河南農大姚文與張會勇課題組合作發表長文綜述，系統總結R/Shiny在開發交互式生物學網絡工具中的應用

近日，河南農業大學生命科學學院姚文教授（校聘）聯合張會勇教授課題組在國際知名期刊《Briefings in Bioinformatics》在線發表了題為“Development of interactive biological web applications with R/Shiny”的綜述文章。

該文章調研了不同計算機編程語言在生物學網絡應用程序構建中的應用，總結了基于R/Shiny構建生物學網絡應用程序的最新進展，介紹了使用R/Shiny構建生物學網絡應用程序的基本框架和流程，總結了使用R/Shiny構建生物學網絡應用程序的一些要點和注意事項，同時評估了R/Shiny在構建生物學網絡應用程序中的優勢及不足之處。

隨著高通量測序等技術的快速發展，產生了海量的生物學數據。如何準確、方便、省時地進行數據挖掘，對沒有生物信息學基礎的科研工作者提出了挑戰。在此背景下，開發可存儲和分析海量數據集的交互式網絡應用程序已成為生物信息學研究的一個重要方向。

目前，生物學網絡應用程序的框架大多是利用Linux、Apache、MySQL和PHP/Python/Perl/Java等軟件搭建而成。使用這些軟件構建網絡應用程序要求科研人員具有較多的計算機背景知識。R是生物數據分析和生物信息學中最常用的編程語言之一。2012年，RStudio公司開發了Shiny程序包，為使用R快速構建網絡應用程序提供了一個強大的框架。Shiny不需要科研人員具備HTML、CSS或JavaScript的知識，只需要學習R語言即可快速構建交互式的網絡應用，大大降低了構建生物學網絡應用的門檻。

自2013年以來利用R/Shiny構建的生物學網絡應用程序已有470多個。其中，shinyCircos（Yu et al., Bioinformatics, 2017）、shinyChromosome（Yu et al., Genomics, Proteomics &Bioinformatics, 2019）、ECOGEMS（Yao et al., Bioinformatics, 2019）、MaizeSNPDB（Zhou et al., Computational and Structural BiotechnologyJournal, 2019）和LIRBase（Jia et al., Nucleic Acids Research, 2021）等數據庫和在線工具為本課題組所開發。

R/Shiny交互式網絡應用程序的開發與其他技術類似，包括兩個方面的內容：客戶端圖形用戶界面的設計和服務器端響應用戶請求的過程。R/Shiny開發的網絡應用程序通常包含兩個主要的R腳本文件，分別為ui.R和server.R。其中，ui.R用于設計整個網絡應用程序的圖形界面，網頁的外觀和布局都是在ui.R中進行配置，用戶可在網頁前端利用設計的各個小工具進行操作。

server.R儲存了后臺數據信息以及對數據進行處理的各種函數。ui.R收集用戶在網頁前端輸入的信息后，傳遞給server.R進行處理，處理后的結果通過ui.R輸出到網頁前端，實現了網頁應用與數據處理的無縫銜接。R/Shiny可用于快速搭建動態網絡應用程序進行數據分析和可視化，將極大促進交互式網絡應用程序在生物數據分析領域中的應用。

河南農業大學博士生賈利華為該論文第一作者，姚文教授（校聘）和張會勇教授為該論文共同通訊作者。該研究得到了國家自然科學基金（31900451）、河南農業大學拔尖人才科研啟動基金（30500581）、河南省科技攻關項目（202102110015）的資助。

全文鏈接：

https://academic.oup.com/bib/advance-article-abstract/doi/10.1093/bib/bbab415/6387320?redirectedFrom=fulltext

文字：李陽

審核：姚文

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的河南农大姚文与张会勇课题组合作发表长文综述，系统总结R/Shiny在开发交互式生物学网络工具中的应用...的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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