必須在Rstudio環境中使用。運行下面示例代碼：

# install.packages("ggThemeAssist") library(ggplot2) library(ggThemeAssist) # 使用mtcars生成一個點圖示例 gg <- ggplot(mtcars, aes(x = hp, y = mpg, colour = as.factor(cyl))) + geom_point() # 開始調整主題 ggThemeAssistGadget(gg)

看到打開了一個窗口，上部為圖形預覽窗口，下部有6個選項卡，分別對應各類主題細節的調整，下面我們進行詳細解釋。

設置Settings

• 繪圖維度 Plot dimensions
  

Width、Height可鼠標點擊文本框右側箭頭來微調圖片寬、高尺寸，也可直接修改數字。

• 通用選項 General options

Use FormatR 選項可以設置輸出R代碼的格式，勾選時的可讀性更高，這可是R界大神，統計之都和R語言大會創始人謝益輝寫的包。

默認勾選時，輸出代碼格式如下：

gg + theme(panel.background = element_rect(fill = NA),plot.background = element_rect(fill = NA))

不勾選，編輯后返回代碼格式如下：

gg + theme(panel.background = element_rect(fill = NA), plot.background = element_rect(fill = NA))

默認選項雖然占用多行，但更利于閱讀。具體選擇則憑借個人喜好。個人推薦勾選，可實現多行并縮進排版，方便閱讀和與同行交流。

Multiline results 是選擇輸出繪圖代碼形式，可以是行相加所有參數的形式，也可以是一行行獨立累加主題的形式。

默認不勾選多行，推薦這個，示例如下：

gg + theme(panel.grid.major = element_line(linetype = "solid"),panel.grid.minor = element_line(linetype = "solid"),plot.background = element_rect(linetype = "blank"))

勾選多行會是獨立累加主題的格式，示例如下，此種方案方便累加后去除參數，但變量會多次重復出現，各有利弊：

gg <- gg + theme(panel.grid.major = element_line(linetype = 'dashed')) gg <- gg + theme(panel.grid.minor = element_line(linetype = 'dashed')) gg <- gg + theme(panel.background = element_rect(fill = 'gray87'))

面板和背景 Panel & Backgroud

• 繪圖區背景 Plot Background

即整個作圖區的背景，包括填充色Fill，外邊框類型Type、線寬Size和顏色Colour

• 面板背景 Panel Backgroud

即坐標軸圍成的數據分布區域，屬性同上，包括填充色Fill，外邊框類型Type、線寬Size和顏色Colour

• 主網格 Grid Major

即圖中X、Y軸刻度線對應的網格，建議使用，方便輔助識別數據位置；

• 次網格 Grid Minor

即圖中X、Y軸刻度線間的補充網格，看具體情況使用，方便進一步輔助識別特定數據準確位置；

坐標軸 Axis

• 坐標軸文字 Axis text

Family：字體家族，默認為Sans，和我們常用的Arial類似；還常用Courier系列等寬字體，如顯示核酸、蛋白序列對齊時要求使用；Helvetica是Science雜志推薦字體；
Face: 字體樣式，如標準 plain(Adobe系列軟件稱Regular)、加粗 bold、斜體 italic、粗斜體 bold.italic
Size：字體大小，推薦8(無紙質版在線網絡雜志，如Nature Communication、Communication Biology、Scientific Report等)；“７”是Nature、Science最終發表字體大小；最小不要小于5，否則看不清。
Colour：顏色，默認為30%灰度 gray30，想突出坐標同刻度數值，可選black或gray0；
Hjust：X軸刻度值水平位置調整，默認0.5為相對刻度線居中對齊，0為相對刻度線左對齊；1為相對刻度線右對齊
Vjust：Y軸刻度值垂直位置調整，默認0.5為相對刻度線居中對齊，0為相對刻度線下對齊；1為相對刻度線上對齊
Angle：坐標軸角度，如標簽過長，可調為30度或45度旋轉，避免文字重疊的同時還可以節約空間，一般要配合Hjust等于1（右對齊）才更美觀；一般情況下要對x或y軸單獨修改

• x坐標軸文字屬性 Axis text.x

默認可以不修改，自動繼承Axis text的屬性。僅用于x軸屬性需單獨設置時修改，解釋同上

• y坐標軸文字屬性 Axis text.y

默認可以不修改，自動繼承Axis text的屬性。僅用于y軸屬性需單獨設置時修改，解釋同上

• 坐標軸線屬性 Axis line

主要修改X/Y軸的線型Type、寬度Size和顏色Colour

• 刻度線 Axis ticks

同坐標軸線，可修改X/Y軸的線型Type、寬度Size和顏色Colour

標題與標簽 Title and label

• 標簽 Lable

Title：圖表標題，直接輸入即可，方便吧
x-Axis label: 添加X軸標簽
y-Axis label: 添加y軸標簽
Colour：圖例標題
Fill label：填充色標簽
Size label：點大小標簽
Alpha label：透明度標簽
Linetype label：線型標簽
Shape label：形狀標簽

• 標題屬性 Plot Title

與坐標軸屬性類似，詳見前面“坐標軸文字 Axis text”說明
Family：字體家族
Face: 字體樣式，如標準plain、加粗bold、任何italic、粗斜體bold.italic
Size：字體大小，標題可以使用12，即標準字體系1.5倍，并加粗
Colour：顏色
Hjust：沿X軸水平位置調整
Vjust：沿Y軸垂直位置調整
Angle：文字旋轉角度，逆時針

• 坐標軸標簽屬性 Axis Labels

解釋同上

圖例 Legend

• 圖例位置 Legend position

Position：位置，可選無－none，左－left，右－right，上－top，下－buttom
Direction：方向，水平－horizontal，垂直－vertical

• 圖例標題屬性 Legend Title

Family：字體家族
Face: 字體樣式
Size：字體大小，可調8-10，個人喜歡和坐標軸同樣大小，有人喜歡大點
Colour：顏色

• 圖例文字屬性 Legend Text

同上

• 圖例背景屬性 Legend Background

括填充色Fill，外邊框類型Type、線寬Size和顏色Colour

• 圖例核心屬性 Legend Keys

即圖例中顏色圖狀的屬性，同上

子標題和圖注

可以修改子標題(Subtitle)和圖注(Caption)中的內容。同時還可以修改文字的屬性，如字體家族、樣式、大小、顏色和水平位置

編輯結果導出繪圖代碼

以上面板中可修改上百個參數，并提供幾百個屬性值的選擇。這些要是靠自己記住，那可真是太難了。此包為R語言繪圖的細節調節提供了極大幫助。

而且調好樣式之后，點擊done就能馬上輸出規范的代碼，方便可重復計算和進一步修改。這就是代碼的強大之處。

gg + theme(plot.subtitle = element_text(size = 8,colour = "gray25", hjust = 0.25), axis.line = element_line(linetype = "dotdash"),panel.grid.minor = element_line(colour = "gray95",linetype = "dotted"), axis.text = element_text(size = 8,face = "bold", colour = "black",hjust = 1), axis.text.x = element_text(size = 1,angle = 45), legend.key = element_rect(fill = "antiquewhite4"),legend.background = element_rect(fill = "gray93",colour = "antiquewhite4", size = 1,linetype = "solid")) +labs(title = "Title for figure ", x = "x-Axis label",colour = "汽綱數量", fill = "fill title",subtitle = "Subtitle")

注意：在使用中最好不要有中文，否則會出現引號缺失，導致代碼無法運行的情況。想要添加中文信息的話可以在代碼輸出之后手動添加，重新運行。

R環境信息

> sessionInfo() R version 3.6.0 (2019-04-26) Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit) Running under: Windows 10 x64 (build 17134)Matrix products: defaultlocale: [1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936 LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936 [3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936 LC_NUMERIC=C [5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods baseother attached packages: [1] shiny_1.3.2 ggThemeAssist_0.1.5 ggplot2_3.1.1loaded via a namespace (and not attached):[1] Rcpp_1.0.1 pillar_1.4.1 compiler_3.6.0 formatR_1.7 later_0.8.0 plyr_1.8.4 tools_3.6.0[8] digest_0.6.19 jsonlite_1.6 tibble_2.1.3 gtable_0.3.0 pkgconfig_2.0.2 rlang_0.3.4 cli_1.1.0 [15] rstudioapi_0.10 withr_2.1.2 dplyr_0.8.1 grid_3.6.0 tidyselect_0.2.5 glue_1.3.1 R6_2.4.0 [22] sessioninfo_1.1.1 purrr_0.3.2 magrittr_1.5 scales_1.0.0 promises_1.0.1 htmltools_0.3.6 assertthat_0.2.1 [29] mime_0.6 colorspace_1.4-1 xtable_1.8-4 httpuv_1.5.1 labeling_0.3 miniUI_0.1.1.1 lazyeval_0.2.2 [36] munsell_0.5.0 crayon_1.3.4

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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