Jalview是一個用于多序列比對編輯、可視化和分析的免費程序。使用系統(tǒng)發(fā)育樹和主成分分析 (PCA) 圖對序列進行分析，并探索分子結(jié)構(gòu)和注釋。

Jalview 內(nèi)置了 DNA、RNA 、蛋白質(zhì)序列的結(jié)構(gòu)可視化和分析功能，它使用 Jmol 查看 3D 結(jié)構(gòu)，使用 VARNA 顯示 RNA 二級結(jié)構(gòu)，Jalview 還可以連接數(shù)據(jù)庫進行分析服務(wù)。

軟件下載

Jalview為免費軟件，可根據(jù)電腦系統(tǒng)選擇下載，可支持Win、Mac和Linux系統(tǒng)。下載鏈接如下：

http://www.jalview.org/getdown/release/

安裝前請先下載安裝Java，下載完成后全部默認(rèn)安裝即可。

使用體驗

安裝好Jalview后，打開軟件會自動彈出這些界面，這是該軟件的內(nèi)置信息，目的就是為了展示該軟件的主要功能及可視化效果。可以通過下圖大致看到，可以實現(xiàn)以下功能：

1、多序列比對

2、顯示保守區(qū)間、比對質(zhì)量和共有序列

3、對多序列比對結(jié)果進行編輯

4、構(gòu)建進化樹

5、顯示序列的蛋白結(jié)構(gòu)

通過如下操作，導(dǎo)入文件，可支持多種文件格式（.fasta、.aln等），也可直接導(dǎo)入clustalx的比對結(jié)果。

使用Jalview進行多序列比較，它可以使用的比對方法較多。

各軟件的比對速度（Muscle>MAFFT>ClustalW>T-Coffee），比對準(zhǔn)確性（MAFFT>Muscle>T-Coffee>ClustalW）。（參考：https://www.jianshu.com/p/19ce91d3dfe8）

這里我們使用的是Muscle

比較結(jié)果如圖所示

將多序列比較結(jié)果分行顯示

更改配色方案

更改序列的排列順序

隱藏保守區(qū)間、比對質(zhì)量和共有序列注釋結(jié)果，將“Show annotations”取消勾選。

輸出圖片，可保存為HTML、PNG、SVG等格式

使用體驗

Jalview可一站式完成多序列比較、圖形的美化及編輯，使用的比對方法、算法豐富，圖形美觀、顏色多樣。此外還可以展示系統(tǒng)發(fā)育樹和蛋白結(jié)構(gòu)（后續(xù)將測試、更新）。

Jalview一些功能需要聯(lián)網(wǎng)才能操作。可能不能隨意改變序列的排列順序及序列名稱（還未測試）。總體來講體驗較好，方便了相關(guān)科研和臨床工作。

另外，基于Web的JalviewJS應(yīng)用程序的alpha版本也可以通過JalviewJS鏈接獲得。Jalview的基于Web的版本與Jalview Java程序相同，可使用Java2Script和SwingJS編譯成JavaScript。

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總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的多序列比对软件Jalview的安装及使用体验的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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