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福利公告：為了響應學員的學習需求，經過易生信培訓團隊的討論籌備，現決定安排擴增子16S分析、宏基因組和Python課程的線上直播課。報名參加線上直播課的老師可在1年內選擇參加同課程的一次線下課?。期待和大家的線上線下會晤。

目前可以通報的信息：

• 宏基因組線上直播時間：2020/05/15-2020/05/17

• 擴增子線上直播時間：2020/05/29-2020/05/31

• 報名鏈接：www/ehbio.com/Training

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單細胞轉錄組之前是跟常規轉錄組一起開課的，但后來因為涉及內容多，也需要更專業的講解，2019年8月份第一次單飛獨自開課，邀請中科院單細胞分析算法開發博士傾力授課，一鳴驚人，取得了很好的效果。

現于2020年04月17日-2020年04月19日在北京鼓樓推出《單細胞轉錄組數據整合分析第三期》（具體時間待疫情控制而定，可先報名）專題培訓，在前兩期基礎上進一步精進提高，適合研究臨床、動物、植物的科研工作者參加。

如果時間等不及，可以參加我們的線上視頻課程，隨時加入，隨時開始。（購買之前聯系我們，更有辦法獲得本次課程更新的視頻）

課程簡介

本課程一共3天，每天6節課，共18節課，全部課程均理論與實戰結合(只要課上講的都是可以帶你自己實現的分析)。從分析平臺搭建、Linux和R基礎、圖表解讀和實戰、單細胞轉錄組設計、分析標準流程、單細胞分型 (Cellranger, Seurat3, Scater, Monocle3, Scran)，Marker基因鑒定，Pseudo-time分析，單細胞整合分析（CCA，Seurat Anchor, label transfer, ）及功能富集分析及各類高級分析(WGCNA、通路圖繪制等)，和CNS級圖片修改排版。3天時間，老司機帶您完成自學需要3個月甚至是1年的崎嶇之路，助力您真正玩轉單細胞轉錄組分析。

課程大綱

每節課1小時一個主題，理論結合實戰，學懂原理，實戰實操，全是老司機多年經驗和代碼的無私分享。下面是課程安排，如11代表第一天第一節課，26代表第二天第六節課，41為兩周后的線上集中視頻答疑。

編號主題簡介

11	單細胞轉錄組特點介紹	注意事項
12	單細胞轉錄組分析環境搭建	Win/Linux
13	二代三代測序原理介紹	建庫測序過程及注意事項
14	單細胞數據預處理	原始數據到表達矩陣
15	基因富集分析和可視化	GSEA富集分析
16	文章常見圖表解讀	和Illustrator制作CNS標準圖版
21	單細胞數據質控	細胞基因篩選
22	單細胞數據降維可視化	PCA，tSNE，umap
23	單細胞數據分型	Kmeans，層級聚類，graph-based method
24	可視化、分型實戰	Seurat3
25	Marker基因鑒定	Seurat3, Scran
26	基于知識和常規轉錄組	細胞類型定義
31	單細胞發育軌跡分析	Paga, Monocle3
32	單細胞數據整合分析	高級分析, mnnCorrect, Seurat Anchor
33	單細胞數據影響因素鑒定	批次校正,?Seurat Anchor
34	圓桌論壇	自評學習效果、知識點回顧
41	答疑-線上	答疑、考試內容串講

教程內容簡介如下：

單細胞轉錄組技術介紹

單細胞轉錄組學研究技術介紹

單細胞轉錄組學實驗設計和測序原則、注意事項

二代、三代測序過程和原理解析

單細胞轉錄組學文章案例分析

目標基因GSEA/GO富集分析

單細胞轉錄組分析

單細胞數據預處理和校正

細胞分型，PCA, ?TSNE, ?SC3聚類 (Seurat3, Monocle3, Scater)

單細胞發育演化分析

轉錄組常見圖形在線繪制

單細胞Marker基因鑒定，差異分析和功能分析

單細胞數據整合分析、批次校正

單細胞數據可視化

繪制和理解單細胞分析常見圖形

生信基礎知識

Linux/Windows下Rstudio和Linux命令的使用

Linux/Windows下轉錄組分析流程的搭建

生物學家必要掌握的Shell和R語言基礎知識。

(如果基礎薄弱，報名付款成功后，可免費領取基礎程序課，做好準備工作, 讓程序成為我們的得力工具而不是學習新知識的絆腳石。)

單細胞系列教程

• 收藏 北大生信平臺” 單細胞分析、染色質分析” 視頻和PPT分享

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• 10X單細胞測序分析軟件:Cell?ranger，從拆庫到定量

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（一）- 引言

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（二）- 實驗平臺

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（三）- 原始數據質控

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（四）- 文庫拆分和細胞鑒定

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（五）- STAR, Kallisto定量

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（六）- 構建表達矩陣，UMI介紹

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（七）- 導入10X和SmartSeq2數據Tabula Muris

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（八）- Scater包輸入導入和存儲

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（九）- Scater包單細胞過濾

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（十）- Scater基因評估和過濾

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（十一）- Scater單細胞表達譜PCA可視化

• Hemberg-lab單細胞轉錄組數據分析（十二）- Scater單細胞表達譜tSNE可視化
  

• 單細胞分群后，怎么找到Marker基因定義每一類群？

• Science：通過單細胞轉錄組測序揭示玉米減數分裂進程 | 很好的單細胞分析案例

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• 我想做信號通路分析，但我就是不想學編程

• 這個只需一步就可做富集分析的網站還未發表就被CNS等引用超過350

定制內容

如果您看到文章中有哪些圖或分析工作需要重現，也請提出，一起講述。

如果您有其它關注的問題，也請報名時提出，把這次課程變成您的定制講解。

主講教師

陳同，博士，2015年畢業于中科院遺傳與發育生物學研究所，生物信息專業博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)，Nucleic Acids Research，Stem Cells and Development等高水平雜志以第一作者或主要作者發表文章，運營有數萬人關注的《生信寶典》微信公眾號，給你不一樣的學習生信體驗。

劉永鑫，博士。2008年畢業于東北農大微生物學專業。2014年中科院遺傳發育所獲生物信息學博士學位，2016年博士后出站留所工作，任宏基因組學實驗室工程師，目前主要研究方向為宏基因組學數據分析與可重復計算。發表論文10余篇，SCI收錄7篇，NBT和Science各一篇。2017年7月創辦“宏基因組”公眾號，目前分享宏基因組、擴增子原創文章185篇，關注人數5萬+，累計閱讀千萬次。

授課模式

本課程以講解流程和實際操作為主，采用獨創四段式教學，封裝好的代碼全部分享，隨處可用：

• 第一階段 3天集中授課；

• 第二階段 自行練習2周；

• 第三階段 在線直播答疑；

• 第四階段 培訓視頻繼續學習；

• 實現教-練-答-用四個環節的統一協調。

培訓時間

2019-04-17到 2019-04-19 (線下講解實戰)
每天早9點到晚6點，半封閉式教學 (最后1小時為集中討論時間，最后一天會稍微提前一些，多留出時間討論，也方便老師乘車返回)
報到時間：開課當天

授課地點

北京市西城區鼓樓附近

課程價格

開課兩周前報名? 4500 元/人

名額有限，每次課程報名滿40人后自動關閉報名通道 （老學員不受限）

提供易漢博基因科技實習機會或工作機會

課程福利

座位按報名并繳費或預付款成功順序從前到后龍擺尾式排序

贈送價值99元程序基礎課一份 (http://bioinfo.ke.qq.com)

多人 (N，10>N>1) 組團報名并同時繳費，每人還可減免N-1百元 (最高500)

贈送金士頓U盤一個（32G含培訓數據和腳本）

附推薦與分享對應的招生信息到朋友圈，截圖發到train@ehbio.com 可獲得200元生信寶典騰訊課堂課程優惠券（可拆分供多個課程使用）

易生信同時推出多門相關課程，連報優惠——同時選2門課，95折；三門課9折，4門及以上85折。還可與團購同時優惠！擴增子(項目初探)+宏基因組(高精尖)，祝你分析水平更上一層樓。

免費獲得價值3998元的線下課程錄屏（有效期一年）

注意事項 *

需自備筆記本電腦，推薦使用win10系統（MAC也可），4G以上內存(推薦8G)。

課程實踐根據需要會提供云計算平臺

培訓班所有數據，文檔為內部資料，僅供參閱，未經允許不得翻印外傳登刊

上課期間禁止錄音，錄像

成功付款的學員，若臨時有緊急事情不能到來的，可申請延期，更換后續培訓班；

也可申請退款

若臨時有事不能參加，請提前聯系。

開課前兩周退報，預付款全退。

開課前兩周內，預付款退800元，開課前一周內，預付款退500，開課前兩天，預付款不退。

不可先延期再退款

更多課程的詳細介紹，請掃描下方二維碼。

復制以下鏈接http://www.ehbio.com/Training/ 或 點擊閱讀原文跳轉報名頁，成為實驗中不可或缺的人，趕快報名吧！

總結

以上是生活随笔為你收集整理的中科院单细胞分析算法开发博士带你做单细胞转录组分析的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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