数据挖掘、生信、meta?临床医生如何选择
那么,沒有自己的數據,我們應該怎么辦?
首先,下列寶典,僅僅是權宜之計,大家決不能因噎廢食。因為對于科研工作,以至于將來的學位、基金申請而言,自己的課題和論文才是王道。
這些大法,主要是針對一些沒有機會擁有自己的數據,但是又著急畢業或者找工作、讀博等的小伙伴。
方法一:公開數據庫
發表類型:論文
優點:認可度較高,除某些特殊需求外不需要學習特定軟件。
缺點:病種有限
溫馨提示:需要提交申請,平臺進行審核,不過一般難度不大。
國際上有很多公開的數據庫,我知道的就有精神科自閉癥的 ABIDE 數據庫(Autism Brain Imaging Data Exchange)、神經科帕金森病 PPMI 數據庫(parkinson's progression markers initiative)、重癥醫學的 MIMIC 庫( Medical Information Mart for Intensive Care)、腫瘤學的 SEER 數據庫(Surveillance, Epidemiology, and End Results)等,它們都有臨床特征、診療信息、影像和實驗室數據,有的甚至還有病理結果。
操作方法:
我們只需要按照數據庫的要求提交申請,就可以下載相應的數據,進一步完成我們自己的實驗設計和統計分析了。大樣本的數據能夠幫我們獲得更加可靠的結論,同時也能提高文章的檔次。
除了數據是已經收集好的以外,臨床思路和后續的統計分析都是我們自己完成的,所以認可度很不錯哦。不過,遺憾的是目前相關的數據庫并不是很多。
圖片來源:ABIDE數據庫??
方法二:生物信息學分析
發表類型:論文
優點:認可度一般,可以進行后續研究,對病種限制較小。
缺點:需要學習相關軟件,學習成本較高。
溫馨提示:統計學和計算機編程相關基礎不太好的小伙伴,建議謹慎考慮,有時一個報錯就能把你找廢。
以基礎研究為主,或者所研究的疾病并沒有相關數據庫的小伙伴也不用著急,生物信息學分析也許能夠在一定程度上幫助你們解決這個問題。
生物信息學是在生命科學的研究中,以計算機為工具對生物信息進行儲存、檢索和分析的科學。其研究重點主要體現在基因組學(Genomics)和蛋白質組學(Proteomics)兩方面,具體來說就是從核酸和蛋白質序列出發,分析序列中表達的結構功能的生物信息。
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總結
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