說到本體論，生信的同學估計第一個想到的就是基因本體論 ( Gene Ontology, GO ) 了，而基因本體論其實也是開放生物醫學系統注釋（Open Biomedical Ontologies (OBO)）下的一個分類項目。今天來說另外一個生物科學數據分析和數據管理本體論——EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

背景知識

關于本體論，本體論與生物醫學的一些背景知識可以參考隔壁老濕在簡書的《學習筆記：本體論與生物醫學》一文，或者直接閱讀本文章的原文。

這里主要聊一下?EDAM - Bioscientific data analysis ontology。

EDAM 是生物醫學領域研究 GO 以外的又一個例子，個人最開始是從 Galaxy Project 了解得到，EDAM 在 Galaxy 項目中主要用于解決海量生物醫學工具在 Galaxy 平臺面板中分類不統一，用戶難以查找的難題而被納入使用。最早在 Galaxy Release 21.09 版本中上線（參考：《Galaxy Release (v 21.09)，新的工具面板視圖 - 語雀》）。

Galaxy Project - Replace tool panel sections with EDAM

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簡介

EDAM - Ontology of bioscientific data analysis and data management，是一個全面的本體論，包含了在生物科學數據分析和數據管理(包括計算生物學、生物信息學和生物圖像信息學)中廣泛存在的既定的、熟悉的概念。EDAM 包括與生命科學中的數據分析和數據管理相關的主題（topics）、操作（operations）、數據類型（types of data）和數據標識符（data identifiers）以及數據格式（data formats）。EDAM 提供了一組包含首選術語和同義詞、相關術語、定義和其他信息的概念，組織成一個簡單直觀的層次結構，以方便使用（見下圖）。

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來源：科研星球網站

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總結

以上是生活随笔為你收集整理的生物科学数据分析和数据管理本体论的全部內容，希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。

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