合子基因組激活（ZGA）是早期胚胎發(fā)育過程中最重要的生物學事件之一，轉(zhuǎn)錄因子在這一過程中具有重要的作用，繪制轉(zhuǎn)錄因子的全基因組結合位點圖譜對于揭示其調(diào)控ZGA的機制具有重要意義。目前用于檢測轉(zhuǎn)錄因子結合位點的技術主要依賴于高質(zhì)量的特異性抗體，在已有的研究中僅有少數(shù)轉(zhuǎn)錄因子在ZGA時期的結合情況是已知的。

2022年2月，同濟大學生命科學與技術學院張勇教授課題組題在Genome Research期刊上發(fā)表了封面文章“Antibody-free profiling of transcription factor occupancy during early embryogenesis by FitCUT&RUN”。該工作首先通過引入轉(zhuǎn)錄因子-rFc的融合表達，建立了不依賴于特異性抗體的繪制轉(zhuǎn)錄因子結合位點圖譜的方法FitCUT&RUN。該工作在K562細胞中驗證了FitCUT&RUN的有效性和可靠性，且相較于CUT&RUN、FLAG-CUT&RUN、ChIP-seq具有更高的檢測靈敏度，適合于胚胎發(fā)育早期的研究。

Nanog參與調(diào)控斑馬魚ZGA過程中染色質(zhì)開放區(qū)域的建立并影響部分基因的轉(zhuǎn)錄激活。該工作在斑馬魚ZGA過程中產(chǎn)生了時序性的Nanog FitCUT&RUN數(shù)據(jù)，并按照Nanog結合的時間將其結合位點分為pre-MBT時期出現(xiàn)、MBT時期新出現(xiàn)和post-MBT時期新出現(xiàn)三類。在pre-MBT時期出現(xiàn)的結合位點的靶基因傾向于在ZGA期間達到最高的轉(zhuǎn)錄水平，而MBT時期新出現(xiàn)或post-MBT時期新出現(xiàn)的結合位點的靶基因在ZGA之后的胚層分化過程中具有更高的轉(zhuǎn)錄水平。該工作的結果表明，在ZGA主要階段之前，Nanog在基因調(diào)控區(qū)域的結合與相當一部分早期轉(zhuǎn)錄基因的激活密切相關。

張勇教授和劉桂芬副研究員為這項研究的通訊作者，博士生王湘秀、王文為共同第一作者，博士生王益曼、碩士生陳佳參與了這項工作。封面由同濟大學生物信息學專業(yè)校友陳一情繪制。

原文鏈接：https://genome.cshlp.org/content/32/2/378

排版：BioArt

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的Genome Research封面文章｜张勇课题组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱...的全部內(nèi)容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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