Jalview | 多序列比对图中显示序列标识
上篇多序列比對軟件Jalview的安裝及使用體驗介紹了Jalview可一站式完成:多序列比較、圖形的美化及編輯;使用的比對方法、算法豐富;圖形美觀、顏色多樣,被不少遺傳領域SCI文章所使用。
本篇進一步介紹用Jalview繪制Sequence logo及系統發育樹。
展示Sequence logo圖
序列標識圖 (Sequence logo)就是序列的殘基Logo,它是以圖形的方式依次繪出序列比對中各個位置上出現的殘基,每個位置上殘基的累積可以反應出該位置上殘基的一致性。每個殘基對應圖形字符的大小與殘基在該位置上出現的頻率成正比。但圖形字符的大小并不等于頻率百分比,而是經過簡單統計計算后轉化的結果。
實操
調整顏色 -?選Clustalx默認色
調整Logo背景
Logo白背景
移動序列的起始位置
有時會遇到序列遮擋到序列標簽的情況 (本例中無遮擋),這就需要調整序列標簽與序列的空隙。將鼠標放到箭頭所示的位置,可進行拖動。
調整字體
如果想調整字體大小,讓序列在文章中顯示的更加清楚,可按照如下操作 (Format -> Font)。
調整序列的字體、大小和風格
系統發育樹
首先選中比對序列 (下圖紅框),按照如下操作
Calculate
選擇比對算法
序列的剪輯
文章中一般只展示目標區域,需對序列進行裁剪。首先用鼠標選中裁剪區域 (上方紅色區域)。
再點擊"Edit",選擇"Deleta"進行刪除
總 結
Jalview的序列標識圖比較美觀,整體的美化和裁剪操作也很方便。導出圖片后 (導出方法可參考之前推文),可利用AI等工具進一步修圖,例如只保留序列比對圖和序列標識圖,并與前期的家系分析圖和一代測序峰圖合并、保存,最終插入到文章中使用。
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總結
以上是生活随笔為你收集整理的Jalview | 多序列比对图中显示序列标识的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
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