福利公告：為了響應(yīng)學(xué)員的學(xué)習(xí)需求，經(jīng)過易生信培訓(xùn)團(tuán)隊(duì)的討論籌備，現(xiàn)決定安排擴(kuò)增子16S分析、宏基因組、轉(zhuǎn)錄組的線上/線下同時(shí)開課。報(bào)名參加線上直播課的老師可在1年內(nèi)選擇參加同課程的一次線下課?。期待和大家的線上線下會晤。

目前課程安排：

• 臨床基因組學(xué)線上/線下開課時(shí)間：2022/02/25-2022/02/27

• 宏基因組線上/線下開課時(shí)間：2022/3/25-2022/3/27

• 轉(zhuǎn)錄組線上/線下開課時(shí)間：2022/4/15-2022/4/17

• 擴(kuò)增子線上/線下開課時(shí)間：2022/4/8-2022/4/170

• 臨床基因組學(xué)線上/線下開課時(shí)間：2022/4/22-2022/4/24

• 報(bào)名鏈接：http://www.ehbio.com/Training/

在廣大粉絲的期待下，《生信寶典》聯(lián)合《宏基因組》在北京于2022-4-8到 2022-4-10推出《擴(kuò)增子16S分析》專題培訓(xùn)第14期（線上課和線下課程同步開通），為大家提供一條走進(jìn)生信大門的捷徑、為同行提供一個(gè)擴(kuò)增子分析實(shí)戰(zhàn)學(xué)習(xí)和交流的機(jī)會、助力學(xué)員真正理解分析原理和完成實(shí)戰(zhàn)分析，獨(dú)創(chuàng)四段式教學(xué)(3天集中授課+自行練習(xí)2周+集中講解答疑+上課視頻回看反復(fù)練習(xí))，“教—練—答—用”四個(gè)環(huán)節(jié)統(tǒng)一協(xié)調(diào)，真正實(shí)現(xiàn)獨(dú)立分析大數(shù)據(jù)。

關(guān)于學(xué)習(xí)生物信息學(xué)分析的重要性，請閱讀《生物信息9天速成班—成為團(tuán)隊(duì)中不可或缺的人》。

課程簡介

宏基因組/微生物組是當(dāng)今世界科研最熱門的研究領(lǐng)域之一，為加強(qiáng)本領(lǐng)域的技術(shù)交流與傳播，推動(dòng)中國微生物組計(jì)劃發(fā)展，中科院青年科研人員創(chuàng)立“宏基因組”公眾號，目標(biāo)為打造本領(lǐng)域純干貨技術(shù)及思想交流平臺。成立兩年，分享專業(yè)技術(shù)原創(chuàng)文章2900+篇，關(guān)注人數(shù)12萬+，累計(jì)閱讀量29,000,000+。

請?jiān)敿?xì)閱讀課程簡介，如果以下內(nèi)容您全精通，不必參加此培訓(xùn)。

本課程一共3天，每天6節(jié)課，共18節(jié)課，全部課程均理論與實(shí)戰(zhàn)結(jié)合(只要課上講的內(nèi)容，都是要帶你親自實(shí)現(xiàn)的分析)。從分析平臺搭建、Linux和R基礎(chǔ)、圖表解讀和繪圖實(shí)戰(zhàn)、擴(kuò)增子分析標(biāo)準(zhǔn)流程、功能預(yù)測、差異統(tǒng)計(jì)分析以及各類高級分析(進(jìn)化樹、網(wǎng)絡(luò)、環(huán)境因子、隨機(jī)森林、Adaboost和來源追溯等)，和CNS級圖片編輯和排版。3天時(shí)間，老司機(jī)帶您完成自學(xué)需要3個(gè)月甚至是3年的崎嶇之路，助力您真正玩轉(zhuǎn)擴(kuò)增子分析。

課程大綱

每節(jié)課1小時(shí)一個(gè)主題，理論結(jié)合實(shí)戰(zhàn)，學(xué)懂原理，實(shí)戰(zhàn)操作，全是老司機(jī)多年經(jīng)驗(yàn)和代碼的無私分享。下面是課程安排，如11代表第一天第一節(jié)課，26代表第二天第六節(jié)課，41為兩周后的線上集中視頻答疑。

編號主題簡介

11	分析平臺搭建	Win10:git、R、Rstudio、R包、STAMP、AI等
12	Linux基礎(chǔ)	簡介、優(yōu)勢、常用操作、序列處理、軟件安裝等
13	R基礎(chǔ)	發(fā)展史、生物學(xué)中應(yīng)用、ggplot2繪圖、模板
14	圖表解讀	常用16種圖表意義、使用場景
15	結(jié)果可視化	16種圖表的數(shù)據(jù)整理和在線繪制
16	發(fā)表級圖版制作	Adobe Illustrator制作CNS標(biāo)準(zhǔn)圖版
21	擴(kuò)增子介紹	背景知識、分析原理、科學(xué)問題
22	擴(kuò)增子分析流程	vsearch+usearch跨平臺分析流程
23	STAMP統(tǒng)計(jì)分析	玩轉(zhuǎn)樣本篩選、差異比較和統(tǒng)計(jì)圖表保存
24	多樣性分析	R語言實(shí)現(xiàn)多樣性、物種組成和差異比較圖表
25	QIIME2	Linux平臺QIIME2私人定制流程
26	網(wǎng)絡(luò)分析	文章解讀，實(shí)戰(zhàn)網(wǎng)絡(luò)繪制和屬性比較
31	PICRUSt功能預(yù)測	KEEG功能組成預(yù)測和統(tǒng)計(jì)繪圖
32	Faprotax,Bugbase	細(xì)菌元素循環(huán)和表型層面功能挖掘
33	機(jī)器學(xué)習(xí)	隨機(jī)森林分類回歸，重現(xiàn)兩篇Nature分析、來源追溯
34	進(jìn)化分析	序列篩選、比對、進(jìn)化樹構(gòu)建和美化
35	環(huán)境因子	文章解讀，高分文章重現(xiàn)
36	研究熱點(diǎn)展望	總結(jié)、把握研究熱點(diǎn)、展望技術(shù)發(fā)展趨勢
37	考試50題	自評學(xué)習(xí)效果、知識點(diǎn)回顧
41	答疑-線上	答疑、考試內(nèi)容串講

教程內(nèi)容簡介如下：

一、生信基礎(chǔ)知識和技巧

還在為沒有Linux服務(wù)器而無法分析擴(kuò)增子數(shù)據(jù)而苦惱嗎？其實(shí)你的個(gè)人電腦就是擴(kuò)增子分析的利器。易生信團(tuán)隊(duì)獨(dú)創(chuàng)實(shí)現(xiàn)了跨平臺的分析流程，在大家的Windows筆記本上可以輕松實(shí)現(xiàn)擴(kuò)增子領(lǐng)域的絕大多數(shù)分析，第一節(jié)課帶你輕松在自己的本本上搭建數(shù)據(jù)分析平臺。

圖1. 易生信首創(chuàng)基于Win10優(yōu)化的擴(kuò)增子分析流程，筆記本秒變大數(shù)據(jù)分析平臺

推薦使用Windows10系統(tǒng)，8G及以上內(nèi)存分析更流暢。 我們也會分享給大家在Linux上配置整個(gè)分析流程的代碼 (Mac跟Linux類似，無須區(qū)別對待，但部分軟件可能安裝方式不同，未做深入測試，不建議參加培訓(xùn)時(shí)使用）。

同時(shí)講解生物學(xué)家必要掌握的Shell和R語言基礎(chǔ)知識，保證你高效、穩(wěn)定的使用擴(kuò)增子分析平臺。

圖2. Shell和R學(xué)習(xí)大綱，首創(chuàng)Rstuio中鼠標(biāo)點(diǎn)擊可完成Shell腳本和R語言分析，既打開生信的大門，又不會增加生物學(xué)家時(shí)間成本

二、圖表解讀和繪制

針對很多老師缺少系統(tǒng)的生信背景，看不懂分析文章圖表，更對繪制各式圖表手足無措。

我們推出過如下兩個(gè)系列，共16篇原創(chuàng)文章，對8種圖形進(jìn)行講解和R語言繪圖。

• 擴(kuò)增子圖表解讀-理解文章思路

• 擴(kuò)增子統(tǒng)計(jì)繪圖-沖擊高分文章

但這些只是入門，在培訓(xùn)上，我們將結(jié)合發(fā)表高水平文章，進(jìn)一步講解16種常用分析圖型結(jié)果的原理和使用范圍，讓您不僅讀懂圖，更知道如何應(yīng)用于自己的研究，并親自輕松完成繪圖。

針對大家使用R語言繪圖學(xué)習(xí)時(shí)間成本較高的問題，易生團(tuán)隊(duì)針對常用16種圖開發(fā)了免費(fèi)繪圖網(wǎng)站，一鍵出圖，更可鼠標(biāo)點(diǎn)選參數(shù)修改圖形的個(gè)性樣式。

圖3. 16種常用圖形的繪制。可使用我們的在線繪圖工具實(shí)現(xiàn)。

為了讓各種統(tǒng)計(jì)圖片實(shí)現(xiàn)出版級的組圖，特開設(shè)了一節(jié)Adobe Illustrator修圖排版課，講述基本使用技巧，輕松掌握精髓，讓你文章圖版檔次向CNS看齊，輕松成為實(shí)驗(yàn)室的修圖和拼圖達(dá)人。

圖4. AI排版本子圖為CNS出版級組圖示例(Science, 2016封面文章)

三、擴(kuò)增子基礎(chǔ)和分析流程

圖5. 典型的擴(kuò)增子結(jié)構(gòu)模型圖

• 擴(kuò)增子背景知識

背景：國際微生物組(人類HMP、環(huán)境EMP)計(jì)劃、中國微生物組計(jì)劃

研究對象：人、動(dòng)物、植物、環(huán)境

研究方法：培養(yǎng)組學(xué)、擴(kuò)增子測序 (最常用)、宏基因組、宏轉(zhuǎn)錄組、宏蛋白組、宏代謝組、宏表觀組等

宏基因組學(xué)的研究熱點(diǎn)：微生物多樣性、宏基因組、培養(yǎng)組、腸菌與疾病、MWAS

擴(kuò)增子基本原理：細(xì)菌/古菌 16S、真菌18S/ITS結(jié)構(gòu)、引物選擇等

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)：樣品制備和建庫中的誤區(qū)

文章套路：擴(kuò)增子分析SCI文章的物種組成、功能預(yù)測常用套路

主流方法優(yōu)缺點(diǎn)比較：QIIME、QIIME2、mothur、Usearch-unois3、dada2等方法

• 擴(kuò)增子分析流程

之前我們發(fā)布了基于QIIME(引用24000+)+USEARCH(引用14000+)組合的史上最詳細(xì)中文擴(kuò)增子分析流程，累計(jì)閱讀10000+。

• 擴(kuò)增子分析流程-把握分析細(xì)節(jié)

同時(shí)在2017年推出了2018年正式接檔QIIME的最新流程QIIME2的官方中文幫助文檔，累計(jì)閱讀10萬+。

• QIIME2中文教程-把握分析趨勢

想使用QIIME和QIIME2的小伙伴可直接點(diǎn)擊上方鏈接學(xué)習(xí)。課上也會帶大家用服務(wù)器操作，分享最新私人定制流程。

但上面兩種分析流程仍有很多缺點(diǎn)，如需要Linux服務(wù)器，安裝和操作復(fù)雜，學(xué)習(xí)時(shí)間成本過高等不足。

易生信團(tuán)隊(duì)組織宏基因組、生信寶典的一線生信專家，為廣大生物學(xué)家，定制了一套安裝部署簡單、鼠標(biāo)點(diǎn)擊編程、支持主流操作系統(tǒng)、學(xué)習(xí)成本低、又靈活的擴(kuò)增子分析流程，助力生物學(xué)家輕松分析數(shù)據(jù)，更專注生物學(xué)現(xiàn)象的挖掘。

圖6. 擴(kuò)增子分析流程金字塔，數(shù)據(jù)量從下向上逐漸減少

• 擴(kuò)增子流程如下：

實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的編寫

Illumina測序數(shù)據(jù)的質(zhì)控：fastqc, mulitqc

質(zhì)控流程：雙端序列合并、切除barcode和引物、質(zhì)控

生成OTU/ASV：序列去冗余、聚類clust_otu生成OTU或unoise3去噪生成ASV(Amplicon Sequence Variants)

OTU篩選：嵌合體生成原理及去除方法、去除線粒體、葉綠體和宿主非特異擴(kuò)增污染、生成代表性序列和OTU表

物種注釋及進(jìn)化樹構(gòu)建

常用Alpha多樣性指數(shù)計(jì)算

常用Beta多樣性距離矩陣計(jì)算

現(xiàn)在你可以在自己筆記本或臺式機(jī)上輕松分析擴(kuò)增子啦！并且支持最新的去噪生成ASV方法，想自己親自分析的朋友，快來北京參加擴(kuò)增子專題培訓(xùn)班吧！

圖7. 常用宏基因組統(tǒng)計(jì)作圖軟件STAMP & LEfSe

引用過千次的STAMP繪制Extended barplot大家應(yīng)該很常見，帶你半小時(shí)速成。LEfSe引用超4000+次，它的柱狀圖和圈圖隨處可見，但服務(wù)器超級難用，即上傳痛苦，又要久等。我們?yōu)閷W(xué)員定制了國內(nèi)專享服務(wù)器，隨時(shí)為你服務(wù)。有服務(wù)器的伙伴還可以獲得安裝和使用的教程，在自己的服務(wù)器上可重復(fù)計(jì)算，不受網(wǎng)絡(luò)和地域限制自己隨時(shí)隨地使用。

四、可重復(fù)計(jì)算和統(tǒng)計(jì)繪圖

對于可重復(fù)計(jì)算要求比較高、對細(xì)節(jié)有進(jìn)一步分析要求的學(xué)員，我們還會教大家當(dāng)前最頂級的R語言統(tǒng)計(jì)分析框架，讓你零基礎(chǔ)輕松實(shí)現(xiàn)可重復(fù)計(jì)算，滿足頂級文章的代碼公開和網(wǎng)頁可重復(fù)要求(這些資源在生信公司是價(jià)格幾十萬的絕密流程代碼，一般人是沒有機(jī)會見到的)。

圖8. 數(shù)10種高質(zhì)量圖的R源代碼實(shí)現(xiàn)可重復(fù)計(jì)算

在自己電腦上輕松修改輸入文件、參數(shù)。可全程記錄分析過程，保證從數(shù)據(jù)到發(fā)表級圖形的可重復(fù)計(jì)算，讓團(tuán)隊(duì)分析水平上升到大牛級別。

Alpha多樣性各種指數(shù)：Shannon、Chao1、Observed OTU、PD whole tree等，并配合Anova，LSD統(tǒng)計(jì)；

Beta多樣性各種距離矩陣：Bray Curtis、Jaccard、Weighted Unifrac、Unweighted Unifrac等結(jié)果的樹狀圖、箱線圖、散點(diǎn)圖展示樣品間差異；并配合Adonis, Anosim, MRPP統(tǒng)計(jì)

有監(jiān)督的主坐標(biāo)軸分析 (CCA/RDA)，展示組間差異，anova.cca統(tǒng)計(jì)

DESeq/edgeR/t.test/wilcoxon統(tǒng)計(jì)組間差異，計(jì)算Pvalue和FDR

熱圖、曼哈頓圖、火山圖展示兩組間比較差異分類單元、OTU/ASV

韋恩圖、三元圖、網(wǎng)絡(luò)圖展示兩組及多組間相同與不同

五、功能預(yù)測和機(jī)器學(xué)習(xí)

學(xué)習(xí)PICRUSt分析原理、常用結(jié)果展示樣式及文章解讀。實(shí)戰(zhàn)進(jìn)行官網(wǎng)、本地、在線分析，并對結(jié)果進(jìn)行整理，方便STAMP、LEfSe以及R分析。下圖為預(yù)測結(jié)果經(jīng)STAMP快速分析的結(jié)果展示，學(xué)員可以在老師帶領(lǐng)下35分鐘內(nèi)完成以上分析。

圖9. 功能預(yù)測結(jié)果使用STAMP統(tǒng)計(jì)和可視化

對于不滿足用KEGG功能預(yù)測和統(tǒng)計(jì)結(jié)果的小伙伴，我們還進(jìn)一步講解FAPROTAX (2016, Science)的分析，適合研究環(huán)境、元素循環(huán)的同行；此外還有BUGBASE分析，實(shí)現(xiàn)細(xì)菌代謝、厭氧性、革蘭氏分類等表型預(yù)測，適合醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的同行使用。

圖10. 重現(xiàn)兩篇Nature文章機(jī)器學(xué)習(xí)分類和回歸分析

上圖：Wilck-2017-Nature，采用Adaboost進(jìn)行分類和測試集驗(yàn)證準(zhǔn)確率。
下圖：Subramanian-2014-Nature，采用隨機(jī)森進(jìn)行回歸、交叉驗(yàn)證、測試集檢驗(yàn)?zāi)Ｐ蜏?zhǔn)確率和熱圖展示特征OTUs時(shí)間序列變化。
高分文章離我們并不是遙不可及，在你的本本上，1個(gè)小時(shí)輕松重現(xiàn)每一個(gè)子圖的分析和繪制。讀懂這兩類分析的結(jié)果。

六、網(wǎng)絡(luò)和環(huán)境因子分析

圖11. 兩組網(wǎng)絡(luò)比較、以及網(wǎng)絡(luò)屬性比較(Wang-2018-Gut)

還以為隨便畫個(gè)網(wǎng)絡(luò)就能當(dāng)文章的主圖嗎？這個(gè)時(shí)代早已成為歷史。現(xiàn)在的高分文章，至少要求多網(wǎng)絡(luò)比較，標(biāo)配網(wǎng)絡(luò)屬性比較。在這里有微生物所微生物網(wǎng)絡(luò)研究方向的博士，帶你進(jìn)入網(wǎng)絡(luò)的世界，四步走實(shí)現(xiàn)即美觀又有意義的網(wǎng)絡(luò)分析：讀懂網(wǎng)絡(luò)——繪制單個(gè)網(wǎng)絡(luò)——繪制多個(gè)網(wǎng)絡(luò)——網(wǎng)絡(luò)屬性比較及可視化。這么前沿的技術(shù)，估計(jì)世界范圍內(nèi)只有這里會教你。

圖12. 環(huán)境因子分析(Metcalf-2016-Science)

環(huán)境因子分析是很多研究的標(biāo)配，常用的Vegan包引用過萬次就知道它的重要性。但平時(shí)看到的圖不是低分文章，就是不夠美觀。易生信團(tuán)隊(duì)精選Rob Knight團(tuán)隊(duì)2016年Science雜志中經(jīng)典環(huán)境因子分析為例，讓你的分析和可視化一步到位，向CNS看齊。

往期精彩回顧

主講教師

主講老師包括中科院微生物所、遺傳發(fā)育所、基因組所、生物物理所等多名本領(lǐng)域一線技術(shù)專家。

劉永鑫，博士，中科院高級工程師，青促會會員。2008年畢業(yè)于東北農(nóng)業(yè)大學(xué)微生物學(xué)，2014年于中國科學(xué)院大學(xué)獲生物信息學(xué)博士，2016年博士后出站。宏基因組公眾號創(chuàng)始人。目前主要研究方向有微生物組數(shù)據(jù)分析與解讀、分析方法開發(fā)與優(yōu)化和科學(xué)傳播。目前以第一作者(含共同)或微生物組數(shù)據(jù)分析負(fù)責(zé)人在Science、Nature Biotechnology、Cell Host & Microbe?等雜志發(fā)表論文30余篇，引用五千余次。微生物組分析平臺QIIME 2項(xiàng)目參與人。受邀以第一作者和/或通訊作者(含共同)在Protein & Cell、Current Opinion in Microbiology、遺傳?等雜志發(fā)表微生物組研究方法綜述。2017年7月創(chuàng)辦“宏基因組”公眾號，目前分享本領(lǐng)域相關(guān)原創(chuàng)文章2900余篇，代表作品有《微生物組圖表解讀、分析流程和統(tǒng)計(jì)繪圖》、《QIIME2中文教程》等，關(guān)注人數(shù)12萬+，累計(jì)閱讀2900萬+。

陳同，博士，副研究員，2015畢業(yè)于中科院遺傳發(fā)育所，生物信息博士，在Cell Stem Cell(IF=23.2，第一作者兼封面文章)、Nature Communications、Nucleic Acids Research X 3、Protein & Cell?等高水平雜志以第一作者或主要作者發(fā)表文章，運(yùn)營有數(shù)十萬人關(guān)注的《生信寶典》微信公眾號，給你不一樣的學(xué)習(xí)生信體驗(yàn)。

授課模式

本課程以講解流程和實(shí)際操作為主，采用獨(dú)創(chuàng)四段式教學(xué)：

• 第一階段 3天集中授課；

• 第二階段 自行練習(xí)2周；

• 第三階段 在線直播答疑；

• 第四階段 培訓(xùn)視頻繼續(xù)學(xué)習(xí)；

• 實(shí)現(xiàn)教-練-答-用四個(gè)環(huán)節(jié)的統(tǒng)一協(xié)調(diào)。

培訓(xùn)時(shí)間

2022-4-15到 2022-4-17(線上/線下同步開放)
每天早9點(diǎn)到晚6點(diǎn)，半封閉式教學(xué) (最后1小時(shí)為集中討論時(shí)間，最后一天會稍微提前一些，多留出時(shí)間討論，也方便老師乘車返回)
報(bào)到時(shí)間：上課當(dāng)天

授課地點(diǎn)

線上線下同步開課：在線會議平臺，如騰訊會議。

北京市海淀區(qū)中關(guān)村東路18號 財(cái)智國際大廈C座 C1105

課程價(jià)格

1. 開課兩周前報(bào)名 4500 元/人 (住宿自行解決，提供培訓(xùn)期間午餐)

2. 名額有限，每次課程報(bào)名滿40人后自動(dòng)關(guān)閉報(bào)名通道

3. 提供易漢博基因科技實(shí)習(xí)機(jī)會或工作機(jī)會

注意事項(xiàng) *

1. 需自備筆記本電腦。推薦使用Win10系統(tǒng)，4G以上內(nèi)存。如果使用其它操作系統(tǒng)，以培訓(xùn)軟件能安裝運(yùn)行為主。

2. 課程實(shí)踐根據(jù)需要會提供云計(jì)算平臺。

3. 培訓(xùn)班所有數(shù)據(jù)，文檔為內(nèi)部資料，僅供參閱，未經(jīng)允許不得翻印外傳登刊。

4. 上課期間禁止錄音，錄像。

5. 成功付款的學(xué)員，若臨時(shí)有緊急事情不能到來的，可申請延期，更換后續(xù)培訓(xùn)班；也可申請退款。

6. 若臨時(shí)有事不能參加，請?zhí)崆奥?lián)系。開課前兩周退報(bào)，預(yù)付款全退。開課前兩周內(nèi)，預(yù)付款退800元，開課前一周內(nèi)，預(yù)付款退500，開課前兩天，預(yù)付款不退。

7. 不可先延期再退款。

更多課程的詳細(xì)介紹，請掃描下方二維碼。

易生信同時(shí)推出多門相關(guān)課程，連報(bào)、團(tuán)購有優(yōu)惠！

連報(bào)優(yōu)惠——連報(bào)n門課，每個(gè)課程便宜n-1百元；

連報(bào)課程的優(yōu)惠不出現(xiàn)在第一門，而是已累計(jì)的形式出現(xiàn)在后面幾門中，也就是第一門完成了第二門才有優(yōu)惠。

老學(xué)員優(yōu)惠：

第二門課程減100，第三門課程減200，后面類比，最多不超過500元。

多人組團(tuán)優(yōu)惠，優(yōu)惠幅度為參團(tuán)人數(shù)-1百元 （報(bào)名時(shí)付款時(shí)有團(tuán)員退出的，優(yōu)惠按實(shí)際參團(tuán)人數(shù)計(jì)算）。
4. 優(yōu)惠后最終價(jià)格最低不低于4000元。優(yōu)惠信息處于動(dòng)態(tài)變化中，價(jià)格以系統(tǒng)最終計(jì)算出的正確價(jià)格為準(zhǔn)。

訪問 http://www.ehbio.com/Training/ 或點(diǎn)擊閱讀原文跳轉(zhuǎn)報(bào)名頁

總結(jié)

以上是生活随笔為你收集整理的爆款入门 | 第 14 期微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下同时开课，2022.4)...的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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