单细胞一站式分析网站CeDR Atlas使用指南
臨床上,往往因為患者遺傳背景不同,藥物對疾病的治療效果差異很大,人體組織尤其以腫瘤為代表,細胞異質性是導致不同藥物反應的主要因素之一。單細胞測序技術為在單細胞分辨率下研究藥物治療反應的機制提供極大便利。
CeDR Atlas(Cellular Drug Response Atlas)數據庫于2021年發布在Nucleic Acids Research雜志,隸屬于國家基因組科學數據中心(NGDC, National Genomics Data Center)旗下團隊開發。CeDR Atlas數據庫基于文獻中人類、小鼠和不同細胞系的特異性藥物反應信息,整合來自Connectivity Map數據庫藥物與基因表達相關高通量數據,以及來自Single Cell Portal、uman Cell Landscape和Mouse Cell Atlas等數據庫中不同組織/器官在不同疾病和生理/病理條件下的scRNA-seq數據,以綜合進行細胞類型特異性藥物反應分析,涵蓋疾病狀態下的細胞類型和正常細胞類型,為細胞藥物反應譜提供直接參考。數據庫目前收錄超過582個人類、小鼠和細胞系的單細胞數據結果,包括約140個表型和1250個組織/細胞類型的約188,157個人類相關、42660個小鼠相關和10299個細胞系相關的細胞藥物反應信息。用戶可以通過輸入藥物、細胞類型、組織和疾病及特征基因關鍵詞進行數據瀏覽和檢索,在單細胞水平探索細胞藥物反應,并探索藥物聯合治療策略、耐藥性研究和藥物副作用識別等工作。
點擊Documentation,展示CeDR Atlas數據庫介紹、數據來源及分析方法、細胞藥物反應富集分析(Cell type-drug enrichment analysis,CeDR)和數據庫功能介紹等信息,頁面左側欄可快速導航。
文章剩余內容查看<<<<<
總結
以上是生活随笔為你收集整理的单细胞一站式分析网站CeDR Atlas使用指南的全部內容,希望文章能夠幫你解決所遇到的問題。
- 上一篇: 怎么调试ChatGPT的训练过程?
- 下一篇: 怎么解释ChatGPT的内部运作机制?